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洪武元年（1368），朱元璋在金陵天界寺设善世院，命令慧昙（1304—1371）主持管理全国佛教。在他的职位之下又设置了统领、副统领、赞教、纪化等宗教职位，以实施对佛教教团的管理。洪武十五年（1382），把全国寺院分为“禅”、“讲”、“教”三大类，要求寺院僧众专注于其专业，并且设定各类僧侣的服色，限制寺田的买卖。当中“禅”是指禅宗。“讲”指华严宗、天台宗、法相宗等等；教则是指以前的律寺，从事瑜伽显密法事仪式。
道衍（1335—1418）曾协助明成祖朱棣发动“靖难之变”。明成祖即位后，奖赏道衍冠带而朝，退仍缁衣。此后，成祖开始偏袒佛教，并且为《法华经》作序，颂扬佛教功绩；又亲自编写《神僧传》。他对西藏喇嘛教非常重视。1403年，邀请哈立麻到京师，颁发“大宝法王”称号，又给西藏宗喀巴“大慈法王”称号，并且担任国师。永乐年间，受封的藏族喇嘛共有五王、二法王、二西天佛子、九大灌顶国师、十八灌顶国师。
朱元璋与朱棣奠定了明朝的佛教政策，但基于政治经济的考虑而往往摇摆不定。明初叶，曾废除僧侣免丁钱，度牒免费发给；但严加管制剃度方面，规定了发牒的数量与时间，出家的年龄和考试的准则。明代宗景泰二年（1451）为了筹募经费而开始贩卖度牒，直到明末，导致僧尼剧增，寺院林立。根据《大明会典》的统计，成化十二年度僧人数达到10万，二十二年则已经倍增。从总体上来看，虽然明代佛教以仍然流行禅宗和净土宗，可是佛教思想上的发展则甚少。
清朝
清初皇室崇奉藏传佛教，对汉传佛教采取限制政策。康熙时禁令稍弛，迎请明末隐居山林的高僧重返京师，使已经衰微的佛教一时又呈现出活跃的气象。清朝对于佛教的政策基本上是继承明代的僧官制度，在北京设立了僧录司，所有宗教官员都经礼部考试轮选，最后由吏部委任。所有僧官的职别名称，和明代无异。清初顺治二年（公元1645年）禁止京城内外私下建造或拆毁寺庙与佛像，禁止私度僧尼，只容许官员发出度牒。后来更针对私立庵院及私度僧尼指定律法。乾隆19年（公元1754年）因为私度僧尼人数太多，累计颁发过各省度牒部照多达34万余张，而无法管理，所以取消官给度牒制度，直到清末。清末时，全国僧尼大约高达80万人。
清朝官方最初接触到的是喇嘛教，并且受到清太祖的礼遇。当时西藏的第五世喇嘛罗桑嘉措已和清太宗建立了关系，并受册封。清朝非常重视西藏地区的政教事务，为此设立驻藏大臣，并且制定了《钦定章程》共二十九条，让所有西藏寺庙和喇嘛都受理蕃院所管理。
汉传佛教方面，清世祖爱好参禅，曾召海会寺憨璞性聪、浙江玉林通琇、木陈道忞、茚溪行森、旅庵本月、山晓本晰等入宫内说法。清世宗曾自号“圆明居士”，把古德参禅语要编辑成《御选语录》共十九卷，更从章嘉国师学习禅学。章嘉国师就是负责把《藏文大藏经》全部翻译成满文。
翻译佛经方面，侧重于国内各族文字的互译。譬如北京黄寺土观呼图克图第一世受诏把藏文藏经甘珠尔部分译为蒙文，把藏文大藏翻译为满文。工布查布等人则根据藏文佛典译成汉文的有：《造像量度经》、《造像量度经解》、《弥勒菩萨发愿王偈》、《药师七佛供养仪轨如意王经》、《修药师仪轨布坛法》、《白救度佛母赞》、《极乐愿文》、《释迦佛赞》等等。除了翻译佛经外，刻经事业也很蓬勃，各地所刻的僧传、语录等都集中于嘉兴楞严寺，譬如《续藏经》、《又续藏经》。根据《福州鼓山庋藏经目录》，福州鼓山清初所刻的有《华严经》、《华严疏论纂要》、《憨山梦游集》等。雍正11年（1733年），于北京贤良寺特设藏经馆作校阅编稿。四年后编辑成《龙藏》，内容包括了明刻《北藏》本、相关的经论义疏及禅宗语录等七千余卷。乾隆年间刻刊了《蒙文大藏经》、《满文藏经》共二千四百六十六卷。道光以后，佛教衰落，但佛教徒仍致力于经典的校刻与流通。例如，自同治五年（1866年），郑学川曾先后在扬州、苏州、常熟、杭州等地设立刻经处，发刊的佛经接近三千卷。
从整体来说，清代的佛教宗派，都是继承着明朝，当中以禅宗为最流行。民间则更为流传，在许多民间文艺作品中普遍存在。
清代汉地的僧侣，除参禅、念佛之外，几乎无事可做，佛教僧侣中无有杰出人物，居士之中仅有乾隆时的彭绍升较为特出，他所偏重的也是净土一宗。太虚大师曾经感慨：“迨乎前清，其（佛教）衰也始真衰矣。迨乎近今，其衰也，始衰而濒于亡矣。从全球运开，泰西文明过渡东亚，我国之政教学术莫不瞠焉其后，而佛教实后而尤后者。”
