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在自然状况下，这个过程要比在图解中所表示的复杂得多；因为群的数目会更多； 它们存续的时间会极端不等，而且它们变异的程度也不会相同。因为我们所掌握的不过 是地质纪录的最后一卷，而且是很不完全的，除去在稀有的情况下，我们没有权利去期 望把自然系统中的广大间隔填充起来，因而把不同的科或目连结起来。
一切我们所能期望的，只是那些在既知地质时期中曾经发生过巨大变异的群，应该 在较古的地质层里彼此稍微接近些；所以较古的成员要比同群的现存成员在某些性状上 的彼此差异来得少些；根据我们最优秀古生物学者们的一致证明，情形常常是这样。
这样，根据伴随着变异的生物由来学说，有关绝灭生物类型彼此之间、及其与现存 类型之间的相互亲缘关系的主要事实便可圆满地得到解释，而用其他任何观点是完全不 能解释这等事实的。
根据同一学说，明显地，地球历史上任何一个大时期内的动物群，在一般性状上将 介于该时期以前和以后的动物之间。这样，生存在图解上第六个大时期的物种，是生存 在第五个时期的物种的变异了的后代，而且是第七个时期的更加变异了的物种的祖先； 因此，它们在性状上几乎不会不是介于上下生物类型之间的。然而我们必须承认某些以 前的类型已经全部绝灭，必须承认在任何地方都有新类型从其他地方移入，还必须承认 在连续地质层之间的长久空白间隔时期中曾发生过大量变化。承认了这些事情，则每一 个地质时代的动物群在性状上无疑是介于前后动物群之间的。关于这点我们只要举出一 个事例就可以了，即当泥盆系最初被发见时，这个系的化石立刻被古生物学者们认为在 性状上是介于上层的石炭系和下层的志留系之间的。但是，每一个动物群并不一定完全 介于中间，因为在连续的地质层中有不等的间隔时间。
每一时代的动物群从整体上看，在性状上是近乎介于以前的和以后的动物群之间的， 某些属对于这一规律虽为例外，但不足以构成异议以动摇此说真实性。例如，福尔克纳 博士曾把柱牙象和象类的动物按照两种分类法进行排列——第一个按照它们的互相亲缘， 第二个按照它们的生存时代，结果二者并不符合，具有极端性状的物种，不是最古老的 或最近代的；具有中间性状的物种也不是属于中间时代的。但是在这种以及在其他类似 的情形里，如果暂时假定物种的初次出现和消灭的记录是完全的（并不会有这种事）， 我们就没有理由去相信连续产生的各种类型必定有相等的存续时间。一个极古的类型可 能有时比在其他地方后生的类型存续得更为长久，栖息在隔离区域内的陆栖生物尤其如 此。试以小事情来比大事情；如果把家鸽的主要的现在族和绝灭族按照亲缘的系列加以 排列，则这种排列大概不会与其产出的顺序密切一致，而且与其消灭的顺序更不一致： 因为，亲种岩鸽至今还生存着；许多介于岩鸽和传书鸽之间的变种已经绝灭了；在喙长 这一主要性状上站在极端的传书鸽，比站在这一系列相反一端的短嘴翻飞鸽发生较早。
来自中间地质层的生物遗骸在某种程度上具有中间的性状，与这种说法密切关连的 有一个事实，是一切古生物学者所主张的，即二个连续地质层的化石彼此之间的关系， 远比二个远隔的地质层的化石彼此之间的关系，更为密切。匹克推特举出一个熟知的事 例：来自白垩层的几个阶段的生物遗骸一般是类似的，虽然各个阶段中的物种有所不同。 仅仅这一事实，由于它的一般性，似乎已经动摇了匹克推特教授的物种不变的信念。凡 是熟知地球上现存物种分布的人，对于密切连续的地质层中不同物种的密切类似性，不 会企图用古代地域的物理条件保持近乎一样的说法去解释的。让我们记住，生物类型， 至少是栖息在海里的生物类型，曾经在全世界几乎同时发生变化，所以这些变化是在极 其不同的气候和条件下进行的。试想更新世包含着整个冰期，气候的变化非常之大，可 是看一看海栖生物的物种类型所受到的影响却是何等之小。
密切连续的地质层中的化石遗骸，虽然被排列为不同的物种，但密切相似，其全部 意义根据生物由来学说是很明显的，因为各地质层的累积往往中断，并且因为连续地质 层之间存在着长久的空白间隔，如我在前章所阐明的，我们当然不能期望在任何一个或 二个地质层中，找到在这些时期开始和终了时出现的物种之间的一切中间变种：但是我 们在阀隔的时间（如用年来计量这是很长久的，如用地质年代来计量则并不长久）之后， 应该找到密切近似的类型，即某些作者所谓的代表种；而且我们确曾找到了。总之，正 如我们有权利所期望的那样，我们已经找到证据来证明物种类型的缓慢的、难被觉察的 变异。
