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被认为是误导的，它提供的答案被认为是“连错误都算不上”，不包含一星半点的启示，杜绝了任何通往正确知识的可能。在许多受过教育的人士心目中，设计论早已沦落到了与童话为伍的地步。
进化论是否真的修成正果？设计论是否真的无可救药？美国哲学家邓勃斯基 （William A．Dembski）的《理智设计论》一书对此偏要大吼一声：“不！”不要以为又来了一个孤陋寡闻、抱残守缺的妄人，此人是芝加哥大学的数学和哲学博士，并在麻省理工学院和普林斯顿大学做过博士后，是学院门槛里头修炼出来的怪杰。虽然我对书中涉及神学的部分颇为隔膜，但他对进化论“知识地位”的质疑、对设计论“知识地位”的辩护，在我看来是言之成理的，虽然并非无懈可击。
先看看设计论的标准表述，这一表述来自英国哲学家威廉·佩利（1743… 1805）的《自然神学：从自然中搜集的有关上帝的存在及其属性的证据》：
假设我穿过荒野时，脚踩到一块石头，如果有人问石头怎么会在那里，我可能会口是心非地答道：它一直就在那里。这听起来可能不太荒谬。但假设我发现的是一块手表，它怎么会在这呢，我就肯定不会像以前那样回答了，虽然说不定我知道手表可能一直在那里。关于手表和石头的答案为什么不同？为什么两种情况互不兼容？就是因为我们仔细观察这表时，会看到（在石头里面我们不会发现的）它的每一部分都是有目的地组合在一起，它们如此精确地搭配调节以至于产生转动，极其规律地转动以指明一天的时间。若是按各自原有的形状、尺寸，用别法摆在一起，就既不会有机械的转动，也不会有它现在的功用……我们观察这个机械（这的确需要工具设备，可能还需要一定的知识装备，才能观察，才能弄明白；但是一旦观察，一旦弄明白了），必定会得出结论说，这个手表肯定有一位制造者，一位或一群工匠曾在某时某地为了某个目的把它造出来，他理解其构造，并且设计其用途，这才是答案。（转引自＇美＇克拉克《重返理性》，第20…21页，唐安译，北京大学出版社 2004年10月版）
同样，宇宙和生物的各部分的精确组合，驱使人们承认宇宙和生物也有一位伟大的设计师。
休谟（1711～1776）在《自然宗教对话录》中批判了上述设计论论证，有趣的是《自然宗教对话录》的成书时间要比佩利的《自然神学》早23年，但佩利似乎并未考虑过休谟的批判。休谟的批判思路如下：所有论证要么是演绎的，要么是归纳的，设计论论证不可能是演绎的，所以是归纳的。这一归纳论证的核心是一种类比，手表和宇宙或生物越相似，类比的说服力就越强；但休谟并不认为手表和宇宙或生物有何相似之处，生物可以吐故纳新，宇宙包含了生物，而手表自身及其内部的任何零件都绝无吐故纳新之可能。还有，归纳论证是需要统计样本的，我们有大量样本说明手表是由人制造的，但当我们说到宇宙的起源时，我们又有多少统计样本呢？换言之，我们又见过多少由神创造的可能世界呢？休谟认为我们其实连一个也没有见过，因此佩利的论证是一种零样本的归纳论证，这显然是荒谬的。
休谟的批判听起来言之凿凿，对后人的影响也极其深远，但其实是无的放矢。当代美国哲学家Elliott Sober（1991年度科学哲学的拉卡托斯奖得主）即敏锐地指出：“如果这一论证具有休谟所归诸于它的特征，那么休谟的批判就是十分强有力的。但如我所坚持的，如果这一论证是最佳说明推理，则休谟的批判就完全失去其力量了。”Elliott Sober所说的“最佳说明推理”建立在符号学家、实用主义哲学家皮尔士的“诱导法”的基础上，亦即找出最佳说明或解释的一种方法。在他看来，佩利的论证并非如休谟所说的那样是“一个”归纳论证，而是涉及到“两个”论证之间的比较，第一个关于手表，第二个则关于生物（或宇宙）：
我们可以把关于钟表的论证表述如下：
A：钟表是复杂的而且是用来完成计划任务的。
W1：钟表是理智设计的产物。
W2：钟表是偶然物理过程的产物。
佩利断言：W1发生时A的概率远远大于W2发生时A的概率。他然后又说，相同的分析模式也适用于如下三个陈述：
B：生物是复杂的而且是设置来完成生存和生殖任务的。
L1：生物是理智设计的产物。
L2：生物是偶然物理过程的产物。
佩利论证，如果你同意他对钟表的分析，那么你也应该同意：L1发生时B的概率远远大于L2发生时B的概率。尽管两个论证的主题对象不同，但它们的逻辑是相同的。两个都是最佳说明推理，在其中相似原理（the Likelihood Principle）（断言一组互相竞争的假说中赋予资料以最大概率的假说是最佳说明的统计学原理）被用以决定哪个假说是受观察更好支持的。（《理智设计论》，第305～306页）
