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，因为有学生在壁报上张贴文字骂青年军为职业学生，引起双方冲突，他一方面要骂人的学生刘忠潮承认过失道歉，一方面担心其安全，留他和自己的孩子同房间睡。
竺可桢的老友、清华理学院院长叶企荪对人说，在竺可桢眼中，“浙大学生个个都是好人品和有学问的”。他认为“马克思主义也可以研究”，学生有读书的自由、探索真理的自由。1947年5月25日，竺可桢远在美国旧金山，从当地报纸上得知浙大还在罢课之中，在日记中写下了“真使人焦急”五个字。后来他对1947年4月到1948年4月的罢课作过统计：“共罢课五十五天，其中例假一天，星期日六天。”一年中罢课的时间竟达八星期之多，也即是上课时间的四分之一。他虽然理解青年学生“多不满现状”，“天下兴亡匹夫有责”，何况是大学生，“关心国是也是应该的”，但他始终认为时时罢课，学业损失太大，“这种荒废学业，凡是关心教育的人，统引为极痛心的一桩事”。而且他更不赞成“以罢课作为要挟的一种工具”。
但无论学潮如何汹涌，竺可桢1948年1月5日的日记中说：“余始终认大多数学生乃系善良的也。”1948年4月1日他在浙大五十一周年纪念会上郑重地说：“办大学教育者必得有基本信仰，就是大多数学生，可以由经验和教训使入于理智所承认为正轨的途径的。”1947年8月浙江省主席沈成章当着竺的面表示对于浙大罢课学潮之印象极坏，甚至说“浙大乃共产党大本营”，认为浙大处理学潮过宽，开除的学生太少。竺可桢坦然回答：“学校处理学潮，不能用武，始终认大部分学生系优良子弟。学校须以德服人。目前要点在于组织教授，扶植善良，潜心读书，不为政潮所左右。”
到1948年2月，国民党当局多次要竺可桢开除左派活动学生三四十人，以为这样学校就可以安静。但他认为这一办法只能收效于一时，“浙大向来事事公开，开除学生必须有理由。校中并不知谁是蓄意捣乱的共产党。省府所给名单未必可靠，且昔年被捉去之学生如滕维藻、潘家苏、王蕙诸人，迄今均在中央政府做事，亦不见有异。故吾人总须爱惜青年，不能以其喜批评政府而开除之”。6月15日，当局又有人主张大批开除学生，竺可桢依然坚持“此种政策与浙大作风大不相似，不能施行。如欲施行，亦必须另派人前往也”。8月19日，国民党当局要大捕学生，交来一个要逮捕浙大师生十九人的名单，其中有张君川、冯斐、曾明洲等教员四人。竺可桢表示：“学校只知学生在校是否守法或安分守己，更不知其暗中有何活动。如欲逮捕，必须有确切之证据。”每次当局要求开除学生，他的态度都是“不能任意开革，否则莫须有之事何以服人？”
竺可桢曾对陈布雷说：“年轻人欲批评亦未可厚非，若批评政府者皆目为共产，则不啻为丛驱雀也。”当年求学浙大时就是中共地下党员的吕东明回忆说：“他也并不因为学生的政治倾向而在爱护上有所偏颇。他历来主张学生政治信仰自由，在学校里各种思潮、主义都可以研究。他对违反校纪的学生也不问政治态度，一律按校纪处理。尽管校内外国民党一再责难他包庇纵容左派和共产党，他很不以为然，坚持只问是非不计利害地爱护学生的态度。”学生吴耕民也回忆说：“每次国民党军警要来捉学生时，竺先生得知后，立刻通知我们叫有关学生暂时避开，做好必要的准备，以免牺牲。”竺可桢曾提到的滕维藻、潘家苏、王蕙，还有邵全声等都曾遭国民党拘捕，在他的奔走营救下，才得以重获自由并完成学业。
1942年1月16日在遵义的浙大学生发起倒孔游行。竺可桢虽然不赞成学生上街，在劝说无效之后，为了保护学生的安全，他不仅亲自步行到步兵学校，要求军警不要与学生发生冲突，而且走在学生队伍的最前头。据学生杨竹亭回忆，竺可桢当时对学生说：“你们父母把你们交给我们学校进行培养教育，我对你们的生命安全是负有责任的。如果你们一定要出去游行，我带你们去，但是一定要有纪律。 ”
