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运气学说描述和研究的是一千多年前的气候环境和在这种气候环境影响下的疾病情况。气象史的研究表明，气候变化既有较短周期，亦有较长周期，古人限于认识能力和技术条件，无法了解成百上千年的气候大周期，因而运气学说研究的只是六十年以内的气候小周期。而古今气候差异则影响了原有预测方法的准确性。至于古今疾病谱的变化则更为显著，随着医学科学的进步，历史上长期居于发病首位和作为主要死亡原因的感染性疾病，已在很大程度上得到控制，而生活方式的改变、环境污染导致的癌症、心血管疾病、糖尿病以及新出现的传染病等已经获得现代病的美称并成为主要死亡原因。古今气候和疾病谱的差异，是传统运气推算方法不能准确预测当代气候和疾病变化趋势的一个重要原因。
气候和疾病不单受时间因素，同时亦受地理因素的影响，我国幅员广阔，地理形势复杂，因此气候的地域性差异相当显著，《素问·异法方宜论》对此有过精辟论述。关于气候的南北差异，前人有“百里一日”之说，似可作为修正参考值，但仅对于四时正常气候而言，异常气候则每为具体地理条件所决定而缺乏普遍规律，历史上常可见到的同一年份的南涝北旱或者南旱北涝就是最明显例子。又如每年夏秋影响广东的台风，其登陆地点不是粤东就是粤西，居于两地之间而同处沿海的广州地区则很少受到台风正面袭击。七篇大论的作者根据其所在地区的气候和疾病变化情况制定出来的运气推算方法，只考虑时间因素而没有考虑地理因素，对于其他地区来说，其准确性当然受到影响。
另外，气候的变化，疾病的流行，既有其常，又有其变，其常可测，其变则难料。运气学说以干支甲子为工具推演出来的“三十年为一纪，六十年为一周”的固定格局，只能言其常而未能达其变，因而亦影响了其预测的准确度。
古代医家创建了五运六气学说，成为医学气象学和疾病预测学的前驱。与其它科学理论同样，在其学说构建之初，难免存在着粗略性和局限性，了解其局限性，是进一步发展和完善这一学说的前提。因此，如何以继承发扬的态度，推陈出新，运用现代科学的技术和方法发展完善这一学说，提高其在当代疾病预测方面的意义和作用，是一个值得思考探索的问题。
笔者认为，应该充分肯定疾病与气候密切相关这一学术思想的正确性，并以此作为预测疾病发生、流行和发展变化的基本出发点。现代气象学和地球科学、天体物理学等学科的研究亦业已证明，自然界不少影响气候的因素具有相对稳定的变化规律，气候的周期性变化是客观存在的。因此运气学说关于“时间—气候—疾病”的线性函数关系的认识亦是正确的，通过气候作为中介，由时间预测疾病的思路切实可行，应当继承发扬。
自然界的运动变化极其复杂，既有序又无序，既在意料之中又每出意料之外。疾病预测亦与天气预报、地震预测等一样，属于对自然界运动变化趋势的前瞻性研究，要求其预测结果绝对准确是不可能的。然而这种前瞻性预测又是医学实践之所必须，对因时制宜防治疾病具有重大指导意义。鉴于运气学说在长期运用过程中所体现出来的价值和局限性，我们应该在继承其基本学术原理和研究思路的基础上进一步发扬完善，克服其局限性以提高其预测准确性。
首先，必须解决古今气候和疾病谱差异对预测准确性的影响。解决这一问题可以通过现代气象资料和流行病学资料的调查收集，并运用多元线性回归等数理统计方法或计算机神经网络方法等进行整理分析，重新建立能够反映现代“时间—气候—疾病”关系的线性方程。当然这一过程工作量相当浩大，资料的完整搜集亦有一定困难，但通过气象和卫生防疫部门的协作并借助现代计算机技术是能够完成的。
其次，必须解决地域性差异所带来的气候和疾病的不同步性和差异性，亦就是必须克服传统运气学说只考虑因时制宜而未考虑因地制宜的局限性。解决方法有二：比较简单、直接的方法是把全国划分为若干预测区域（可按地理方域划分为5或9个区域，更可行的是按省级行政区域划分），分别制定预测模式。另一方法是选定某一地区（以处于黄河流域中部的河南省比较适宜），建立起以该地区为中心，以时间为主要变量，以地理因素（如经纬度、海拔高度以及平原、盆地、丘陵、沙漠、滨海或海岛等地貌因素）为参变量的函数表达式，综合考虑时间和地理因素对气候和疾病的影响。
总之，对待五运六气学说，既不可弃，亦不可泥，必须与时俱进，在其基础上创新发扬。上述改进建议，就是在继承其基本学术原理和原则方法的基础上，根据现代气候和疾病变化情况加以发展和完善。相信，经过改进完善的“新版”运气学说——实际亦就是现代的中医医学气象学和疾病预测学，将能够在较大程度上克服原有方法的局限性，提高疾病预测的准确性，更好地发挥中医在卫生保健、防治疾病中的积极作用。