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按此世界观、方法论，亚里斯多德认为宇宙由五十五个同心圆球组成，最中心是地球，向外分别为水、气、火、天空星体等圆球。每个圆球都有灵性，神在所有的圆球之外，对各圆球产生吸引，因而带动宇宙各圆球运转。中世纪的教会及科学界，普遍接受亚里斯多德的宇宙观，认为神是终极因，相信地球是宇宙的中心4。在理性主义的束缚下，以实验、观察为主要手段的现代科学不可能得到发展。
公元一五四三年，天文学家哥白尼提出地球绕太阳运转的日心学，并得到天文学家伽利略和凯普勒从实际观察中得到的数据的有力支持，推翻了地心说。从此，经验主义的治学方法开始抬头，强调观察外界事物的重要性，在观察的基础上思考、分析、发现规律，即所谓归纳法（Induction）。经验主义哲学拉开了现代科学的序幕，伽利略被誉为现代科学之父。但与此同时，也带来了怀疑主义，只相信经验过的东西，不承认因果关系确实存在，认为科学只是经验的归纳，无法预测将来要发生的事情。休谟（David Hume）是代表人物。
此外，随著亚里斯多德宇宙观的被推翻，神是终极因的观点，也和地心学一起被许多人抛弃了。人们开始站在纯自然的立场，不再追求自然定律的终极因（why），而只是描述和形容自然规律（how）。唯物主义和自然主义（人文主义）开始在知识界占上风，认为一切事物皆由物质组成，提倡物质的永恒性，否定其被造性；强调真理的可经验性，摒弃时、空之外的任何客观实体；高举人的理性，相信人能主宰自己的命运；认为宇宙乃机缘巧合的产物，否定超然的造物主的存在。自然主义否定神后，在宇宙和人类起源问题上留下的空缺，为日后进化论的崛起提供了适合土壤（详见第六章）。
然而，基督教坚持一神的世界观，相信神创造了宇宙万物，人是按神的形像造的，人可以凭藉由神所赋予的理性去认识神所创造的宇宙万物，进而认识神、荣耀神。也就是说，人可以从观察大自然开始（经验），藉著归纳和演绎（理性）提出假设，然后再用实验来证实、修正或推翻这种假设。有人称此为经验的理性主义。很明显，当今实验科学所采用的方法，正是源于基督教倡导的理性经验主义5。
科学研究有一个大前提，即相信宇宙万物是按一定的规律运作的，这种规律不随时间、地区和研究者而改变。这一前提被称之为自然划一原理。这一原理也是直接来自基督教的一神世界观。无神论演绎不出这一原理，使宇宙此起彼伏的多神论也无法使自然规律在整个宇宙和谐统一。过去在欧美占支配地位的基督教信仰，为科学研究建立了大前提，提供了正确、有效的方法论，使现代科学孕育于西方成为历史的必然。
基督徒是发展现代科学的中坚力量 按照《圣经》的教导，上帝是宇宙万物的创造者、护持者，人是神按自己的形像造的。基督徒相信，因神赋予的理性，人有能力接受神的启示去认识宇宙，进而认识神、荣耀神；同时，神要人治理环境、管理各种鱼类、飞禽、走兽（见〈创世记〉第一章）。只有对所要管理的对象有深入的了解，才能当好神的管家。为了认识、荣耀神，为了不负神的重托，一大批虔诚的基督徒以极大的热忱献身于自然科学，取得举世瞩目的成就，成为各现代学科的奠基人。现代科学发展初期，英国社会的基督徒约占总人口的百分之二十，而在英国早期皇家学会中，基督徒的比例却高达百分之九十！
牛顿是这一大批基督徒科学家的杰出代表。这位英国科学家二十七岁即出任剑桥大学教授，发明微积分法，确定运动三定律，发现万有引力定律，在光学和天文学也有颇多建树。后被推为皇家学会会长，并被加封为爵士。他是举世闻名的科学家，又是虔诚的基督徒。牛顿的父母是虔诚的清教徒。但他出生前三个月，父亲病逝。面对这个濒于死亡的早产儿，他母亲向上帝祷告：“万军之耶和华啊，你若垂听婢女的苦情，眷念不忘婢女，赐我一个儿子，我必使他终身归于耶和华”（撒上一11）。所以牛顿从小敬畏神。牛顿成长过程中留下的最早记录，就是他在课堂笔记的空白处记下的祷告。牛顿常常到花园祷告与默想；苹果掉在地上，使他想到了万有引力。纽约大学历史系教授曼纽（Manuel）说：“近代科学源自牛顿对上帝的默想”6。牛顿身为杰出的科学家，又常常公开表示自己的信仰，加上不擅交际，故遭到许多无端攻击。“当时宗教分子攻击他有一流的科学，却有三流的神学；科学分子攻击他有一流的神学，却有三流的科学；政治分子攻击他的科学、神学、人际关系都属三流；有人看他孝顺母亲又终身未婚，就中伤他心理不健全，现今还有人说牛顿有恋母情结；有人看他对学生好，就说他有同性恋”7。这些攻击使牛顿几乎发疯，也造成了他漫长的信仰动摇期（169 8…1707）。直到英王任命他为英国皇家协会会长，攻击才消失。牛顿于一七二七年谢世，他晚年写道：“不管任何环境，要守住耶稣基督救赎的真理和最大的诫命──爱人如己”8。
