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我们面前的自然世界，此外没有神迹可看。可以说，托马斯的“五种证明”反映了欧洲人的科学理性认知精神（古希腊人开启的）的回归，在人类思想史上具有重大意义。下面结合现代科学的发现简单扼要地对应说明托马斯·阿奎那关于上帝存在五种证明的含义。
第一种证明，上帝是第一推动者。在上个世纪，因为哈伯的观测和宇宙微波背景辐射证据使得宇宙大爆炸理论成为成熟的理论。但宇宙为何在奇点发生爆炸，或者说什么机缘或原因点燃了宇宙大爆炸的导火索呢？这个问题超越了目前的数学和物理学，因为我们数学、物理学的一切理论都是建立在宇宙“成熟”（大爆炸后一百五十亿年后的现在）时期的时间－空间基础上的，在宇宙奇点和爆炸的临界点到爆炸以后很短的区间，时空弯曲到在质点内完全闭和的程度，我们的数学和物理学所有定律在此区间内是完全失效的。霍金教授在《果壳中的宇宙》中认为，在我们目前的宇宙，上帝玩骰子的频率和数量都非常大，所以宇宙呈现出规律性；而在越接近大爆炸的区域，上帝掷骰子的频率越小，不确定性也就越明显，以致在爆炸开始的时刻是完全不确定的。完全不确定性意味着偶然性。偶然性，比如问某人路过湖边时为什么向水里投掷了一枚石子，他投掷石子的确切动机是什么，他可以回答：没有动机，仅仅是兴之所至。我们也可以回答：宇宙大爆炸的契机是上帝的兴之所至。目前的宇宙的任何事件都可以追溯原因，无穷尽地追溯下去，直至宇宙大爆炸的起点，而这个起点爆炸开来的起因可能是无因的，没有任何原因，或者说上帝的兴之所至就是原因。
第二种证明，上帝是最初动力。我们宇宙中任何一个星系都是一个开放的系统，因而可以和外界交换能量，但整个宇宙可以被看成是一个超大规模的封闭系统，在此系统中能量是守恒的，这是热力学第一定律的要求；而整个宇宙系统又呈现熵值持续增大的趋势，这个趋势没有逆转的可能，这是热力学第二定律的要求。但在宇宙中远离平衡态的一个开放系统中的子系统如地球上的生命系统是一个有序度增大而熵值减小的过程，这并不违反两个热力学定律，因为生命个体的有序是以牺牲外界的无序为代价的，地球生物圈的近乎完美的循环而且循环中呈进化的趋势是因为太阳持续地提供了能量的缘故。当然我们整个太阳系还是呈现熵值增大的趋势。在地球形成以后，出现了从简单的化合物到复杂高分子化合物到自组织系统到具有遗传基因的简单生命到具有智能的高级生命的过程，这是自然界物质形态逐渐有序化的过程，这个过程的动力是什么呢？太阳给太阳系中其他行星也提供能量为什么没有生命的进化呢？存在即合理是一种解释，但这种解释导致循环的解释，凡是合理的都是存在的，凡是存在的就都是合理的——存在与合理彼此循环地解释和被解释，也许在哲学的认知论上还不失一定的启发意义，但以科学的严格性要求，循环论证是违反逻辑律的。而进化论本身也不能解释何以地球生命系统存在进化，达尔文的自然选择受到越来越多的挑战，其中之一是存在——存在即合理——那样的循环定义，什么物种能生存下来呢？凡是适应环境的能生存下来；什么是适应环境的？凡是生存下来的都是适应环境的。逻辑律的起码要求是，在一个定义概念的语句中不能包含被定义的概念，但循环定义必然导致同意反复，而同意反复是没有意义的。达尔文的进化论的伟大意义首先是他对自然物种的科学细致的观察，其次是通过观察描述了进化的事实，而不完全在于他对于进化的解释——自然选择的解释。例如，你可以解释雌孔雀的长尾巴尽管不适合飞行但能吸引配偶所以经受住了自然选择，但你以此则不能解释鸽子的尾巴为什么没有雌雄的如孔雀那样大的差别；你也不能严格解释最能适应各种环境的动物（如老鼠）为什么没有淘汰其他较脆弱的动物；既然爬行类低于哺乳类动物为什么没有被选择掉等等——自然选择论对此类问题的解释多半是想当然的、众说纷纭的、不严格的，自然选择论显得过于宽泛和粗糙。况且由达尔文进化论衍生的达尔文主义在人类种族间的运用必然导致强权崇拜和武力崇拜，而强权崇拜和武力崇拜是把精神性的人类倒退到生物性的人类。人类悲悯、怜爱的品格使其产生扶危济弱的行动显然是比生物自然选择的进化论更高级的形态。生物（包括人）的进化仿佛是一个目的性的过程，就人类本身的行为来看，他的个体和群体的很多行为是具有很强的目的性的，如果认为自然物质形态不包含任何目的性，那么人类的目的性则似乎成了无源之水、无根之木，而承认宇宙本身历史性中包含的合目的性那就必然导致这样的信念——先于宇宙存在的意志的存在，这个意志显然是托马斯·阿奎那所理解的动力的上帝。
