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〔４３〕 同系，饲养的意思。
〔４４〕 按十传应为二千四十八。
〔４５〕 局脊 通作口止局口止脊，拘束的意思。
〔４６〕 根干细胞 即受精卵。
〔４７〕 阿弥巴 通译阿米巴，拉丁文Ａｍｏｅｂａ的音译，即变形虫。
〔４８〕 班陀黎那 即实球藻，单细胞生物进化到多细胞生物中间阶段的一种生物。
它的身体由八个、十六十或三十二个细胞组成一个实心的球体。
〔４９〕 原肠 即消化腔。按实球藻无此器官，到腔肠动物才有。
〔５０〕 希特拉 即水螅，腔肠动物的一种。
〔５１〕 按这里所说的太古代以及下文的中古代、近古代三个地质历史年代，现在通作古生代、中生代、新生代。又这里所说的僦罗纪及下文的迭逢纪、石墨纪，现在通作志留纪、泥盆纪、石炭纪，各是古生代中的一纪。
〔５２〕 无脊椎动物化石，作者当时未见，现已多有发现。
〔５３〕 穆那罗 原生动物的一种。
〔５４〕 爪哇之猿人化石 世界上最早发现的猿人化石。一八九一年由荷兰人类学家杜伯亚在印度尼西亚爪哇特里尼尔发现，计有头盖骨一具，臼齿二枚，左侧股骨一根。形态特征，介于猿与人之间。据推断，其地质年代属更新世中期，距今约五十万年前。
〔５５〕 那格黎（１８１７—１８９１） 通译耐格里，瑞士植物学家。他研究种子的起源，创造了水藻新分类法。著有《自然科学的种的概念和发生》等。
〔５６〕 质力不灭律 即物质不灭定律和能量不灭定律。
科学史教篇〔１〕观于今之世，不瞿然者几何人哉？自然之力，既听命于人间，发纵指挥，如使其马，束以器械而用之；交通贸迁，利于前时，虽高山大川，无足沮核〔２〕；饥疠之害减；教育之功全；较以百祀〔３〕前之社会，改革盖无烈于是也。孰先驱是，孰偕行是？察其外状，虽不易于犁然，而实则多缘科学之进步。盖科学者，以其知识，历探自然见象之深微，久而得效，改革遂及于社会，继复流衍，来溅远东，浸及震旦〔４〕，而洪流所向，则尚浩荡而未有止也。观其所发之强，斯足测所蕴之厚，知科学盛大，决不缘于一朝。索其真源，盖远在夫希腊，既而中止，几一千年，递十七世纪中叶，乃复决为大川，状益汪洋，流益曼衍，无有断绝，以至今兹。实益骈生，人间生活之幸福，悉以增进。第相科学历来发达之绳迹，则勤劬艰苦之影在焉，谓之教训。
希腊罗马科学之盛，殊不逊于艺文。尔时巨制，有毕撒哥拉（Ｐｙｔｈａｇｏｒａｓ）
〔５〕之生理音阶，亚里士多德（Ａｒｉｓｔｏｔｅｌｅｓ）〔６〕之解剖气象二学，柏拉图（Ｐｌａｔｏｎ）〔７〕之《谛妙斯篇》（Ｔｉｍａｅｕｓ）暨《邦国篇》，迪穆克黎多（Ｄｅｍｏｋｒｉｔｏｓ）〔８〕之“质点论”，至流质力学则靶于亚勒密提士（Ａｒｃｈｉｍｅｄｅｓ）〔９〕，几何则建于宥克立（Ｅｕｋｌｅｉｄｅｓ）〔１０〕，械具学则成于希伦（Ｈｅｒｏｎ）〔１１〕，此他学者，犹难列举。其亚利山德大学〔１２〕，特称学者渊薮，藏书至十万余卷，较以近时，盖无愧色。而思想之伟妙，亦至足以铄今。盖尔时智者，实不仅启上举诸学之端而已，且运其思理，至于精微，冀直解宇宙之元质〔１３〕，德黎（Ｔｈａｌｅｓ）谓水，亚那克希美纳（Ａｎａｘｉｍｅｎｅｓ）〔１４〕谓气，希拉克黎多（Ｈｅｒａｋｌｅｉｔｏｓ）〔１５〕谓火。其说无当，固不俟言。华惠尔〔１６〕尝言其故曰，探自然必赖夫玄念〔１７〕，而希腊学者无有是，即有亦极微，盖缘定此念之意义，非名学〔１８〕之助不为功也。
（中略）而尔时诸士，直欲以今日吾曹滥用之文字，解宇宙之玄纽〔１９〕而去之。然其精神，则毅然起叩古人所未知，研索天然，不肯止于肤廓，方诸近世，直无优劣之可言。
盖世之评一时代历史者，褒贬所加，辄不一致，以当时人文所现，合之近今，得其差池，因生不满。若自设为古之一人，返其旧心，不思近世，平意求索，与之批评，则所论始云不妄，略有思理之士，无不然矣。若据此立言，则希腊学术之隆，为至可褒而不可黜；其他亦然。世有哂神话为迷信，斥古教为谫陋者，胥自迷之徒耳，足悯谏也。盖凡论往古人文，加之轩轾，必取他种人与是相当之时劫，相度其所能至而较量之，决论之出，斯近正耳。惟张皇近世学说，无不本之古人，一切新声，胥为绍述，则意之所执，与蔑古亦相同。盖神思〔２０〕一端，虽古之胜今，非无前例，而学则构思验实，必与时代之进而俱升，古所未知，后无可愧，且亦无庸讳也。昔英人设水道〔２１〕于天竺〔２２〕，其国人恶而拒之，有谓水道本创自天竺古贤，久而术失，白人不过窃取而更新之者，水道始大行。旧国笃古之余，每至不惜于自欺如是。震旦死抱国粹之士，作此说者最多，一若今之学术艺文，皆我数千载前所已具。不知意之所在，将如天竺造说之人，聊弄术以入新学，抑诚尸祝〔２３〕往时，视为全能而不可越也？虽然，非是不协不听之社会，亦有罪焉已。
