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第七末那识，是以第八识为所依，而又以第八识为对象，向他恒审、思维、量度，迷执为实我和实法的心。末那译为“意”。所谓意，意思是思量。第七识从无始以来和第八识俱起并生，恒常在根本平等的第八识上起差别，恒审量度思维第八识的能缘作用，即见分为我、是我所有，因此称之为意。
就作用而言，第七识和第六意识是不同的。第七识是就心向内恒审思量的方面建立的，第六意识则是就心向外面思维了别的方面而建立的。又就他的体性说，第七识是常恒不断的思量，第六识则是起灭无常的思量。因此，在第七识，意就是识，而第六识是依意的识。
第八阿赖耶识，是一切诸法的根本，摄持诸法种子的心。阿赖耶译为“藏”，前六识在熟睡或闷绝等时是不现起的。第七识的性质则不同，但都不能够不断的任持一切诸法的种。只有第八识，从无始以来，到究竟之终，一类相续，把一切种子不断的任持不失，因此称之为藏识。所谓藏，有能藏、所藏和我爱执藏三种意义。即第八识，能够把一切诸法的种子，就是一切事物所由生的原因，包藏在自体当中，因此叫做能藏。又是一切诸法把它的种子熏附的所依处，所以叫做所藏。常恒被第七识爱执为自我，因此称之为我爱执藏。
色与心的关系，从上可知，可说为能缘与所缘的关系，也可说是物质与精神的关系。这本是哲学的基本问题。从古至今，由于人们对这两者的关系认识不同，因而形成了众多的哲学思想派别，可谓是众说纷纭，莫衷一是。以唯识学主观点，三界不离自心，万法皆唯识所现。在诸法当中，心（精神）是主导。 《百法明门论》将宇宙万有之法总分为五大类，即一、心法，二、心所有法，三、色法，四、心不相应行法，五、无为法。因其所包含的内容共有百项，所以总称为五位百法。五位即五类。五位的各自函义是：“一切最胜故，与此相应故，二所现影故，三位差别故，四所显示故，如是次第。”⑦这段话的简略解释是：心于一切法中最胜，由其能为主导，能统领一切法。心所有法即与此心相应，所以不离心。色法即是心及心所二者所现之影，因此不离心及心所。不相应行即是依于心、心所、色三者之分位差别而假立，所以不离心、心所、色三法。无为法即是心、心所、色、不相应行四有为法所显示，也与四有为法不一不异。心能统一切法，色法是心心所的所现影，乃是唯识宗之唯识无境，唯遮境有的理论基础。
《成唯识论》云：“识所变相，虽无量种，而能变识，类别唯三：一谓异熟，即第八识，多异熟性故。二谓思量，即第七识，恒审思量故。三谓了境，即前六识，了境粗故。及言显六，合为一种，此三皆名能变识者。”⑧三能变是变现宇宙万法包括有情界在内的根本。因此，正确理解三能变则是正确理解唯识学“三界唯心，万法唯识”这一世界观的关键。因此，这里有必要详细论述其变现过程，从中可明了色与心的关系。
先简述三能变在变现中的关系，然后重点讲第八阿赖耶识。对于三能变彼此间的关系，《成唯识论》一言以蔽之：“阿赖耶识因缘力故，自体生时，内变为种及根身，外变为器，即以所变自为所缘，行相杖之而得起故”⑨。即是说，第八识中的种子转变为主砚的根身和客观的器界等，眼耳等诸识即以此从第八识变现的实境为对象，转变而缘，于是有森罗万象的宇宙诸法形像现起。因此，第八识与前七转识的关系是，第八识为能变中的能变，而七转识连同自身只不过是从第八识中之种子的现行，是属所变中的能变。因此，八识皆为能变识。由于前五识皆不能独立生起了别的作用，需依第六意识的引发方可了别，所以将此前六识归为一类，则八识能变实为三能变了。三能变就是这样共同合作，即缘起，变现出森罗万象的宇宙诸法。因为八识中，异熟识即第八识是根本．识，因此这里重点说明此识的变现过程。
异热能变是三能变中的初能变。此异熟识是指有情果报的第八阿赖耶识。异熟有三义：一、异时而熟，二、变异而熟，三，异类而熟。此识是前世造因而成了今生异熟果报，因为有时间上的不同，所以称其为异时而熟。由前世造业因，至今生成熟，其间自有变异的过程，即因的自身变异，果方能成熟，因此称为变异而熟。异类而熟是说果异于造业的因性，即指因是善恶，果唯无记。要言之，这异熟识是由善恶业种子而使之成熟，以酬于引业的有情总报果体的真异热（指第八识）。