晚清至民国
晚清至民国肇建之际，鉴于佛教之衰微，先有杨仁山居士创建金陵刻经处，精印佛典，大量流通。许多在中国失传的佛教典籍，又陆续由日韩传回中国，原先失传的许多宗派，开始又复活了起来。金陵刻经处同时又有教育的功能，太虚大师的武昌佛学院，是起源于金陵印经处的。
民国初年，诸教内大德如太虚大师、印光大师、虚云大师、弘一大师等出世，大力倡导与推动复兴佛教。太虚大师力倡佛教的现代化运动，有改革佛教的思想与举措。对内整合佛教的现代思维：主八宗并弘外，将汉传佛教分为法相唯识、法性空慧、法界圆觉三大系。印光大师的《印光法师文抄》被龙天推出后，更是广为传播，道风所播，遐迩景从，法化广被，名遍远近，一本印祖文抄，度化众生无以计数。赵朴初等佛学大居士也相继涌现，也为汉传佛教复兴立下汗马功劳。
共和国时期
1945年，国共内战开始，因为当时战争与及中共不允许宣扬佛教等因素，前往台湾定居的中国大陆佛教传道人日渐增多。经几十年的宣教，佛教于1980年代中期开始于台湾流行。加上经济发达、政治松绑等因素，比原本掺有道教的信仰较纯正的正信大乘佛教，成为佛教的新兴主导力量。不但佛教信徒增多，以往从未出现的佛经谒语也大量出现于各种场合。
文革时期，汉传佛教寺庙及僧侣管理遭到严重破坏。文革结束后，中国国务院组织进行修复和保护工作，设立中国国家级文物保护单位，其中众多全国重点文物保护单位为佛教寺庙与建筑。同时，1983年4月9日国务院批转《国务院宗教事务局关于确定汉族地区佛道教全国重点寺观的报告》，绝大多数为中国大陆境内汉传佛教重要佛教寺庙，共142座，以进行保护管理工作。
2003年，台湾佛教的信徒约有548。6万人，占全台湾2300万人口的23。9％，这里面又以净土宗、禅宗及无所属的宗派居多。尤其净土一宗，《印光法师文抄》一直是台湾发行再版次数和数量最大的佛教类书籍，深受广大佛教四众弟子和百姓欢迎，广为传播。净土法门成为台湾实际上的主流修行宗派之一，为上世纪80年代以来台湾佛教的复兴立下汗马功劳。如就佛教组织团体来看，则以中台山、法鼓山、佛光山、灵鹫山无生道场以及慈济基金会等五团体的影响力最大，也被人视作台湾佛教五座山。
【中国以外的汉传佛教（北传佛教）】
【日本】
《日本书纪》有载佛教传至日本始于飞鸟时代，即552年（钦明天皇13年）有百济圣明王始赠予释迦佛的金铜像与経论。唐朝时期，日本高僧空海赴长安学习佛法，曾寄居大相国寺。回日后，他在弘扬佛法的同时，创造了日本文字“片假名”。道昭、智达、智通从玄奘受学，其后又有智凤、玄昉从智周受学，归日本国后分为南寺、北寺两传法相之学，而成立专宗。中国又先有道璇赴日讲《华严》等经，继而新罗审详从贤首学法，授之日僧良辨，而成华严宗。日僧道光先入唐学南山律，后鉴真律师赴日传戒，成立了律宗。这些宗派都建立在日本奈良时代，连同先前传入日本的三论宗、成实宗，又附唯识学传入的俱舍宗，并称为奈良六宗。其后日都由奈良迁去平安，而入平安时代，又有最澄入唐从天台宗道邃、行满受学，归国创天台宗。空海入唐从惠果受两部秘法，归创真言宗。在唐朝以后，日本佛教颇具规模。
宋神宗时，日僧成寻曾率第子前来巡拜。日本佛教界出于对大相国寺的钦慕，在京都也设立了相国寺，并承汉传佛教之风，将禅寺中高等级者列为“五山十刹”。
日本佛教自唐代传入，为纯正汉传佛教。此后日本佛教受欧美学术的影响，走入现代的佛学研究领域。直接透过巴利文、梵文、藏文等原典之研究风气来研究佛学，是以语言学、文献学等为主的研究。或以比较宗教学之立场重新评估佛教。日本重视保留从中国传承过去的佛教经文；其《大正藏》对汉传佛教的研究有重要价值。
现代日本的佛教，是现代学术化的佛教。日本每个国立大学里，几乎都设有印度哲学科和中国哲学科，以资佛学研究，同时在各宗派中，都设有佛教大学或佛教专科学校，作为佛学的研究机关。
【朝鲜半岛】
朝鲜半岛佛教是在公元4世纪从中国传入的。当时朝鲜半岛分为高句丽、百济、新罗三国。公元372年，中国姚秦苻坚派遣使节以及沙门顺道法师赠送佛像和佛经给高句丽；384年，印度沙门摩罗难陀自中国东晋赴百济传教；此后不久，新罗则从高句丽接受了佛教。
唐朝天台宗八祖左溪玄朗时期，新罗法融法师带领弟子理应及纯英入华，在玄朗大师门下参学，从而与唐朝天台宗的中兴祖师荆溪湛然尊者为同门。以后他们三人回国弘扬了天台教观。唐代末年，由于“会昌法难”，天台宗的经典