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但培根对于亚理斯多德的方法本身也施以攻击。在与人辩白时，使用严厉的方式；在劝导人时，他用温和的方式。但辩白和劝导两者均指望于克服人，而非克服自然。并且两者均假定有人已得到一种真理，或抱着一种信念，而其唯一的问题则在于说服他人，或开导他人。反之，他的新方法认为现存知识的分量是极不足道的，它的兴趣只在于那尚待造旨的真理的范围和意义。它是发见的论理，而不是辩论、证明和劝导的论理。在培根看来，旧论理充其量不过是教授既知事物的论理，而所谓教授亦不过是传习、操练而已。只有已知的，才能够学到；知识的长进不外乎把理性的普遍真理和所已知的各自分离的感性的特殊真理集合起来。这是亚理斯多德的一个公理。但无论怎样，学习就是知识的长进，而长进则属于转变、迁化，因此在既知事物的推理的自己旋转的运用——论证——上比不上知识的占有。
与这个见解相反，培根锋利地声明新事实和新真理的发见较旧论证为优越。可以走向发见的只有一条路，就是彻底探究自然的秘密。科学的原理和法则并不显露在自然表面，它们隐匿着，必须用一种能动的和苦心的探究技术从自然夺取过来。古人叫做经验的许多观察的被动的累积和论理的推理都不足以掌握它们。主动的实验必须将自然的种种表面事实逼进一些与他们平日所表现的形式全然相异的形式里面去，使它们把自己的真相全盘托出，好像刑讯可以迫胁一个不情愿的见证人吐露出他所隐秘的事情一样。作为达到真理的方法的纯粹推理与从自己身上抽丝制网的蜘蛛没有什么分别，所制的网虽是整齐而巧妙，但不过是一种罟擭陷阱。被动的积累经验——传统的经验的方法——像蚂蚁一样，终日东奔西走，所忙的不过是贮蓄和搜集原料。培根所介绍的真方法可以譬诸蜜蜂的工作，它像蚂蚁一样，从外界搜采原料，但在它改变所得原料的形质而摄取它的珍宝方面却与蚂蚁不同。
培根既然把征服自然与征服人心相对照，并且认为发见法比证明法还高，同时认为进步的意义是纯正知识的目的和验证。依他的批评说来，古代的论理，即使在亚理斯多德的方式里，也难免陷入毫无生气的保守主义。因为人心既习于以真理为已知，依靠前代的知识成就，无须批判研究就承认它。不但是中世，就是文艺复兴时期也往往将古代看作知识的黄金时代，前者信赖圣典，后者信赖世俗文献。这个态度纵不能完全归罪于古代论理，但培根觉得，并且合理地觉得，无论什么论理，凡是把知识的方法看成是既得的真理的论证的，都是在挫抑研究精神，缚束人心使它不能越出传统的学问范围。
这样的论理的显著特点不免对已知的（或以为是已知的）东西下定义，并且遵照已经公认的正统法则把它加以系统化。发见的论理乃是着眼在将来。它认为所接受的真理是要用新经验去检验，而不要奉为教条，必须信受的东西。它的主要兴趣，即使在经过最小心的检验而获得的知识里面，也注重它对更深入的研究和发见的效用。既知的真理的主要价值在于帮助未知的真理的发见。培根自己对于归纳法的性质的评价虽有许多缺点，但他的炯眼看出科学的意义在于对未知界的进军，而不在于对既知事物的论理的反复叙述，这一点足以使他成为归纳法之父。对于未知的事实和原理的无限的、不断的发见——这就是归纳法的真精神。知识的不断的进步是保证既得的知识，不至堕落为独断的教条或迷信和老妇常谈的唯一途径。
日新的进步，在培根看来，是真正的论理学的证验，也是它的目的。培根常追究旧论理的事业和功绩在那里？它对于人生的罪恶矫除了些什么，它补救了些什么偏弊，改善了些什么境遇？足以证实所得确是真理的有什么发明？除了在法庭内，在外交上，和在行政中人与人相制胜以外，却一无成绩。我们寻找利用自然力以造福人类的事业和功绩，必须从人所称美的科学转向人所鄙视的技艺去。但技艺的进步却是间歇的、无定的、偶然的。研究的真论理和真技术可以在工艺、农业和医术上获得连续的累增的和系统的进步。
如果我们更进而考察学者所苟且遵循和鹦鹉似地学舌的现成知识的体系，我们就晓得它包括两个部分。一部分是由我们的祖先传下的谬误，而用古代论理组织成的伪科学。这样的“真理”实际不过是我们的祖先的系统化了的谬见和偏见。他们当中有许多是偶然发生的，有许多是基于阶级的利益和偏执，因为这个道理，当权者才保留它——这一个见解后来引起洛克对生得观念说的驳击。还有一部分是出自人类的本能的性向，如不以意识的和批判的论理控制着就会发生一种危险的偏执。
