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耿精忠叛乱之初，曾邀台湾郑经登陆支援。但郑经率军入闽后，与耿精忠不和，反而从背后攻袭耿部，连陷数府。耿精忠腹背受敌，难于支撑，于康熙十五年（1676年）六月撤回福建省外之师。杰书及所部将军傅喇塔、浙江总督李之芳乘机挥师入闽，十月抵延平。耿精忠无力抵抗，先杀范承谟而后降，杰书军进入福州。在以后的数年中，驻闽清军主要是对郑经军作战，虽受到牵制，却已无碍于平叛大局了。耿精忠降后，康熙帝命还其爵如故，但在三藩之乱平定后被凌迟处死。
在平定三藩之乱初期，清廷对绿营军很有疑虑，不肯重用，对出征的绿营在待遇方面也多有有歧视。康熙十三年末，参加进剿四川的平凉提督王辅臣部因缺粮饷而发生兵变，用炮击毙陕西经略莫洛。王辅臣原为吴三桂部将，此时叛清，率军返平凉。吴三桂抓住这个时机，封王辅臣为大将军，输饷银20万两。王辅臣于是连陷兰州、延安、绥德；吴三桂军也乘机攻占陕南全境。西北战况对清廷的安危关系很大，康熙帝闻王辅臣之叛几欲御驾亲征。后调集甘肃绿营军张勇、王进宝、孙思克等部与定西大将军贝勒董额军夹击王辅臣，形势才得缓解。康熙十五年六月，王辅臣困于平凉，再度降清。吴三桂军也相继退入川中，双方在陕南一带再次陷于对峙状态，一直到最后清军全面反攻的时候。王辅臣后自杀。
两广方面最先叛应吴三桂的是孙延龄。孙延龄是定南王孔有德之婿。孔有德于顺治九年（1652年）死于桂林，困无后嗣而被削了爵位，藩下之众后来由孙延龄管辖。由于孙部与三藩渊源甚深，清廷对他也非常不信任。康熙十三年二月，孙延龄诱杀都统王永年，自称安远大将军，配合吴三桂行动。不久，广西提督马雄亦叛，广西全陷，广东方面三面受敌，形势吃紧。平南王尚可喜始终忠于清廷，在吴三桂叛清后一直竭力支掌广东局面。但尚可喜老病，其长子尚之信昏暴狂妄，掌握着藩中实权。康熙十五年二月，吴三桂军在广东节节胜利，广东各路总兵纷纷反叛，尚之信遂降于广州，接受吴三桂封号为辅德亲王。尚可喜不能控制形势，郁愤而死。不久福建耿精忠部平定，清廷命莽依图为镇南将军入广东。康熙十六年（1677年）五月，尚之信率官军剃发降清，康熙帝命其袭父王爵。在平定三藩大局初定后，尚之信于康熙十九年被处死。孙延龄则在此之前被吴三桂杀死。
康熙十六年以后，清军的作战对象主要是吴三桂军本部，战场主要在湖南和广西。驻荆州的勒尔锦和岳州外围的安远靖寇大将军贝勒尚善仍然怯懦不敢出战，岳乐，喇布之军围攻长沙等地也没取得什么进展。但吴三桂早已成强弩之末，同样不能有所突破，双方再次陷入僵局。为了鼓舞士气，吴三桂于康熙十七年（1678年）三月在衡州称帝，建元昭武。登极仪式极为草率，又值大风雨，吴三桂上下都十分狼狈。随后，吴军欲开辟向闽南的通道，与郑经相呼应，于是以大兵攻永兴。清军野战失利，都统宜理布等大将阵亡，永兴城被困，形势紧迫。但八月间，吴三桂病死，吴军阵营大乱。主攻永兴的马宝闻讯自焚其营垒撤军还衡州，各处吴军守将也人心瓦解，丧失斗志。
康熙十八年（1679年）初，清军向叛军发动总攻。勒尔锦终于渡江，收复今澧县；继任尚善的贝勒察尼取岳州、长沙；岳东、喇布部夺衡州；几路大军同时进军湘西。是年冬，西北绿营王进宝、赵良栋部分头入川，次年正月克保宁，王屏藩自尽。清廷及时调整军事部署，召各大将军回京，而以彰泰为定远平寇大将军，率军出湖南，攻贵州；赖塔为平南大将军自广西入云南；赵良栋为云贵总督，由四川进发。康熙二十年（1681年）初，清三路大军相继入云南，吴军溃败不能成阵，三月，遂围昆明，吴三桂之孙吴世与大将郭壮图等固守孤城十余月，终因粮尽无援而生内变。吴世自杀，其所部开城迎降。三藩之乱平定。
捐纳制度
康熙十三年（1674年），吴三桂、耿精忠等叛清，清军四处进剿，需要大批粮饷。为了解决财政上的燃眉之急，清廷决定大开捐纳之门。这年十月，有关部门定例：现任文武各官、乡绅捐银200两至500两或米400石至1000石，分别允许记录一次至三次或加一级；禀生、增生、附生、青衣及俊秀子弟捐银80两至200两不等，或米160石至400石不等，允许入监读书；商民捐银100两至250两或米200石至500石，给匾示旌或给九品、八品顶带荣身；以逃人盗案、钱粮拖欠及因公贻误革职的四品至九品官员，捐银150两至800两不等，给与原品顶带荣身。这个捐纳条例所规定朝廷对于捐纳的回报，大体都是属于荣誉性的，因而认捐者并不积极。
