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经常有人问道，自然选择既然如此有力量，为什么对于某些物种显然有利的这种或那种构造，没有被它们获得呢？但是，考虑到我们对于各种生物的过去历史以及对于今日决定它们的数量和分布范围的条件是无知的，要想对于这样的问题给予确切的回答，是不合理的。在许多情形里，仅能举出一般的理由，只有在少数情形里，才可以举出具体的理由。这样，要使一个物种去适应新的生活习性，许多协调的变异几乎是不可少的，并且常常可以遇到以下的情形，即那些必要的部分不按照正当的方式或正当的程度进行变异。许多物种一定由于破坏作用，而阻止了它们增加数量，这种作用和某些构造在我们看来对物种有利，因此便想像它们是通过自然选择而被获得的，但并无关系。在这种情形里，生存斗争并不依存于这等构造，所以这等构造不会通过自然选择而被获得。在许多情形里，一种构造的发展需要复杂的、长久持续的而且常常具有特殊性质的条件；而遇到这种所需要的条件的时候大概是很少的。我们所想像的、并且所往往错误想像的对于物种有利的任何一种构造，在一切环境条件下都是通过自然选择而被获得的，这种信念与我们所能理解的自然选择的活动方式是相反对的。米伐特先生并不否认自然选择有一些效力，但是他认为，我用它的作用来解说这等现象，“例证还不够充分”。他的主要论点刚才已被讨论过了，其他的论点以后还要讨论到。依我看来，这些论点似乎很少有例证的性质，其分量远不及我们的论点，我们认为自然选择是有力量的，而且常常受到其他作用的帮助。我必须补充一点，我在这里所用的事实和论点，有些已在最近出版的《医学外科评论》（MedicoChirurgicaI Review）的一篇优秀的论文里，为了同样的目的而被提出过了。
今日，几乎所有的博物学者都承认有某种形式的进化。米伐特先生相信物种是通过“内在的力量或倾向”而变化的，这种内在的力量究竟是什么，实在全无所知。所有进化论者都承认物种有变化的能力；但是，依我看来，在普通变异性的倾向之外，似乎没有主张任何内在力量的必要；普通变异性通过人工选择的帮助，曾经产生了许多适应性良好的家养族；而且它通过自然选择的帮助，将会同等好地、一步一步地产生出自然的族，即物种。最后的结果，如已经说过的那样，一般是体制的进步，但在某些少数例子里是体制的退化。
米伐特先生进而相信新种“是突然出现的，而且是由突然变异而成”，还有一些博物学者附和他的这种观点。例如，他假定已经绝灭了的三趾马（Hipparion）和马之间的差异是突然发生的。他认为，鸟类的翘膀“除了由于具有显著而重要性质的、比较突然的变异而发展起来的以外，其他方法都是难于相信的”；并且显然他把这种观点推广到蝙蝠和翼手龙（pterodactyles）的翅膀。这意味着进化系列里存在着巨大的断裂或不连续性，这结论，依我看来，是极端不可能的。
任何人如果相信进化是缓慢而逐渐的，当然也会承认物种的变化可以是突然的和巨大的，有如我们在自然状况下，或者甚至在家养状况下所看到的任何单独变异那样。但是如果物种受到饲养或栽培，它就比在自然状况下更容易变异，所以，像在家养状况下常常发生的那样巨大而突然的变异，不可能在自然状况下常常发生。家养状况下的变异，有若干可以归因于返祖遗传，这样重新出现的性状，在许多情形里，大概最初是逐渐获得的。还有更多的情形，必定叫作畸形，如六指的人、多毛的人、安康羊、尼亚太牛等等：因为它们在性状上与自然的物种大不相同，所以它们对于我们的问题所能提供的解释是很少的，除了这些突然的变异之外，少数剩下来的变异，如果在自然状况下发生，充其量只能构成与亲种类型仍有密切相联的可疑物种。
我怀疑自然的物种会像家养族那样也突然发生变化，并且我完全不相信米伐特先生所说的自然的物种以奇特的方式发生变化，理由如下。根据我们的经验，突然而显著的变异，是单独地、并且间隔较长的时间，在家养生物里发生的。如果这种变异在自然状况下发生，如前面所说的，将会由于偶然的毁灭以及后来的相互杂交而容易失去；在家养状况下，除非这类突然变异由人的照顾被隔离并被特别保存起来，我们所知道的情况也是那样的。因此，如果新种像米伐特先生所假定的那种方式而突然出现，那么，几乎有必要来相信若干奇异变化了的个体会同时出现在同一个地区内，但这是和一切推理相违背的。就像在人类的无意识选择的场合中那样，这种难点只有根据逐渐进化的学说才可以避免；所谓逐渐进化是通过多少朝着任何有利方向变化的大多数个体的保存和朝相反方向变化的大多数个体的毁灭来实现的。
