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至元九年（公元1272年）正月，元世祖下令把尚书省合并到中书省，尚书省平章政事阿合马、尚书省同平章事张易担任中书省平章政事，尚书省参知政事李尧咨、麦术丁担任中书省参知政事。此外，免除给事中、中书舍人、检正等官职，仍然设立左右司，把六部减至四部，改称中书省。不久，又下令把北京、中兴、四川、河南四地的行尚书省改为行中书省，京兆府再次设立行中书省，由诸侯脱里只必帖木儿设立行省断事官。此后，山东东路都元帅府统军司被改为行枢密院，元世祖任命也速带儿、塔出一起担任枢密院副使。
元朝经过一系列变革，逐渐完备了它的中央机构，中书省、枢密院和御史台并立。中书省又称为都省，统辖百司，是总理全国政务的最高官署。它的最高长官名叫中书令。此外，还设有右丞相和左丞相。至元十二年（公元1275年）七月，世祖任命伯颜为右丞相，阿术为左丞相，成为中书省的高级官员。由于中书令经常空缺，所以中书省的大小事务一般由左、右两个丞相来裁夺，他们成为中书省的实际长官。两个丞相的权力相当，但是由于蒙古习俗崇尚右，因此，右丞相的地位较高。
中书令和左右丞相之下便是平章政事。平章政事也属于宰相，但是属于左、右丞相的副手，他们裁决庶务，被称为左、右辖。参知政事也是作为左右宰相的副手参与政事的。
在中书省中，执事官主要有左、右丞相，平章政事和参知政事，偶尔也有中书令，他们被统称为宰执。
至元五年（公元1268年），蒙古已经开始设立御史台。御史台是中央最高的监察机构，又叫中台、内台、乌台或宪台等。御史台的长官是御史大夫，另外还有御史中丞、侍御史、治书侍御史等官员。御史台下辖殿中司、察院等机构，主要纠察官员的善恶和得失等。御史台的官员一般品级很低，而且俸禄也不多，但其作用和影响相当大。除了御史台外，蒙古还设立行御史台和廉访司等地方机构。
至元七年（公元1270年），元世祖下令设置同知枢密院事、枢密院判官各一名。至元二十八年（公元1291年），元世祖正式下令设置知枢密院事一名，成为枢密院的长官，元朝枢密院制度完全确立。枢密院是中央最高的军事机构，主管宫禁宿卫、驻军、征伐、边防、举功转官、节制调度等事宜，又称为枢府或者密院。它的最高长官是枢密使。由于军权位高权重，一般由皇太子担任。但是，皇太子也经常没有人选，因此，这个职位经常空缺。实际上负责枢密院工作的是枢密副使和佥书枢密院事。此外还有同知、副枢、佥院、同佥枢密院、院判、参议等官。自从设置枢密院开始，四怯薛各自派一名代表参与院议，中书省也派平章政事前往参加商量院事。
除了中书省、御史台和枢密院之外，元世祖还曾经设立过总理全国财政的国用使司和治理诸脱里、驸马、投下蒙古及色目人的刑名等问题的大中正府等等。
在地方上，元朝普遍设置行中书省，简称为省或者行省。河北、山西和山东直接隶属于中书省，吐蕃（西藏）由宣政院管辖，其余各地按地域划分为四川、甘肃、云南、江西、江浙、湖广、陕西、河南、辽阳、岭北等行省。行省的长官设置与中书省相同，有左、右丞相，平章政事，左、右参知政事等等。行省之下，设置了路、府、州、县等各级地方行政机构。行省开始是中央派生出的临时机构，后来固定化，成为正式的机构。行省制度的确立，是我国政治制度史上的一项重大变革，是我国行省制度的开端。
1291年，忽必烈正式颁布了《至元新格》，这是元朝的第一部成文法。这部法律是参照唐、宋的法律条文，结合蒙古习惯制定的。在法律当中，公开地宣布实行民族压迫和民族歧视，提高宗教的地位。根据这部法律，佛教的地位提高了，僧侣享有很大的特权。元朝将百姓分为蒙古人、色目人、汉人、南人四种来统治。
除政治和法律外，军事也是忽必烈时期的重头戏。在忽必烈统治的绝大多数时间里，元朝不是对外用兵就是对内平叛，因此，军事制度也逐渐完善起来。应当说，元代的军事制度是在蒙古汗国兵制的基础上日趋完备的。
元朝统一后，世祖下令将全国的军队分为蒙古军、探马赤军（蒙古汗国时期从诸千户中抽调士兵组成，作战时属于先锋部队，后来发展成为屯戍边地的镇戍军）、汉军（由原属金国境内的汉人、契丹人、女真人等组成的军队，又叫做汉诸军）、新附军（新归附的南宋军）等。其中，蒙古军和探马赤军是元朝政治的中心，主要驻防在京师和“腹里”（今河北、山西、山东一带），而汉军和新附军则驻扎在江淮以南的地区。这种军队编制与法律一样，具有民族不平等的色彩。
