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中世纪这些混乱的想象中得来的图画。
在犹太神智学，即所谓卡巴拉（Caballa）的学说里，也可以找到大致相同的观念，这个学说自称发扬了上帝启示亚当的秘传真理，并且靠了传说传给后代，以后对基督教也发生了很大的影响。
在这里，我们对中世纪的庞杂繁复的占星术、炼金术、巫术与神智学大杂脸，连十分之一也无法叙述；这些不但使我们难于理解，甚且使我们不能卒读。这些观念本质上是中世纪心理的特点，有了这些观念，他们才感觉安适。但是我们不要忘记，科学思想在当时既很少见，而且同一般人的心理也格格不入。几棵疏落的科学树苗，必须在始终阻遏生机的旷野密菁中生长，而不是家有些科学历史家所想象的那样在开阔而有益于康健的愚昧草原中生长。一块农地如果几年不加耕种，即仍成为草莽，在思想的园地里也不乏同样的危险情况。费了科学家三百年的劳动，才得清除草秽，成为熟土；但毁灭很小一部分人口，便足以毁灭科学的知识，使我们回到差不多普遍信仰巫术、妖术和占星术的局面中去。
十三世纪
黑暗时期的学术任务是把濒于灭绝的古代学术尽可能地挽救出来，以后几个世纪的任务则是熟习与吸收所重新发现的学术。中世纪初期在学术方面的主要成就，是把拉丁纲要的作者所保存下来的残存古代古典知识与早期教父们依照新柏拉图主义诠释的基督教信仰融合为一。我们可以看到，自九世纪以来，这个过程就在进行，可以说从那时起，中世纪的建设时期就开始了。
到十二世纪时，从过去得来的双重遗产已经由中世纪的思想界加以考察、清理、吸收与改造了。此后哲学性的神学工作就暂时停顿下来，可是这个时期里，把古典书籍当做文学来欣赏的现象却达到了极点。比较高深的亚里斯多德著作，没有一部是完整的，因此没有一部科学书籍落到当时学者手中，来打扰他们偏重于文学的观点；这些学者所以留心典籍，本来只是一种治学的别径，或者只是为了更便于了解圣经的语言和神父的著作。虽然亚里斯多德的著作，经过各家注释未尝没有间接的影响，但当时流行的神学态度仍然是柏拉图派或新柏拉图与奥古斯丁派的态度，是唯心主义的和神秘的，而不是理性的和哲学的。
但在十三世纪时，人们的观点就发生了一个重大的变化，这与当时随着托体僧的出现而产生的人道运动是同时发生的，而且或许还是有关联的。为了满足人们追求世俗知识的不断增长的要求，希腊书籍翻译成拉丁语，起初是从阿拉伯语转译，后来直接由希腊语译出。全部情况至今还没有完全弄清楚，因为我们对于阿拉伯科学文献——即使是现存的那一部分科学文献——的知识还是很片段的，要正确地指出什么是阿拉伯人增加到希腊科学上去的，还不可能。
由阿拉伯语到拉丁语的翻译工作，在西班牙最是活跃。这里自1125至1280年有一系列的翻译家针对许多题目孜孜不倦地工作着。“由于他们的工作，我们才得到亚里斯多德、托勒密、欧几里得和希腊医学家阿维森纳与阿维罗伊以及阿拉伯天文学家与数学家的著作，还有一大堆占星术书籍，显然还有不少的炼金术的书籍。”
在重要性上次于西班牙的是意大利南部与西西里。在这些地方，有不少著作从阿拉伯语和希腊语翻译过来，这是因为这些地方与君士坦丁堡有外交和商务的关系，而且居住有一些阿拉伯人和希腊人的缘故。从这个来源得到了一些医学书籍，一本地理著作与地图以及托勒密的《光学》。亚里斯多德的《动物学》、《形而上学》与《物理学》及1200年以后在西方出现的许多次要书籍，其来源则属于许多散居各处的或不知名的译者。
那时科学文献的通用语言是阿拉伯语，从阿拉伯语译出的书籍，即使作者是希腊人，也见重于当时。当时，说阿拉伯话的民族以及杂居其间的犹太人对于科学感到真正的兴趣，中世纪欧洲正是由于同伊斯兰教国家接触。才从早期的观点过渡到一个比较富于理性主义的心理习惯。
最大的变化是在重新发现亚里斯多德著作的时候发生的。1200至1225年间，亚里斯多德的全集被发现了，并且翻译成拉丁语；与其他希腊著作一样，起先是从阿拉伯语译出，后来才直接由希腊语译出。在后一翻译工作中，最出色的一个学者是格罗塞特（Robert Grosseteste）。他是牛津的校任，林肯区的主教，著有讨论彗星与其成因的论文。他邀请希腊人到英国来，并输入希腊书籍，而他的门徒、方济各会修士罗吉尔·培根则写了一部希腊语法。他们的目的不在于文学，而在于神学与哲学，他们想要把圣经和亚里斯多德原著语言的锁钥打开。