人的心意自发地认为现象间的单纯性、一样性和统一性，比实际存在的更大。因而产生肤浅的类推和急就的结论，忽略细微的差别和例外的存在。于是它从纯内在的源头抽出丝来织成一个网，就加在自然上面去。过去所谓科学也不外是这样的人所造成而加上去的一个网。人们望着他们自己的心意所造成的制品，却以为他们是看见自然中的实在。他们是在科学的名义下崇拜他们自己所造的偶像。所谓科学和哲学就是由自然的这些“预想”所组成。传统论理最坏的地方就是它并不把人从这个谬误的自然的本源拯救出来，反而将虚伪的统一性、单纯性和一般性等所谓合理性归诸自然，而认可这些妄诞的本源。新论理的任务是保获心意使它不自矛盾，教它忍耐持久地去学习事实中无限的差别性和特殊性，教它在知识方面顺从自然，以便在实践中支配自然——这就是学问的新论理——新工具或器官的意义，这名称显然是为反对亚理斯多德的“工具”（organon）而起的。
这名称还包含其他重要的反对思想。亚理斯多德以为理性是可与合理的真理独自结合的。他所说“人类是政治的动物”那句名言的反面是，性灵（Intelligence，Nons）不是动物的、人类的，也不是政治的。它是神圣地独一无二，无所不包的。培根以为谬误是由社会的影响发生和长存的，而真理则须以真理的发见为目的而组成的社会机关去探索。个人自己不能做什么，他很容易陷于他自己所制的谬误的网里面。最需要的是协同研究的组织，以此而合力去袭击自然，世代相承继续的去做研究工作。培根甚至怀着一个谬想，渴望这样一种完善方法使自然人的能力差异很小，而在新事实和新真理的发见上人人那是平等的。然而这个谬想不过是他对于现代所特有的联合协同的科学研究的一个积极的预言中的反面。我们看他在他的新大西岛（New Atlantis of a State）里面所描写的为协同研究而组织的那个情形，就可以原谅他那夸张的表现。
支配自然的力量不是个体的力量，而是集团的力量。照他说，人支配自然的帝国将代替人支配人的帝国。我们现在借用培根自己的含有画意的譬喻的辞句来讲，“人们有了学问知识的欲望……很少是专心为着人们的福利去运用他们所禀受的理性的，他们好像是在知识里面寻找一张卧榻使他们的探寻的和不定的精神得到休息；或一所高台，以便他们的浮动而易变的心意走上走下眺望美景；或一座塔，以便登高远眺；或一个要塞，一个瞰制地，以备战斗；或一间商店以资营利，而不是寻找旧功于创造者并利济民生的库藏。”当威廉·詹姆士称实用主义为对旧思考法的一个新名字的时候，我不知道他是否想到培根，但从知识追求的精神和氛围看来，培根确可以算作从实用见地看知识的一个先觉。如果我们细心地观察他在知识的追求和归宿中怎样地注重社会的因素，便可以免掉许多误解。
以上对于培根的思想摘要说得很长，并不是要作一个历史的回顾，只是要提示一个可以表明知识革命的社会原因的新哲学的佐证。以下所举说明虽只是一个概略，但我想也可以帮助读者忆起当时欧洲所发生的工业上、政治上和宗教上的各种变化的趋向。
在工业方面，旅行、探险和新商业养成对于新奇事物的一种冒险的浪漫的感情，这个影响是说不尽的。它弛缓了传统信念的势力，振起了考察和开拓新世界的兴致，产生了制造业、商业、银行和财政的新方法，更在各处促进了发明的气运，输入了积极的观察和主动的实验到科学中去。十字军，希腊罗马古代学术的复兴，尤其是与伊斯兰教进步学术的接触，对亚洲和非洲的通商的增进，透镜、罗盘和火药的输入，所谓新世界的南北美洲的发见和开拓等——这些都是一些很明显的外界事实。向来孤立的人民和民族的对照，当心理的和工业的变化同时并起而互相助长时，变化的效果和影响是最大的。有时人民因交际而受到情绪的，几乎可说是形而上学的变化。精神的内部的倾向，尤其是宗教的关系，起了变动。还有频繁的货物交易，外国工具和技术的采用，异族的衣服住屋和日用物品的仿效等，这些变化在前者过于内部的，而后者则过于外部的，均不能引起知识的巨大发展。但当新精神状态的发现和普遍的物质的经济的