希腊既苓落，罗马亦衰，而亚剌伯人继起，受学于那思得理亚与僦思〔２４〕人，翻译诠释之业大盛；眩其新异，妄信以生，于是科学之观念漠然，而进步亦遂止。盖希腊罗马之科学，在探未知，而亚剌伯之科学，在模前有，故以注疏易征验，以评骘代会通，博览之风兴，而发见之事少，宇宙见象，在当时乃又神秘而不可测矣。怀念既尔，所学遂妄，科学隐，幻术兴，天学〔２５〕不昌，占星〔２６〕代起，所谓点金通幽〔２７〕之术，皆以靶也。顾亦有不可贬者，为尔时学士，实非懒散而无为，精神之弛，因入退守；徒以方术之误，结果乃止于无功，至所致力，固有足以惊叹。如当时回教新立，政事学术，相辅而蒸，可尔特跋〔２８〕暨巴格达德〔２９〕之二帝，对峙东西，竞导希腊罗马之学，传之其国，又好读亚里士多德与柏拉图书。而学校亦林立，以治文理数理爱智质学〔３０〕及医药之事；质学有醇酒〔３１〕硝硫酸之发明，数学有代数三角之进步；又复设度测地，以摆计时，星表〔３２〕之作，亦始此顷，其学术之盛，盖几世界之中枢矣。而景教子弟，复多出入于日斯巴尼亚〔３３〕之学校，取亚剌伯科学而传诸宗邦，景教国之学术，为之一振；递十一世纪，始衰微也。赫胥黎作《十九世纪后叶科学进步志》，论之曰，中世学校，咸以天文几何算术音乐为高等教育之四分科，学者非知其一，不足称有适当之教育；今不遇此，吾徒耻之。
此其言表，与震旦谋新之士，大号兴学者若同，特中之所指，乃理论科学居其三，非此之重有形应用科学而又其方术者，所可取以自涂泽其说者也。
时亚剌伯虽如是，而景教诸国，则于科学无发扬。且不独不发扬而已，又进而摈斥夭阏〔３４〕之，谓人之最可贵者，无逾于道德上之义务与宗教上之希望，苟致力于科学，斯谬用其所能。有拉克坦谛（Ｌａｃｔａｎｔｉｕｓ）〔３５〕者，彼教之能才也，尝曰，探万汇之原因，问大地之动定，谈月表之隆陷，究星辰之悬属，考成天之质分，而焦心苦思于此诸问端者，犹絮陈未见之国都，其愚为不可几及。贤者如是，庸俗可知，科学之光，遂以黯淡。顾大势如是，究亦不起于无因。准丁达尔（Ｊ。Ｔｙｎｄａｌｌ）〔３６〕言，则以其时罗马及他国之都，道德无不颓废，景教适以时起，宣福音于平人，制非极严，不足以矫俗，故宗徒之遘害虽多，而终得以制胜。惟心意之受婴久，斯痕迹之漫漶也难，于是虽奉为灵粮〔３７〕之圣文，亦以供科学之判决。
见象如是，夫何进步之可期乎？至厥后教会与列国政府间之冲突，亦于究之受妨，与有力也。由是观之，可知人间教育诸科，每不即于中道，甲张则乙弛，乙盛则甲衰，迭代往来，无有纪极。如希腊罗马之科学，以极盛称，迨亚剌伯学者兴，则一归于学古；景教诸国，则建至严之教，为德育本根，知识之不绝者如线。特以世事反复，时势迁流，终乃屹然更兴，蒸蒸以至今日。所谓世界不直进，常曲折如螺旋，大波小波，起伏万状，进退久之而达水裔，盖诚言哉。且此又不独知识与道德为然也，即科学与美艺之关系亦然。欧洲中世，画事各有原则，迨科学进，又益以他因，而美术为之中落，迨复遵守，则车免近事耳。惟此消长，论者亦无利害之可言，盖中世宗教暴起，压抑科学，事或足以震惊，而社会精神，乃于此不无洗涤，熏染陶冶，亦胎嘉葩。二千年来，其色益显，或为路德〔３８〕，或为克灵威尔〔３９〕，为弥耳敦〔４０〕，为华盛顿〔４１〕，为嘉来勒〔４２〕，后世瞻思其业，将孰谓之不伟欤？此其成果，以偿沮遏科学之失，绰然有余裕也。盖无间教宗学术美艺文章，均人间曼衍之要旨，定其孰要，今兹未能。惟若眩至显之实利，摹至肤之方术，则准史实所垂，当反本心而获恶果，可决论而已。此何以故？则以如是种人之得久，盖于文明政事二史皆未之见也。
迄今所述，止于昏黄〔４３〕，若去而求明星于尔时，则亦有可言者一二，如十二世纪有摩格那思（Ａ。Ｍａｇｎｕｓ）〔４４〕，十三世纪有洛及培庚（Ｒｏｇｅｒ Ｂａｃｏｎ 生一二一四年，中国所习闻者生十六世纪与此异）〔４５〕，尝作书论失学之故，画恢复之策，中多名言，至足称述；然其见知于世，去今才百余年耳。
书首举失学元因凡四：曰摹古，