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与波普尔的观点相反，它们之间的区别不在于有的纲领尚未遭到反驳，而其他的纲领已经遭到反驳。当牛顿发表他的《原理》时，它甚至不能适当地说明月球的运动，这是众所周知的；事实上，月球的运动反驳了牛顿。就在爱因斯坦相对论发表那一年，杰出的物理学家考夫曼就反驳了相对论。但我所钦佩的所有的研究纲领都有一个共同的特点，它们都预测了新颖的事实，这些事实要么是先前的或竞争的纲领所梦想不到的，要么是实际上与先前的或竞争的纲领相矛盾的。例如，当1686年牛顿发表他的万有引力理论时，关于慧星有两种流行的理论。其中较为流行的一种理论认为慧星是上帝愤怒的信号，预示他要打击人类并使人类遭难。另一个鲜为人们所知的开普勒理论认为，慧星是沿直线运行的天体。现在，牛顿理论认为，有一些慧星沿双曲线或抛物线运行，永远不再返回；另外一些慧星沿普通的椭圆轨道运行。按牛顿纲领从事研究的哈雷，观察了一颗慧星的一段轨道，据此计算出它将在七十二年的时间内返回，计算出它再次出现在天空某个明确规定的点上的时刻，精确至分钟，这是难以置信的。但七十二年之后，牛顿和哈雷都去世很久了，哈雷慧星正象哈雷所预测的那样再次出现了。同样地，牛顿派科学家还预测了过去从未被观察到的小行星的存在及其精确的运行轨道。让我们再以爱因斯坦的纲领为例。爱因斯坦作出了惊人的预测，如果在晚上测量两颗恒星之间的距离，并且再在白天测量这两颗恒星之间的距离（在日食的时候可观察到它们），两次测量的结果将是不同的。在爱因斯坦的纲领之前，没有人想到过作这种观察。因此，在一个进步的研究纲领中，理论导致发现迄今不为人们所知的新颖事实。相反，在退化的研究纲领中，理论只是为了适应已知的事实才构造出来的。例如，马克思主义可曾成功地预测过惊人的新颖事实没有？从来没有！它只有一些著名的失败的预测。它预测过工人阶级的绝对贫困。它预测过第一次社会主义革命将发生在工业最发达的社会。它预测过社会主义社会将不再发生革命。它预测过在社会主义国家之间将没有任何利害冲突。可见，马克思主义者对他们所有的失败作了说明：他们发明了一个帝国主义论来说明工人阶级生活水平的不断提高；他们甚至说明了为什么第一次社会主义革命发生在工业落后的俄国。他们“说明”了1953年的柏林事件、1956年的布达佩斯起义、1968年的布拉格之春。他们“说明”了俄华冲突。但他们的辅助假说都是事后为了保护马克思主义理论不受事实的反驳而编造出来的。牛顿的纲领导致新颖的事实；而马克思主义的纲领落后于事实，并正在迅速奔跑以赶上事实。
总之，经验进步的标志不是微不足道的证实：波普尔正确地指出，这种证实当以百万计。掷石坠地，这无论重复多少次，也不是牛顿理论的成功。但波普尔所鼓吹的所谓的“反驳”也不是经验失败的标志，因为所有的纲领永远都是在大量的反常中成长的。真正重要的是戏剧性的、出乎意料的、惊人的预测：边种预测只要有几个就足以改变局面；一旦理论落后于事实，我们所论述的纲领就可悲的退化了。 那么，科学革命是怎样到来的呢？假设我们有两个竞争的研究纲领，一个是进步的，而另一个是退化的，科学家们倾向于参加进步的纲领，这就是科学革命的基本原理。但是，尽管公开竞赛记录是知识诚实性的问题，坚持一个退化的纲领并试图把它转化为进步的却不是不诚实的。
与波普尔相反，科学研究纲领方法论并不提供即时的合理性。必须宽厚地对待年轻的纲领：研究纲领可能需要几十年的时间才开始发展并成为经验上进步的纲领。批评并不是象波普尔所说的那样通过反驳很快地扼杀一个纲领。重要的批评总是建设性的：没有一个更好的理论，就构不成反驳。库恩认为科学革命是突发的、非理性的视觉变化，这是错误的。科学史驳斥了波普尔，也驳斥了库恩：仔细地观察一下就会发现，无论是波普尔的判决性实验还是库恩的科学革命其实都是神话：通常发生的情况是进步的研究纲领取代退化的研究纲领。
科学与伪科学的分界问题对批判的制度化也具有重大的意义。哥白尼理论在1616年被天主教教会所禁止，因为据说它是伪科学。1820年天主教教会从禁书录中解放了哥白尼理论，因为这时教会认为事实已证明了哥白尼理论，因而它成了科学的。1949年苏联共产党中央委员会宣布孟德尔遗传学是伪科学，并在集中营中处死了孟德尔遗传学的拥护者，如瓦维洛夫院士；处死瓦维洛夫之后，孟德尔遗传学被恢复了名誉。但党仍然持有决定什么是科学，可以发表，什么是伪科学，应该惩处的权利。西方的新自由派势力集团同样对它所认为的伪科学行使否定言论论自由的权利，就象我们在关于种族和智力的辩论中所看到的那样。所有这些判定都不可避免地取决于某种分界标准。这就是为什么科学与伪科学的分界问题不是一个书斋哲学家的伪问题的原因：它有着重大的伦理意义和政治意义。
科学研究纲领方法论