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通过以上对《阿含经》中十二缘起和十八界教义的考察，我们发现这些教义都暗含着在六识之外有另一个心识存在，这个除六识之外另存在的心识指的是什么呢？在《阿含经》中并未作说明，但后来的唯识学者则认为此另存在的心识就是指阿赖耶识。当然，如果从实际来看，应该说在《阿含经》中还没有提到除六识外另有一个心识存在，更别说阿赖耶识的存在。但是其教义所显却确实有除六识外另存在的一个心识，且此心识的功能，在唯识学上的阿赖耶识同样具有，从这点上来看，我们可以说《阿含经》十二缘起和十八界的教义中含有阿赖耶识的思想。
（二）部派佛教中的赖耶思想
所谓部派佛教，据《大毗婆沙论》、《异部宗轮论》等载，佛陀入灭后百余年，因大天比丘高唱“大天五事”，要求教团承认，教团遂首度分裂为反对派之上座部与赞成派之大众部，而后再分裂达二十部之多，佛教史上把这分裂了的各教团派别总称为部派佛教。
在部派佛教中，与唯识学上阿赖耶识关系非常密切的是各部派所建立的轮回识体。部派佛教之所以要建立一个轮回的主体，是由于在弘扬阿含教义的过程中，发现其中缘起无我的轮回观实在深奥难以通达。因为照一般众生的理解，所谓轮回就是有一个实在的自我，也即是灵魂在生死中流转，从而构成生命的不息。如《奥义书》中认为，一个人的灵魂（我）在死后可以在另一个躯壳中转生，转生的形态取决于他生前的行为（业），行善者得善报，行恶者得恶报，有的可以进入天道、祖道（人间），有的则堕落入兽道，沦为畜生等。再如婆罗门教，他们也是以灵魂来建立生死的轮回，而在《阿含经》中是不承认有一个常存不变的自我去受轮回。佛陀说“诸行无常、诸法无我”，世间万法都在瞬息万变，根本就没有一个常存不变的自我存在，既然没有一个常存的自我，便不能以它来作为轮回的主体。这样的理论，对大多数众生来说，是不能理解的，因为众生各各造业，各各依此受报，种善业得善果，种恶业得恶果。但既然是无我，则受轮回的是谁？且各人所造的业如何能保证是自作自受，而不会是他作他受？再者于生灭无常的假我上，善恶业以何种形式保存下来？这些问题给无我而轮回的理论造成了极大的冲击，作为佛弟子们便不得不思考这些问题。
部派佛教的学者主要通过探索有情的深层意识结构找出了一个生命轮回的识体，力图解决以上问题，使人信受这种生死相续的轮回而又无我的观点。具体说来，主要有犊子部的补特伽罗说、化地部的穷生死蕴说、上座部和分别说系的有分识说、大众部的根本识说。
1、犊子部的补特伽罗
首先建立轮回主体的是犊子部。犊子部是佛灭三百年左右，由说一切有部分出的部派。其后由此部分出法上部、贤胄部、正量部、密林山部等四部。依众生一般的思维而言，无我就不能说轮回，轮回就不能说无我，既说轮回又说无我，为什么？这个问题实在有加以回答的必要。
犊子部和他的支派都建立了不可说的补特伽罗来回答这个问题，他认为心心所是刹那生灭的；色法的根身，在相当时间，虽不灭而暂时地安住，但终于随一期生命的结束而宣告坏灭，有情的色心没有一法可从前世到后世。犊子部的学者认为，在色心处，有一个不可说的补特伽罗，贯通三世，生命之所以轮回不已，就是由于这个不可说我。如《俱舍论》卷三十《破我品》说：
若定无有补特伽罗，为说阿谁流转生死？……若一切类我体都无，刹那灭心于曾所受久相似境，何能忆知？……若实无我，业已灭坏，云何复能生未来果？15
《异部宗轮论》也说：“其犊子部本宗同义……诸法若离补特伽罗，无从前世转至后世，依补特伽罗，可说有移转。”16犊子部所建立轮回主体的不可说补特伽罗，与《奥义书》所说的我并不相同。《奥义书》所主张的“我”是创造宇宙，或谓“我”是个人我（小我），同时亦是宇宙中心原理之大我（梵语Brahman，意谓宇宙原理），与“我”乃为一体、同一。更进一步主张唯“我”方为真之实在，余皆虚幻。而犊子部的不可说补特伽罗，是非与平常所说五蕴同一的东西，又非是在平常五蕴之外所独立的东西，它非假非实、非有为、非无为、非常、非无常、非离蕴、非即蕴，只可以说是不可说我，如此则解决了轮回与无我的矛盾，而且也解决了外道神我论者的问难。