康熙帝朝服像第二年，军情更加紧迫，清廷的财政更加困难。这年十月，清廷为了进一步开拓财源，根据彭之凤的建议，又增设了新的捐纳项目。新增捐纳项目以授予实官为基本内容，主要包括：凡因公诖误而革职的文武四品以下京官，道官、副将以下外官，江南等省抗粮案内革职官员人等，康熙十四年（1675年）以前之外官告病者，各捐银若干，准照原职复用；州县等候选官员捐银若干，准先用；进士捐银以中、行、评、博及内阁中书用；举人、教习、五贡、监生，各捐银若干，俱以知县用。大约在此前后，还开设了捐纳生员之例，捐银二百两就可进学成为文生。
康熙十四年的捐纳条款公然买卖实官，尽管在财政上小有补益，却大大混乱了清朝因袭明代而刚刚稳定下来的一整套官僚体系，因而受到许多人的反对和指责。康熙十五年（1676年），左副都御史田六善首先反对捐纳生员，上疏力际其弊。他认为“从前黉宫之士，皆是读书之人，忽以二百两侧其中，则人皆不以之齿矣。”所以是“无益军需，徒伤国体”。田六善所言很有道理，捐纳生员之例不久也就停止，未对后世造成影响。
但是捐纳实官的情况就要复杂得多。至康熙十六年（1677年），开例捐输的收入已达二百多万两，数目确实较为可观。捐纳最多的是知县，已有五百余人，原本是由于缺多易得，才会踊跃争趋。但捐纳一多必然壅塞，要等候多年才能选入。因此有意捐官者也开始徘徊观望，捐纳的势头锐减。一些本来不满于捐纳实官的官员乘机提出“请敕部限期停止，慎重名器”。康熙十七年（1678年），御史陆藩祚再请停止捐纳知县，他在疏中说：“知县一官，刑名钱谷，实有专司，抚字摧科，皆宜尽善。但事例既行，人皆以奔走于功名，不得鉴衡流品。或生长富贵，未识诗书，或年力未强，不娴民社，一旦膺百里之任，不免措置乖方，有伤吏道。更有虑者，捐重资以邀禄仕，非必尽出于有余，既拮据于一时，势必取偿于百姓。”实际上，陆藩祚所列举的弊端已经发展得非常严重。康熙帝也懂得捐纳实官的弊处，但为了战争的关系，却不得不继续实行这种制度。在平定三藩之战结束之前，捐纳实官，特别是捐纳知县的作法一直没有停止下来。
为了防止捐纳官员贪墨渎职，康熙帝曾于十八年定例，捐纳官到任三年，称职者具题升转，不称职者题参照例议处，其官箴有玷者，不给题参。但这一定例在实际上不可能认真执行，直到三藩之乱完全平定后，各项捐纳者得停办。
康熙前期开行的捐纳制度为后世开了一个恶劣的先例。在康熙的中、后期，为了赈灾、修河、用兵等事又开过捐例。雍正时，知府以下官员均可捐纳。乾隆时则文官可捐至道、府、郎中，武官可捐至游击。政府虽由捐纳而获得了颇为可观的临时财政收入，但吏治由此大为败坏，冗官由此恶性膨胀，其消极作用是清朝的统治者们所始料未及。
博学鸿儒特科
康熙十七年（1678年）正月，康熙帝降谕务部：“自古一代之兴，必有博学鸿儒振起文运我朝定鼎以来，崇儒重道，培养人才。四海之广，岂无奇才硕彦，学问渊通，文藻瑰丽，可以追踪前哲者？凡有学行兼优，文词卓越之人，不论已仕未仕，在京三品以上及科道官员，在外督抚布按，各举所知，朕将亲试录用。”第二年暮春，各地应荐者一百数十人聚于京师参加考试。这就是所谓己未博学鸿儒特科。
地球仪康熙十七年前后，清廷正在致力于平定三藩之乱。争取广大汉族知识分子的同情与支持，也是清廷为孤立吴三桂等人所采取的基本策略之一。在这样的形势下，清朝当局通过开制科的方式，一方面能网罗人才，减少最高统治者长期以来同汉族知识分子的隔阂，一方面也能向天下人显示其天下归心的欣欣向荣局面。由于意义重大，康熙帝对此事极为重视，在第一道上谕后又多次发布上谕，催促有关部门着实办理。
由于这一特科有明显的政治目的，一些以前明遗民自居和由于其他原因不愿与清朝统治者合作的知识分子采取了温和的抵制态度。著名学者顾炎武才名闻于天下，大臣争相推荐，但他以死自誓，拒绝了推荐。著名史学家万斯同也是坚辞荐举。另外一些人被推荐后身不由己，只能以其他方式对抗。著名的思想家傅山，多次以老病推辞，却被官吏再三强迫，只得入京。但他到京后称疾野寺，又多次向礼部请求免试，终于得到批准。而另一位人称“关西夫子”的思想家李因笃运气却不好。他被人荐举后以母老家贫力辞不赴，但得不到准许，终于参加了考试。他的好友顾炎武为此讥其“非败其晚节，败必夭其天年矣。”但是大多数被荐举者还是以为荣耀，踊跃赴京的。
康熙十八年（1679年）初，由各方面推荐并由礼部核准的应试者186人中的大部分已经