许多物种以极其逐渐的方式而进化，几乎是无可怀疑的。许多自然的大科里的物种甚至属，彼此是这样地密切近似，以致难以分别的不在少数。在各个大陆上，从北到南，从低地到高地等等，我们可以看到许多密切相似的或代表的物种；在不同的大陆上，我们有理由相信它们先前曾经是连续的，也可以看到同样的情形。但是，在作这些和以下的叙述时，我不得不先提一提以后还要讨论的问题，看一看环绕一个大陆的许多岛屿，那里的生物有多少只能升到可疑物种的地位。如果我们观察过去的时代，拿刚刚消逝的物种与今日还在同一个地域内生存的物种相比较；或者拿埋存在同一地质层的各亚层内的化石物种相比较，情形也是这样。显然，许许多多的物种与现今依然生存的或近代曾经生存过的其他物种的关系，是极其密切的；很难说这等物种是以突然的方式发展起来的。同时不要忘记，当我们观察近似物种的、而不是不同物种的特殊部分时，有极其微细的无数级进可以被追踪出来，这等微细的级进可以把大不相同的构造连接起来。
许多事实，只有根据物种由极微细的步骤发展起来的原理，才可以得到解释。例如，大属的物种比小属的物种在彼此关系上更密切，而且变种的数目也较多。大属的物种又像变种环绕着物种那样地集成小群；它们还有类似变种的其他方面，我在第二章里已经说明过了。根据同一个原则，我们能够理解，为什么物种的性状比属的性状更多变异；以及为什么以异常的程度或方式发展起来的部分比同一物种的其他部分更多变异。在这方面还可以举出许多类似的事实。
虽然产生许多物种所经过的步骤，几乎肯定不比产生那些分别微小变种的步骤为大；但是还可以主张，有些物种是以不同的和突然的方式发展起来的。不过要作这样承认，不可没有坚强的证据。昌西·赖特先生曾举出一些模糊的而且在若干方面有错误的类比来支持突然进化的观点，如说无机物质的突然结晶，或具有小顶的椭圆体从一小面陷落至另一小面；这些类比几乎是没有讨论的价值的。然而有一类事实，如在地层里突然出现新而不同的生物类型，最初一看，好像能支持突然发展的信念。但是这种证据的价值全然决定于与地球史的辽远时代有关的地质记录是否完全。如果那记录像许多地质学者所坚决主张的那样，是片断的话，那末，新类型好像是突然出现的说法，就不值得奇怪了。
除非我们承认转变就像米伐特先生所主张的那样巨大，如鸟类或蝙蝠的翅膀是突然发展的，或者三趾马会突然变成马，那末，突然变异的信念，对于地层里相接连锁的缺乏，不会提供任何说明。但是对于这种突然变化的信念，胚胎学却提出了强有力的反对。众所周知，鸟类和蝙蝠的翅膀，以及马和别种走兽的腿，在胚胎的早期是没有区别的，它们后来以不可觉察的微细步骤分化了。如以后还要说到的，胚胎学上一切种类的相似性可作如下的解释，即现存物种的祖先在幼小的早期以后，发生了变异，并且把新获得的性状传递给相当年龄的后代。这样，胚胎几乎是不受影响的，并且可作为那个物种的过去情况的一种纪录。因此，现存物种在发育的最初阶段里，与属于同一纲的古代的、绝灭的类型常常十分相似。按照这种胚胎相似的观点，事实上按照任何观点，都不能相信一种动物会经过上述那样巨大而突然的转变；何况在它的胚胎的状态下，一点也找不到任何突然变异的痕迹；它的构造的每一个微细之点，都是以不可觉察的微细步骤发展起来的。
如果相信某种古代生物类型通过一种内在力量或内在倾向而突然转变为，例如，有翅膀的动物，那么他就几乎要被迫来假设许多个体都同时发生变异，这是与一切类比的推论相违背的。不能否认，这等构造上的突然而巨大的变化，与大多数物种所明显进行的变化是大不相同的。进而他还要被迫来相信，与同一生物的其他一切部分美妙地相适应的、以及与周围条件美妙地相适应的许多构造都是突然产生的；并且对于这样复杂而奇异的相互适应，他就不能举出丝毫的解释来了。他还要被迫来承认，这等巨大而突然的转变在胚胎上不曾留下一点痕迹。依我看来，承认这些，就是走进了奇迹的领域，而离开科学的领域了。