第三部分 宋徽宗赵佶第28节 元世祖忽必烈（3）
四、远征缅甸、日本
至元二十年（公元1283年）正月，高丽国国脱里脱里派遣大将军俞洪慎前往元朝庆贺新春，元世祖欣然接纳。
初八，元世祖下令药剌海率领大军征讨缅甸国。
初十，元世祖打算征讨日本，命令高丽国准备粮草二十万石，以供元军使用。
十二日，元世祖命令伯要带等人在烈埚都山和乾山砍伐木头造船，共砍伐了十四万二千株。此后，元世祖命令各军帖户中的成年和壮丁五千人、民夫三千人运输这些木头到平滦。
十八日，世祖下令让中书右丞脱里里帖木儿率领万户三十五人、蒙古军中练习成水军的二千人、探马赤军一万人、练习水战的五百人前往征伐日本。
二十五日，忽必烈为了准备后援部队，命令各军训练水战。
至元二十年（公元1283年）五月初五，丞相伯颜、诸侯脱里相吾答儿等人上奏说：“征伐缅甸的大军除了使用蒙古军和探马赤军外，也可以就近选用新归附的南宋士兵。”世祖忽必烈权衡了一下利弊，批准了他们的建议。
五月初六，元世祖免去五卫军征讨日本，另外调派了一万名士兵赶往上都替换他们。
五月十一日，元世祖下令设立征东行中书省，由高丽国国脱里和阿塔海共同管理，下令让高丽国派兵协助元军攻打日本，并向攻打日本的高丽军提供所需的衣服和甲仗。
五月十三日，元世祖下令让阿里海牙调派汉军七千人，新归顺的南宋汉军八千人跟随唆都东征日本。
五月十八日，占城行中书省攻占占城，占城的国君补底逃跑。元世祖下诏招降他。五月二十一日，元世祖调派征讨日本的重罪囚犯赶往占城和缅甸等地随军作战。五月二十六日，海南四州宣慰使朱国宝请求增援征讨占城国君的军队。元世祖立即下令让阿里海牙率领一万五千名士兵前往援助，协同作战。同一天，元世祖采纳脱里积翁的建议，诏令江南运送粮食，从阿八赤刚开凿的神山河以及海道两条路运送粮食，供给东征军作战。五月二十八日，元世祖下令赐给占城行中书省弓箭和盔甲，以示嘉奖。
至元二十二年（公元1285年）十一月初四，元世祖派遣阿八剌监督江淮行省的军备物资，派遣察忽监督辽东行省的军用物资，以确保征伐日本的军需。
十一月初十，元世祖派遣使臣前往高丽，要求高丽国脱里调派一万名士兵、六百五十艘战船援助元军攻打日本。同时，命令高丽国脱里派人继续在距离日本较近的地方制造战船，以备军需。
十一月二十五日，元世祖下令将江淮的大米通过漕运运送一百万石到高丽的合浦贮存。同时，元世祖还下令在东京和高丽各贮存十万石大米，准备征伐日本。各军从第二年的三月开始，按照既定的顺序进军，到八月在合浦会集。十一月二十八日，元世祖招集宋朝贩卖私盐和熟知海路的士兵作为水手，征讨日本。
至元二十三年（公元1286年）正月初七，元世祖觉得日本是孤远岛国上的外夷，没有必要征伐，于是停止了征讨计划，征召阿八赤赶来朝廷，并且解散了所有雇佣的民船。
五、平定诸脱里叛乱
元朝是一个由少数民族建立的全国统一的政权，其内部的矛盾非常复杂。阿合马专权、桑哥事件和卢世荣事件等集中反映了权臣专擅等问题，这在各个朝代都有所体现，不是特别引人注目。但其内部统治集团中兄弟阋墙、父子争权的叛乱持续时间之长是整个中国历史上罕见的。世祖忽必烈即位后，首先与阿里不哥两人进行了四年的汗位争夺战，巩固了皇位。但是，诸脱里的叛乱却仍旧十分激烈。
至元二十四年（公元1287年）四月，宋脱里乃颜谋反。乃颜是成吉思汗异母弟别里古台的曾孙，广宁脱里爪都的次子。有人告发他谋反，忽必烈立即派西北总军伯颜前往窥探情报。伯颜于是带领随从假装犒劳士兵，装载了大量衣物进入了乃颜的领地，将衣物分发给沿途驿站的士兵。到达乃颜的营帐后，乃颜准备将他扣留起来作为人质。伯颜察觉到异样，与随从假装镇定地慢慢退出营帐，然后与随从兵分三路逃走。一路上，曾经受他恩惠的驿人争着将好马让给他们骑，乃颜无法追赶上，伯颜得以脱离险境。
乃颜知道谋反的事情已经败露，于是干脆起兵造反。不少西北诸侯脱里见乃颜造反，也跃跃欲试，准备跟随乃颜造反。为了平定乃颜叛乱，减少阻力，元世祖派阿沙不花前往各个诸侯脱里那里，劝说他们放弃反叛。阿沙不花谎称乃颜已经投降，只剩下那些诸侯脱里蒙在鼓里孤军奋战，然后又大夸元世祖的圣明和宽大，要他们自己前去解释以求得“宽大”处理。各诸侯脱里纷纷前往元都向忽必烈告罪，反叛联盟因此瓦解。
同年五月，忽必