这些新知识不久便对当时的争论发生了影响。唯实论仍然存在，但不如从前彻底了，而且稍微离开了柏拉图主义。人们认识到，经过亚里斯多德修改后的唯实论，可以用心理学的术语来加以表述，使其接近于唯名论。但在比较大的问题上，亚里斯多德却为中世纪思想界展开一个新的思想世界。他的一般观点不但更加富于理性，而且更科学，与历来充当古代哲学的主要代表的新柏拉图主义大有差别。他的知识领域，无论在哲学方面或自然科学方面，都比当时所知道的宽广得多。要吸收这些新材料并且使其合于中世纪的基督教思想，是一件很不容易的工作，而且在从事这个工作时也不能没有疑惧。人们已经深信教会作为天启的接受者与解释者，在学术上是至高无上的，而代表世俗学问的神秘的新柏拉图主义则是与天启相符合的。因此，要接受新发现的亚里斯多德的著作以及这些著作里包含的科学的或准科学的知识，并且把这些知识与基督教教义调和起来，在学术上需要真正大胆的努力，在最初研究亚里斯多德的时候一时发生惊慌，是不足怪的。起初，亚里斯多德的著作，是经过阿拉伯的途径传到西方的。在这个途径中，他的哲学和阿维罗伊派的倾向混合起来，结果成了神秘的异端。1209年巴黎的大主教管区会议禁止亚里斯多德的著作，后来，又再一次加以禁止。但是，1225年，巴黎大学就正式把亚里斯多德的著作列到必读书籍的目录里去。
在这个时期里解释亚里斯多德的最主要的学者是多明我会修士科隆的大阿尔伯特（Albertus Magnus of Cologne，1206…1280年）。他也是中世纪里最富有科学思想的一人。他把亚里斯多德、阿拉伯和犹太诸要素组成一个整体，其中包括了当时的天文学、地理学、植物学、动物学与医学各种知识。在这一工作中，阿尔伯特本人与其同时代的植物学家鲁菲纳斯（Rufinus）等人作出了肯定的贡献。
当时流行的思想倾向可以从阿尔伯特教授亚里斯多德的胚胎学以后发生的情况看出来。亚里斯多德认为一个生物的成胎，母体给它以质，父体给它以形。中世纪的心理注重事物的价值，因而断定男质特别贵重，后来竟形成一种神学的胚胎学，于是灵魂何时进入胎里，就成了具有头等重要性的问题。
阿尔伯特的工作，一方面表现出他同他的同时代的青年人牛津的方济各会修士们、格罗塞特斯与培根有密切的关系，另一方面也直接引导他的有名的门徒圣托马斯·阿奎那形成更有系统的哲学。虽然阿奎那的头脑不象阿尔伯特那样富于科学精神，可是在哲学史及科学起源方面他却十分重要。他继承阿尔伯特的工作，把当时知识的宝藏，不管是神圣的还是世俗的，加以理性的解释，因而激起人们对于知识的兴趣，并使人们感觉宇宙似乎是可以理解的。
阿尔伯特与阿奎那共同促成了一场思想革命，特别是宗教思想的革命。从柏拉图经过新柏拉图主义到奥古斯丁，人们一向认为人是思想着的灵魂与活着的肉体的混合物，其中两者各自形成一个完整的实体。上帝在每个灵魂里植上一些天赋的观念，其中便有神的观念。这种体系很容易同个人灵魂不死，人们可以直接认识上帝等基督教教义调和起来。
但是，亚里斯多德对于人和认识的问题，提出一种完全不同的理论。肉体或灵魂单独都不能是一个完整的实体，人只能看做是两者的复合体。观念也不是天赋的，而是按照几个不证自明的原则（如因果原则），根据感官材料建立起来的。对于上帝的认识，不是天赋的，必须通过理性的与辛苦的推理方能达到。亚里斯多德的体系，虽然在解释宗教问题的时候有种种困难，可是对于外部世界却作出了比较好的解释，因此阿尔伯特与阿奎那接受了它，托马斯更是勇敢地和巧妙地起来把它与基督教教义加以调和。
不过，亚里斯多德的哲学，虽然同柏拉图的哲学比起来要合乎科学一些，可是与文艺复兴时代的新知识仍然是抵触的，因此当他的著作被人接受、成为权威的时候，它们就在许多年代中阻挡了科学思想从神学桎梏下解放出来，因为学院的世俗学术和罗马教会双方所以都对现代科学的初期发展抱着突出的仇现态度，主要是由于圣托马斯的亚里斯多德主义的缘故。
托马斯·阿奎那
托马斯是阿奎农（Aquinum）伯爵的儿子，1225年左右生于意大利南部。十八岁时他加入多明我会为修士。他在科隆从阿尔伯特求学，在巴黎和罗马教过书，辛劳一生，死于1274年，只活了四十九岁。
他的两大著作：《神学大全》（Summa Theologiae）与《箴俗哲学大全》（Summa Philsophica contra Gentiles）是为了向无知者阐明基督教知识而写的。他认为知识有两个来源：一是基督教信仰的神秘，由圣经、神父及教会的传说传递下来，一是人类理性所推出的真理