波兰天文学家兼数学家哥白尼经二十几年研究，发表《天体运行》（DeRevolutionibus Orbium Coelestium）巨著，首先提出日心学，奠定了现代天文学的基础。哥白尼不仅是伟大的科学家，而且早年学习神学和医学，一生悬壶行医，后又担任牧职传道。支持证实哥白尼的日心说的天文学家伽利略和凯普勒也都虔信神。伽利略虽遭到天主教教廷的迫害，他本人仍相信《圣经》，相信〈日心说〉与《圣经》并不矛盾。凯普勒是基督徒，曾在神学院进修两年。当凯普勒经过长期努力、终于发现了行星运行三大定律后，他将荣耀归给神：“我感谢你，造物主和上帝，因为你已在你的创造中给了我这份喜乐，我在你手作成的工中喜乐。现在，我已完成我蒙召应作的工作。在其中我已尽用了你赋予我心智的一切才能。以我狭窄的心智对你无限丰盛的理解，我将向那些将要读到我的话语的人彰显你的工作的伟大” 9。
电解原理发明人法拉第虔信《圣经》，并是伦敦一教堂的兼职传道人，每周讲道多次，遗留至今的讲章有一百五十篇之多。他临终时，别人问他在想什么，他说：“我心灵很平静。”并引用《圣经》说：“因为知道我所信的是谁，也深信他能保全我所交付他的，直到那日”（提后一12）。对热力学第二定律的发现作出重要贡献的科学家卡尔文（William Thomas Kelvin），也是虔诚的基督徒。一次，有个学生问他一生中最大的发现是什么，他没有说是第二定律，却说：“在我生平的发现中，最有价值的，是认识了主耶稣基督” 10。
化学家波义耳（Robert Boyle）在他的科学论文中再三强调，科学研究的整体目标，是要显示《圣经》和自然规律的合理性及和谐性。他本人研读原文《圣经》，对基督教护教学甚有研究。在美国发行的第一本印地安语《圣经》是由他资助出版的。波义耳二十八岁后前往牛津，他与有“清教徒之父”之称的巴克斯特（Richard Baxter）建立了深厚友谊。针对当时有人以为对神虔诚就必须反对科学的谬误，他们宣称：“人得救的条件不是要反对什么，而是接受上帝白白的恩典。只要你肯，仍然可以在科学里爱上帝、敬拜上帝。”在波义耳的牛津科学阵营里逐渐聚集了一批杰出的基督徒科学家，并由此形成了“英国皇家科学会” 11。
瑞典博物学家林奈氏（Karl Von Linnaeus）对现代植物学的发展有极大贡献，尤以植物分类法闻名。他将自然界分为动物、植物、矿物三大类，再细分为纲、目、科、属、种，成为现代自然分类法的基础。林奈氏一生敬畏上帝。据说某日他外出散步，偶见一艳丽夺目的花朵，深感上帝创造的奇妙、伟大，便立即跪下，感谢造物主的恩典。
法国化学家巴斯德（Louis Pasteur）是世界公认的微生物学的创始者。他发明消毒法，对人类医疗卫生贡献极大。又在防治瘟蚕病、促进法国蚕丝业的发展立下丰功。他对上帝和福音都有坚强的信心。他说过，“如果承认上帝的存在，这一个信心实比一切宗教的神迹更为超奇，不可思议。如果我们有了这种信心，这种悟性，那便不能不对上帝下跪，肃然敬拜了。”他常在实验室里，一面工作，一面祷告。在巴斯德的时代，有人认为生命可以由物质产生，即“自然发生论”。出于他对神的信仰，他不相信物质可以产生生命，相信只有神才是生命法则的作者。经潜心研究，他发明了消毒法，证明了物质不能产生生命。年老时，他回母校讲演时说，他一生面对极大反对、却能节节胜利的两个原因是：“信心，相信神的启示……信心是一条绳子，维系你周围所发生的事情，与你内心的呼召，成为一个和谐的关系。热心（enthusiasm），这是最好的字，由En及Theo合成：En是里面，Theo是神。真正持久的热心是因为上帝住在我的心里” 12。
法国另一位著名的科学家巴斯噶（Blaise Pascal）英年早逝，离世时仅三十九岁。他十六岁时就完成了有关投影几何的名著，并先后发明计算器、晴雨表和水压机等，为旷世天才。然而，科学上的重大成就却无法满足他灵性的需求，他甚感痛苦，遂研读《圣经》。一天晚上正读到〈约翰福音〉第十七章时，神忽然向他显现，当年领以色列出埃及的伟大先知摩西所见的荆棘中的火焰，充满整个房间，同时上闻主声：“亚伯拉罕的上帝，以撒的上帝，雅各的上帝，非哲人之上帝，非学者之上帝。”使之顿时开悟，单靠科学、哲学