Elliott Sober认为佩利的论证在当时只有L1、L2两个选项的情况下完全合理，必须等到达尔文提出进化论的L3选项（生物是变异和选择的产物），才能改变佩利的论证结果。Elliott Sober支持进化论，他认为，尽管L1仍然能够相当漂亮地说明资料B，但它不能说明诸如化石记录、设计的次最佳性（suboptimality）和退化器官等新增资料。概言之，在达尔文之前，佩利提出了关于生物的最佳说明；有了达尔文，最佳说明就改变了。而邓勃斯基则认为，对于人类新近观察到的许多资料，进化论极有可能会束手无策，而设计论却能提供最佳说明。
其实达尔文在学生时代对佩利的设计论论证亦是拳拳服膺，他在自传中回忆：“（佩利）的《自然神学》的逻辑给我的快乐不亚于欧几里得。仔细研究他的著作而不是死记硬背，是我学院生活的全部内容。”而达尔文后来对佩利设计论的拒斥，首先是来白搭乘贝格尔号军舰环球考察时的所见所闻导致的信念焦虑：既然许多物种遭受了灭绝的命运，许多物种的生存本身就是罪孽（比如姬蜂寄生于毛虫的活体中），许多物种身上存在着无用的或是有缺陷的器官（比如远离水源的鸭子仍然保留着蹼，人类的脊椎构造适合四足爬行而不是直立行走），那么又如何能够相信生物来自一位仁慈而又全能的神的设计呢？
这确实触及到了佩利版本的设计论的一个很大缺陷：身处自然神学传统中的佩利将设计者等同于先定的基督教上帝概念，从而假定了设计者（神）的仁慈和全能，同时也假定了其设计的最优性，这当然无法应对达尔文的诘难。但正如邓勃斯基所说：“然而事实是设计论并不蕴涵最优设计、完美或无苦难。去除了先验的神学颅设，英国自然神学的核心观念，即设计论，要难以反驳得多。”（《理智设计论》，第80页）旅美学者方舟子在《智能设计论：一具行走的僵尸》一文（载于《科学世界》2004年第1期）中的有关诘难，也仅针对最优设计论，并未击中设计论的合理内核——设计论具有经验内容，而且其论证方式符合公认的在一组相互竞争的假设中确定最佳说明的统计学原理。
为了挽救设计论的合理内核，邓勃斯基对其进行了重新定位，将新的设计论命名为“理智设计论”。其精确表述如下：宇宙与生物的形成有其理智原因，这一理智原因不可能还原为物理原因、或制约物理原因的自然法则。（参见《理智设计论》，第85页）他强调理智设计论迥异于原教旨主义的“科学创造论”，不能把两者混为一谈：
二者之间最明显的区别在于科学创造论有先在的宗教承诺而理智设计论没有。科学创造论承诺了两个宗教预设，并为适应这两个预设而解释科学资料。与之对照，理智设计论没有先在的宗教承诺，且根据广为接受的科学原则解释科学资料。特别的，理智设计论不依赖于关于创造的圣经解释……理智设计论在诉诸引起自然中的具体复杂性的设计性理智时是有节制的。例如，设计论者认识到这种理智的本质、道德特征和目的是超越于科学范围之外的。（同上，第26％270页）
就理智设计论而言，否定其“知识地位”的理由主要有以下四条：
一、设计论引入了一个不可观察、测量的设计者（神）来说明可观察、测量的资料，因而是不可证实的。
二、设计论可以说明一切，因而什么也说明不了。
三、设计论犯了不可接受的倒退错误，因为对其中的设计者还要反过来提供说明。
四、科学说明应当是还原式的，应该由复杂走向简单，而设计论并非如此。
（其他理由明显比上述四条逊色，不再一一列举。）
严格地说只有第四条的论辩力比较强，前三条都被邓勃斯基轻松反驳。
首先，“科学假设许多无人观察过、在很多情况下也无任何观察希望的理论实体，例如夸克、超弦和冷暗物质……认为只有将事物标以数字才是科学的观点也是站不住脚的。圣经计量学尽管全力强调数字但仍不是科学。另一方面像考古学这样的定性科学虽相对不够数字化，但仍属于科学。”（同上，第279页）因此第一条理由不成立。
其次，第二条理由混淆了“意向”和“设计”。固然可以对宇宙中发生的一切都提供“意向”的说明，亦即认为它们出自某种有意的行为，但并非一切有意的行为都是设计的，设计在有意的行为中添加了“具体的复杂性”（这是理智设计论的重要概念，后面还要详细论述）——例如，一个人可能会有意地在键盘上随机打出一串字符，这是复杂的，但不是具体的；一个人也可能会有意地在键盘上打出一个英文单词，这是具体的，但并不复杂；而莎士比亚的十四行诗既是具体的又是复杂的，因此它就不仅仅是