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但是，笛卡尔对真理的存在毫不怀疑，问题在于用什么方法去获得真理。对此他认为，除了必须抛弃前此操之过急、妄自独断、固执己见等弊病之外，还应有一个真理的标准，用以判别真假。因此，笛卡尔又有一个信念，即良知的存在。他认为良知在实际的生活中等于明智，而在理论的生活中则等于理智。人人都有良知，而且基本上平等，但是为何直到今天，人们仍不能用良知来建立共同的形上学呢？按照笛卡尔的看法，这并不是由于彼此的良知不同，而是彼此在应用良知上的情形不同，或者说是应用的方法不同，或者是应用的对象不同。“一切科学，就其整体来说，和人的智慧等同。它通常是单一的而且是同一的，但是如果应用到不同的事物上，反应也就自然不同。犹如阳光照耀在各种物体上，我们便看到各种不同的花色明暗。这个理智等同的信念就成为他的方法根据。”笛卡尔深信在所有的知识中，数学最具资格被称为真正的科学。它具有真正科学的条件和达到真理的方法，所以他要借助数学的形式作为一切知识的形式。同时，数学方法也是普遍知识的方法，“那一长串连贯的推理极其简单容易，几何学者常习惯应用它们以获得难证明的事理使我联想，凡在人的能力所能认识的范围内，都有同样的情况，只要你不把任何不是真的当作真的，并遵守演绎程序由一事理推到另一事理，那么就绝不会有遥不可接、隐不可明的事理。所以应当在数学中寻求理智活动的法则。科学只有一种，因而方法也只有一个，数学方法也是其它科学的方法，这种方法是真切而简易的规则总汇。任何人都能应用，并且十分方便，只要你仔细遵守，决不会把假的当作真的，日将月就，知识便会不期然地逐渐增加而得到理智所能知道的最高知识。”
数学上所应用的基本方法有两种：一是直观；一是演绎。推演真理的程序是由定义、公理而达到结论。直观是理智最单纯的基本活动，是心灵的直接洞悉，它能供给我们坚定不摇的绝对真理。譬如：每个人洞悉自己存在的事实；思想存在的事实；三角形只有三边以及球形只有一个表面的事实。只要我们应用心灵之眼观看这些事实，立刻就有明显的感受，心灵便具有这些事实的明显观念。这些观念即为单纯的观念。在研究任何问题的过程中，我们通常遇到这类单纯的观念。一切难题的解答必须借助他们。演绎也是理智的活动，但是和直观不同，它们不是理智的单纯活动，必须先假定了某些真理（或定义）之后，凭借这些定义推出一些结论。譬如：我们知道了三角形的定义和定理之后，可以推出一个三角形内角的总和等于两直角之和。所以直观的功用是在于提供科学和哲学的最新原则。而演绎则是应用这些原则来建立一些定理和命题。也就是说，直观是发明的基本原则，演绎是导致最基本的结论。不过笛卡尔认为演绎是有缺陷的，因为由同一个原则往往会演绎出不同的结论，所以应当有另一个方法来纠正它。这个纠正的方法就是经验，即所谓的诉诸事实。
（二）方法的实质
笛卡尔认为：“方法，我是指确实和简单的规则，如果某人准确地遵从它们，他将决不会把假的东西当成真的，决不会把他的精神努力无目的地花费，而将总是逐渐地增加他的知识，这样对于所有不超过他的能力的东西得到一个真实的理解。”以往之所以得不到关于事物的确实的知识，是因为我们没有获得把握这种知识的方法，或者说已往的方法不恰当。“但是，如果我们的方法正确地解释了应该怎样运用精神的洞察力，以至于不陷入矛盾的错误，并且解释了应该怎样发现演绎，以使我们能获得全部事物的知识，我看不出还需要什么使这个方法更完全，因为我已经说过，除了通过精神直观和演绎外得不到任何科学。”这就是说，这个方法的内容有两个方面，一是正确地解释怎样运用直观，一是正确地解释怎样发现演绎。直观和演绎就是这个方法的实质。