古代生物类型与现存生物类型相比较的发展状态
我们在第四章里已经看到，已经成熟了的生物的器官的分化和专业化程度，是它们 完善化或高等化程度的最好标准。我们也曾看到，器官的专业化既然对于生物有利益， 自然选择就有使各生物的体制愈益专业化和完善化的倾向，在这种意义上，就是使得它 们愈益高等化了；虽然同时自然选择可以听任许多生物具有简单的和不改进的器官，以 适应简单的生活条件，并且在某些情形下，甚至使其体制退化或简单化，而让这等退化 生物能够更好地适应生活的新行程。在另一种和更一般的情形里，新物种变得优于它们 的祖先；因为它们在生活斗争中必须打败一切与自己进行切身竞争的较老类型。我们因 此可以断言，如果始新世的生物与现存的生物在几乎相似的气候下进行竞争，前者就会 被后者打败或消灭，正如第二纪的生物要被始新世的生物以及古生代的生物要被第二纪 的生物所打败一样。所以，根据生存竞争中的这种胜利的基本试验，以及根据器官专业 化的标准，按照自然选择的学说，近代类型应当比古代老类型更为高等。事实果真是这 样的吗？大多数古生物学者大概都会作出肯定的回答，而这种回答虽然难于证明，似乎 必须被认作是正确的。
某些腕足类从极其遥远的地质时代以来，只发生过轻微的变异；某些陆地的和淡水 的贝类从我们所能知道的它们初次出现的时候以来，差不多就保持着同样的状态，然而 这些事实对于上述的结论并不是有力的异议。如卡彭特博士（DR。Carpenter）所主张的， 有孔类（Foraminifera）的体制甚至从劳伦纪以来就没有进步过，但这并不是不能克服 的难点；因为有些生物必须继续地适应简单的生活条件，还有什么比低级体制的原生动 物能够更好地适于这种目的吗？如果我的观点把体制的进步看作是一种必不可少的条件， 那么上述的异议对于我的观点则是致命的打击，又例如，如果上述有孔类能够被证明是 在劳伦纪开始存在的，或者上述腕足类是在寒武纪开始存在的，那么上述的异议对于我 的观点也是致命的打击；因为在这种情形下，这等生物还没有足够的时间可以发展到当 时的标准。当进步到任何一定高度的时候，按照自然选择的学说，就没有再继续进步的 必要；虽然在各个连续的时代，它们势必稍微被改变，以便与它们的生活条件的微细变 化相适应，而保持它们的地位。前面的异议系于另一个问题，即：我们是否确实知道这 世界曾经历几何年代以及各种生物类型最初出现在什么时候；而这个问题是很费讨论的。
体制，从整体看来，是否进步，在许多方面都是异常错综复杂的问题。地质纪录在 一切时代都是不完全的，它不能尽量追溯到往古而毫无错误地明白指出在已知的世界历 史里，体制曾经大大进步了。甚至在今天，注意一下同纲的成员，哪些类型应当被排列 为最高等的，博物学者们的意见就不一致；例如，有些人按照板鳃类（selaceans）即沙 鱼类的构造在某些要点上接近爬行类，就把它们看作是最高等的鱼类；另外有些人则把 硬骨鱼类看作是最高等的。硬鳞鱼类介于板鳃类和硬骨鱼类之间；硬骨鱼类今日在数量 上是占优势的，但从前只有板鳃类和硬鳞鱼类生存，在这种情形下，依据所选择的高低 标准，就可以说鱼类在它的体制上曾经进步了或退化了。企图比较不同模式的成员在等 级上的高低，似乎是没有希望的；谁能决定乌贼是否比蜜蜂更为高等呢？——伟大的冯 贝尔相信，蜜蜂的体制“事实上要比鱼类的体制更为高等，虽然这种昆虫属于另一种模 式”。在复杂的生存斗争里，完全可以相信甲壳类在它们自己的纲里并不是很高等的， 但它能打败软体动物中最高等的头足类；这等甲壳类虽然没有高度的发展，如果拿一切 考验中最有决定性的竞争法则来判断，它在无脊椎动物的系统里会占有很高的地位。当 决定哪些类型在体制上是最进步的时候，除却这等固有的困难以外，我们不应当只拿任 何两个时代中的一个纲的最高等成员来比较——虽然这无疑是决定高低程度的一种要素， 也许是最重要的要素——我们应当拿两个时代中的一切高低成员来比较。在一个古远的 时代，最高等的和最低等的软体动物，头足类和腕足类，在数量上是极多的；在今天， 这两类已大大减少了，而具有中间体制的其他种类却大大增加了；结果，有些博物学者 主张软体动物从前要比现在发达得高些；但在反对的方面也举出强有力的例子，这就是 腕足类的大量减少，以及现存头足类虽在数量上是少的，但体制却比它们的古代代表高 得多了。我们还应当比较两个任何时代的全世界高低各纲