此不可说补特伽罗不仅是轮回的主体，同时也是记忆的保持者，如《大毗婆沙论》卷十一言：“犊子部说，我许有我，可能忆念本所作事，先自领纳今自忆故。”17从犊子部所立之不可说补特伽罗具有的这二种功能性质看，与后来唯识学上的阿赖耶识有异曲同工之处。瑜伽行派的阿赖耶识，也在说明它是随众生的业力而去感果的轮回主体；同时，因为阿赖耶识有执持种子的功能，所以能保持过去的经验并且明记不忘。由此可见，犊子部所立的不可说补特伽罗与唯识学上的阿赖耶识，在作为轮回主体和保持记忆这两种功能上意趣是一致的。2、化地部的穷生死蕴
这种由犊子部率先提出的不可说补特伽罗，一开始便受到佛教各派的抨击，虽然如此，却开始影响到各个部派佛教，也暗地里建立出种种变相地带有“我”的含义的学说，如化地部的穷生死蕴。
此穷生死蕴，见于《摄大乘论》和《成唯识论》，因为在汉译的小乘论典和《异部宗轮论》里并没有这一说法。玄奘所译《摄大乘论》说：“化地部中，亦以异门密意，说此名穷生死蕴。”18《成唯识论演秘》第三卷末说：“穷生死蕴等者，至金刚定，断烦恼尽，生死永息，名穷生死。”19要想了解此穷生死蕴的意义，可以依于《摄论无性释》，其卷三中言：
于彼部中，有三种蕴：一者，一念顷蕴，谓一刹那有生灭法。二者，一期生蕴，谓乃至生死恒随转法。三者，穷生死蕴，谓乃至得金刚喻定恒随转法。20
依于无性释来看，一念顷蕴，是指组合生命的五蕴，刹那刹那的生灭变化，不是一成不变的。但如果生命是如此刹那刹那的变化不停，为什么会有生命的一期安住呢？于是化地部说此一期生蕴，在粗显的五蕴内，有一个与生命共存亡的微细的一期生蕴，此一期生蕴随一期生命的结束而结束。此中便又有一个问题，即此一期生命结束，还有生命继续而来，此生命如何前后相续？化地部把这个功能交给了穷生死蕴，认为穷生死蕴，在生死未解决之前，一直继续到生死最后边际。
化地部所立的遍历轮回而不息的轮回主体——穷生死蕴，在唯识学者看来，就是阿赖耶识的异门说。因为穷生死蕴具有永恒相续，可以从前生到今生，再延至后生。这个功能，在唯识学者看来，只有阿赖耶识才有，除此之外，再无余法有此功能，所以认为穷生死蕴是阿赖耶识的异门说。
3、上座、分别系的有分识
另外，上座部和分别说系的有分识，亦是作为生命轮回主体的面目出现的。“有”乃指欲有、色有、无色有三有；“分”，是成分之义，也就是构成的条件和原因。上座、分别说系的学者，把细心看成三有轮回的主因，所以叫有分识。此有分识的安立，是从九心轮而来。《成唯识论枢要》卷下说：
上座部师立九心轮：一有分、二能引发、三见、四等寻求、五等贯彻、六安立、七势用、八反缘、九有分。然实但有八心，以周匝而言，总说有九，故成九心轮。21
这九心轮的安立，说明了心识的活动因有分识的终而复始，所以也就形成了生死轮回。此中有分识是轮回主体之心，其特性是体恒不断，周遍三界，为三有之因。《成唯识论述记》卷四曰：“分别论者，旧名分别说部，今说假部。说有分识，体恒不断，周遍三界，为三有因。其余六识，时间断故，有不遍故，故非有分。”22此有分识从过去到现在，由现在到未来，一直前后不断地相续不已，贯通于三世的特征，与唯识学上阿赖耶识思想极为接近，因为唯识学上的阿赖耶识其体也是不断、遍于三界，亦是三有因分之识，所以唯识学者认为，有分识是唯识学上阿赖耶识的异门安立。
4、大众部的根本识
大众部的根本识，是有情一切心识的总根源，即是六识生起的所依。《阿含经》只说六识，在大众部认为此根本识是离六识而别立的。因为大众部是主张一心相续的部派，认为无论哪个有情都是有心的。但这里便有一个问题出现，因为佛陀曾在经上说无想定和灭尽定为二无心定，在这二定中，六识的心心所皆暂时停止活动，入此二定的有情，无有前六识，这与大众部主张的一切有情皆有心是相违的。于是大众部立根本识，他们认为，在无心二定中，虽然没有前六识，但此二定中尚有微细心存在，此微细心便是六识的所依，即根本识。大众部的根本识，唯识学者认为它是阿赖耶识的密意说，如无著在《摄大乘论》中说：“于大众部阿笈摩中说，亦以异门密意说此为根本识，如树依根。”23印顺导师也认为根本识最接近于阿赖耶识，其《唯识学探源》中有言：“《解深密经》的阿陀那识，《楞伽经》的一切根识，都是直接从这“根本识”演化而来的。”24这种根本识与补特伽罗、穷生死蕴、有分识相比，其轮回主体意义不很明显，但从它是其他识生起的根本这一特性来说，它与唯识学上的阿赖耶识有明显的一致性，所以后来的唯识学者认为根本识是阿赖耶识的异门密意识。
5、说一切有部的爱、乐、欣、喜四阿赖耶
关于四阿赖耶的说法，依无性释及《成唯识论》说，此是说一