所谓直观，笛卡尔认为：“‘直观’，我理解为，不是感观的往复不定的证据，也不是起源于想象力错误地构造出来的骗人的判断，而是一个纯净的和专注的心灵如此迅速、如此清楚地给予我们的概念，以至于对于我们理解的东西完全用不着怀疑。”或者换句话说，“直观是一个纯净的、专注的心灵所具有的无可怀疑的概念，只是来自理性自然之光，它比演绎本身更确实，因为直观本身更简单，……”直观具有两个特点：一、直观的命题必须是最清楚明白的；二、它（命题）必须是同时地（而不是相继地）、整个地被理解。因此，我们运用直观就应该像运用眼睛一样，不要把思想分散在全部事物上，而应集中在某一点上。想一眼把什么都看清楚的人什么都看不清，想在思维的一个单一活动中同时专注许多事物，那么思想必然混乱；因此，应该像那些从事细微和精巧操作的工人那样，把视力集中在某一点上，通过实践获得一种区别各种微小和精细的对象的能力。
笛卡尔把演绎作为除直观之外“认识的补充方法，即通过演绎来认识。我们把演绎作为起源于其它那些我们确实地认识到的事实的全部必然推论”。演绎并不要求像直观所拥有的那种直接呈现出来的证明，它的确实性在某种程度上宁可说是记忆赋予它的。它通过一系列的间接论证就能得出结论，这就像我们握着一根长链条的第一节就可以认识它的最后一节一样。
这就是说，直观仅作为一种直接的认识方式，而演绎则是一种通过推理的间接的认识方式。直观和演绎是认识事理的根本方法，它们是笛卡尔方法的实质和核心，“除了那些自明的直观和必然的推演，人类没有直接通向确实知识”。总之，直观就是找到最简单、无可怀疑、无须辩护的人类知识元素，即发现最简单和最可靠的观念或原理。然后对它们进行演绎推理，导出全部确实可靠的知识。
（三）方法的规则
根据上述的方法论的起点，笛卡尔规定了方法的规则。在他的《指导心灵的规则》一书中，笛卡尔列举了二十一条规则，但在《方法导论》的书目中，他只列了四条，我们可以归纳如下：规则一：绝不承认任何事物为真，除非我明明白白知道它确实为真。
第一条规则告诉人们要谨慎处事，避免疏忽和成见。判断不要越过事物在心眼前所呈现的明显与清晰的范围，不含任何可疑的因素。笛卡尔所谓的明显与臆测是相对立的，明显是指呈现在心眼前的事实，在心中所产生的结果。用传统的说法，直观就是明显，是心灵到达明显的活动。显然，这条规则是根据数学的直观而来的，所以按照笛卡尔的看法，它绝不是感观所提供的不稳定证据，也不是幻想所编织出来的海市蜃楼，而是一个了解的观念，是纯理智的专一获得的观念。这个观念极其简单而容易、明显而清楚，使我们对认识的对象不但知道其内容，而且也了解自己知道的内容。换句话说，就是明白这观念的存在，没有丝毫疑惑的可能。直观乃是理智用以攫取自我观点的方式，是一种纯理智的行为。所谓（clearity）与（Distinction）是该明显或直观的两大特征。
“明”是指一个观念在理智中对于注视它的心眼透彻地呈现自己，没有丝毫隐瞒。“晰”是指一个观念，显出自己与其它观念有分别，因为它所含的因素与其它观念所含的因素迥然各异。因此，“晰”肯定了“明”，但是“明”却未必“晰”，“晰”和观念的单纯性特别有关系。
所以，我们可以简单地说：明晰是心灵的基本行为，笛卡尔称它为直观。在《探求心灵的规则》一书中，他把它列在演绎旁边，视二者为理智的仅有活动。同时直观也是明晰的行为，心灵的自我透视。
规则二：将我们所要检查的每一难题，尽可能分解成许多部分，以作为妥善解释这些难题的要害。
在上一规则中，笛卡尔已暗示，一切难题之所以为难题，是因为复杂的缘故。如果将一个难题分析成为千千万万个微小的部分，使其单纯化则难题也就不成为难题了。因为笛卡尔深信，单纯的亦是明显的，所以这条规定，一方面叫我们确定困难之所在及其范围；另一方面也叫我们把难题分析为简单而绝对的部分，以便逐一加以观察，因为一旦发现了问题的绝对部分，则其答案也就在其中了。
分析的主要任务，就是要找到最简单的东西、最简单的事实或命题。这就是从个别去找一般，从具体走向抽象，这个过程是通过对具体事物的分割来进行的。找到了最简单的东西即是分析过程的完结。
规则三：依照次序引导我们的思想，由最简单、最容易认识的对象开始，一步一步地上升到最复杂的知识。把全部事物看作是一个从绝对到相对、从简单到复杂、相互依赖、相互联系、层层隶属的有顺序的系列，认识以最简单的事物为起点，“然后，一步一步地前进，探询其它的真理是否能从这个真理中推演出来，并且另外一些真理又从这些结论推演出来，等等，这样依次进行下去”。这条规则是根据这样一个信念：假定一切事物皆有一种程序。如果不能在事物本身找出一种自然的程序，