第三种证明，上帝是使一切获得必然性者。我们目前的宇宙为什么是如此的形态而不是另外的形态，如时间的单向性、空间的广延性，以及宇宙学定律（必然性和几率性的）为什么是可理解的？而事实告诉我们（这个事实归结在霍金教授著作中的“人择原理”）：正是目前这种宇宙才会使“我们”能够追问宇宙为什么是目前这种形态的宇宙，如果宇宙太年轻，处于如自由电子还没有来得及和质子与中子结合成原子的阶段，或者即使形成了元素周期表中的所有元素的原子，但还没有形成有机高分子阶段，当然就不会有智慧生命的“人”向宇宙发问了；如果宇宙太年老，宇宙处在塌崩或“热寂”状态，所有有序的开放系统（生命当然包括在内）都已经像高塔一样倒塌了，连废墟的痕迹都没有，更何谈有向宇宙追问原因的存在者了。只有宇宙大爆炸后的一百五十亿年的现在，宇宙即不太年轻也不太年老才会有我们人类对宇宙为何如此形态的追问。如果上帝同时创造另一个宇宙，如非相对论、非量子论的宇宙向我们显现，我们或许能在比较中接近我们的问题，遗憾的是上帝只给我们创造了惟一的宇宙（尽管宇宙在理论上可能存在其他形态的宇宙，参见霍金的《时间简史》）。因此，宇宙形态如此而非彼的问题除了上帝知道，我们对此无知。
第四、第五种证明，上帝是最本真存在者、世界秩序的统领者。什么是最终的存在者？按照宇宙大爆炸理论，纷繁复杂、广袤无垠的宇宙原来曾经被浓缩在不占任何体积的奇点中，或者反过来说，这个没有体积的奇点是未来宇宙一切存在者和存在者秩序的种子：上帝的力量的确超越了人类一切可能的想象力！黑洞的存在已经被间接地观测到了，黑洞内部丢失了形成黑洞星体的所有历史信息。由于太阳的质量不是特别大，五十亿年后它将不会形成黑洞而是形成一颗白矮星，地球在巨大引力作用下将被吸入这白矮星的脏腑中并被压缩为密度很大但体积很小而与白矮星“熔”为一体（其实四十亿年后地球在太阳变成白矮星之前的红巨星时其一切生命已经彻底结束了）。我们地球的所有历史也将终结在这颗白矮星中，那时，我们的文化、科学、艺术都彻底消失了，就像根本没有存在过一样。“那些明眸皓齿，那些涌泪的眼窝，那些撩人的尖叫……而今安在？一切复归为一场春梦”，瓦雷里诗吟咏的海滨墓园还不是最后的终结，最后的终结是墓园和关于墓园的诗也都终结在白矮星的电子气和原子核堆中了。当然，如果地球突然发生使恐龙灭绝那样大的环境灾难（小行星撞击地球），或者民族－国家间的冲突导致世界大规模核战争爆发，那么人类文明的终结将不需要四十亿年那样久。无论如何，如果你不想变成彻底虚无主义者的话，就只有相信托马斯的证明：上帝是最本真的存在者和统领世界秩序的存在者，这是我们投向四十亿年以后宇宙的惟一的一缕信念和希望，也是对那个所有心灵彻底寂灭必然来临时刻的惟一可能的自我安慰。
当托马斯·阿奎那赋予上帝是第一推动者、最初动力、使一切获得必然性者、最本真存在者、世界秩序的统领者的属性时，上帝也就因这些属性扬弃了旧时代的人们赋予上帝的诸多观念。上帝存在的五种证明把《旧约》那个用声音吩咐摩西捡香炉和动不动就大发脾气的耶和华上帝涅槃了。托马斯·阿奎那通过证明上帝的存在深化了奥古斯丁所理解的上帝，是继奥古斯丁之后人格神上帝向理性上帝转换的又一个重要环节（尽管当时和以后直至现代的一般大众并没有完全实现这种转换）。这是人类精神发展的关键性步骤，上帝观念的历史遗存——图腾性、偶像性以及人性化的感情、欲望在杰出的大脑那里通过对物理世界的逻辑思维而被荡涤殆尽。因此托马斯·阿奎那的理性上帝具有划时代的意义，是希腊精神复临欧洲大陆的曙光，尽管文艺复兴的灿烂黎明的到来还需要耐心等待。
上帝的可理解性开启了牛顿的智慧，他的《自然哲学的数学原理》用数学方程奏响了上帝构思世界的完美旋律；而达尔文的进化论则把“上帝造人”运动描述成千百万年的渐进过程。人类知识的增长使人类曾变得雄心勃勃，甚至试图觊觎上帝的权威。拉普拉斯甚至认为：给我全部初始参数，我就能预言一万年后世界的情形，拉普拉斯的这种信念与其说是“科学的”，毋宁说是宿命论的，一万年后某高楼前是否站立一个孩子，他头顶是飞过一只乌鸦还是鸽子，以及他彼时头脑里闪过一个什么念头，无论如何是根本不可能预言的。拉普拉斯刻板地把世界看作是早已经拍摄好的电影胶片，认为世界的未来不过是有待放映罢了。波普尔对此进行了批判，