关于“变”，则有因能变和果能变两种。一、因能变。此变即转变之意，是说阿赖耶识中所摄藏的诸法种子能转变而现起诸法，所以也称为生变。此对于现行，称种子为因，以此立变义。因能变是指种子，种子为因，能亲生起一切诸法的现行，因即能变，所以称为因能变。二、果能变。此变即为变现之意，是说从阿赖耶识中所摄藏的种子现起八识，由缘虑的作用，于其识内变现所缘境，并以之为对象，所以也称其为缘变。因为果即能变，所以称为果能变。虽然八识皆通称能变，但是果能变是不同于因能变的。果能变已是在因能变的前提下，不过是能缘识与所缘境相望，诸识对各自所缘境生起了别，即有能变义，从其总体来说已属所变。而真正能变的大前提即是因能变，唯在第八识。这就是上文提到的，第八识为能变中的能变，七转识为所变中的能变。
阿赖耶识所收藏的诸法种子当中，有本有种子和新熏种子的两种。所谓本有种子，是指无始以来，于此识中具有法尔生一切诸法的差别功能。这如《戍唯识论》云： “一切种子皆本性有，不从熏生，由熏习力但可增长。”⑩所谓新熏种子，是指无始以来，由观行的势力，留贮在此识中而具有生果的作用。如《成唯识论》引契经云：“诸有情心，染净诸法熏习故，无量种子之所积集。”⑿唯识学依种子的功能，把它分为名言种子和业种子两种。所谓名言种子，是指由名言所熏习而成的种子。指前七转识缘各自境而熏成的种子，是由名言所熏成。它们所缘的境界，即是日常分别向过去、未来、现在、内外等一切诸法，起感觉、照了、思虑分别及爱注执著等作用，结果将此过程的气分（习气），熏附在第八识中。成为一种潜势力，成为未来即新异熟识变现宇宙万有诸法。所谓业种子，指第六识及其相应心所，依身口意三业造作善恶所熏成的依附于第八识中的种子。其势力强胜，是变现依、正二报即宇宙万法和有情自体的根本动力。
名言种子的性质，不是善和恶，而是无记。因而它的力量劣弱，没有独立的力用去变现宇宙诸法，必须借强胜善恶业种的力用为助缘，方能够变现。换言之，就是业种能够感动名言种去变现与造业的种类程度相应，即等流的宇宙万有。象这样，过去第八识所含藏的业种子，感生现在的异熟果，变为现在前七转识的现行。现在前七转识的现行，又熏附于第八阿赖耶识中作为种子，复作未来变现做新异熟果现行的准备。此正如论所云：“诸法於识藏，识於法亦尔，更互为果性，亦常为因性。”⑿这种由阿赖耶识所藏之种子，生起杂染诸法的现行，即是阿赖耶识为杂染诸法的因；在同一时间，杂染诸法的现行又熏成种子藏于阿赖耶识中，则杂染诸法又成为阿赖耶识的因了。这种关系，被称之为种子生观行，现行熏种子。乃是唯识学从本识与转识互为因果而安立的正“因缘”理。如《摄大乘论》说：“阿赖耶识与彼杂染诸法同时更互为因。云何可见？譬如明灯，焰柱生烧同时更互，又如芦束互相依持同时不倒。应观此中更互为因道理功；尔。如阿赖耶识为杂染诸法因，杂染诸法亦为阿赖耶识因。唯就如是安立因缘，所余因缘不可得故。”⒀
所谓种子，是指阿赖耶识中有亲生色心诸法自果的功能作用。阿赖耶识执持此种子令不失坏，遇缘即从各自种子生各自之果。这种从种子的潜势态到显势态便是现行。
综合上述可知，人们通常认为，外部物质世界是不依赖于人们的主观意识（精神）而独立存在的客观实在。这种观点与唯识观点是从原则上根本对立的。以唯识学观点，所谓不依赖主观世界（精神）的物质世界是根本不存在的。物质世界，乃至包括有情界在内，皆是酬于先世的业力的产物，是藉八识（精神）为中介的业种再现。
明白了阿赖耶识，不仅明白了外部物质世界与我们的精神关系，而且也明白了我们有情的生死缘由。正如偈颂所云，阿赖耶识是：“无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，及涅槃证得。”⒁此颂前两句说明了阿赖耶识的因缘作用，后两句说明了流转、还灭依持的功用。“界”是因义，即种子识（第八识的异名），无始时来，展转相续，亲生诸法，一切现行诸法以之作为平等依止，由此八识，执持一切顺流转法，令一切有情流转生死，一切烦恼业生，皆由此识与流转作依持用。也由此识，能执持一切顺还灭法，即归还寂灭之理，令修行者证得涅槃。
以唯识学之观点，我们所依存的物质世界，除是自己别业所感现之外，同时还是此界有情的共业所感