1942年1月22日深夜，浙大毕业已留校的助教潘家苏和农经系四年级学生滕维藻住处受到国民党湄潭党部叶道明等搜查，随后被栽赃陷害，拘押在遵义。事发之初，竺可桢专程赶到湄潭，之后几次亲去探望，派人一日三餐去送饭菜，并四处收集有力证据，千方百计设法营救。即使自己脚上冻疮破烂，但他依然忍痛前去交涉。最后竺可桢终于找到两人被诬陷的证据，于4月27日由他出面具保获释。后来，“潘家苏是个好学生”这句话曾让潘和他的家人感念一生。
其时，教育部正调查浙大倒孔运动，要求开除一批学生，贵阳、遵义的特务机构还要捕拿被认为是策动倒孔运动的学生陈天保、张由椿等。这些学生怕布告贴出来行动困难，要求学校的处分布告缓三天贴出。竺可桢答应了，等他们悄悄地安全离校，学校才布告开除。2月19日夜，浙大史地系四年级女生、“黑白文艺社”社员王蕙只不过在倒孔大会上讲了几句真心话，就被秘密逮捕。第二天，国文系学生、“黑白文艺社”第二任社长何友谅被捕。2月21日，“质与能自然科学社”社员、电机系学生陈海鸣被传讯（经竺可桢等努力保释，最先获释）。
何友谅与王蕙先被押往贵阳，再被送往四川重庆青木关附近的五云山集中营的，即所谓的“战时青年训练团”。竺可桢一直挂念着这两个学生，对他们的处境关怀备至。这一切都记录在他的日记中。比如，1943年1月22日，竺可桢为了王蕙、何友谅的事曾专程去青年团求见康泽。尤其感人的是这年5月29日，竺可桢到重庆公出时还专门去了解他们的近况，步行七八华里之遥上五云山探望。可惜何友谅因逃狱被抓回受到严密监督，不能见客，只见到王蕙，所以竺可桢“颇失望”。而归途中的竺可桢坐车到青木关，在车站“见一穿制服者押一学生模样人物加手铐者来”，不禁“为之泪下”。王蕙曾为年过半百的校长顶着烈日爬山来看望自己而无比感动。很多年后，当她读到校长当年的这段日记时更是感慨不已：“他不说自己在烈日与敌机威胁下为两个学生受惊受累，却记下他为青年学生受难而同情落泪。如此校长，岂不胜过父母！”她说：“我们都是普通的学生，但竺校长却费尽心机，多方营救。”最终，王蕙由竺可桢保释，而何友谅却惨遭杀害。竺可桢对此心痛不已，一直引以为憾。
在校长任上，几乎每一次浙大学生被捕，竺可桢都竭尽全力援救，绝不袖手。1943年7月13日，当竺可桢得知浙大女生卞妽以“共党嫌疑”被国民党遵义县党部审问时当即表示：“嗣后如有传问，可以不往。”1945年4月1日，当他得知参加青年军的浙大学生王香耕、易钟熙、李家镐、程士伟、徐铭等被二○二师军法处拘捕，随即亲自赶到綦江，向二○二师长罗泽辏а恃痪械那樾危堑１；指醋杂伞�
1945年因为费巩“失踪”案含冤入狱的浙大毕业生邵全声在《虎口脱险记》中回忆了“从九死一生的虎口中逃生出来”的那段经历，不禁泪眼模糊。特别是当他看到竺可桢日记，得知校长在日本投降的大喜日子中还惦念着他，感动之情难以言表（1945年8月14日竺可桢日记说，当日本投降的消息传来，“10日重庆狂欢”，“又知邵全声迄未释放”）。竺可桢自始就相信邵全声是清白的，认为费巩是否已被害虽不能断言，“殆非邵之所为，则可断言”。他一再与重庆卫戍司令王瓒绪联系“均不得复”，深知“营救亦非易事耳”，却从未放弃营救。而邵全声说自己在浙大读书时和校长很少个人往来，只是一个很普通的学生，并且当自己在重庆被捕囚禁时，已离开浙大先后在云南、重庆教书三年多，并非浙大在校学生。他永远忘不了在押期间竺可桢几次亲来探视的情景：“我凝望着他穿着棕灰色夹大衣，拿着手杖的背影，渐走渐远，转过围墙，终于看不见他了。”直到获释后回到浙江临海家中，邵全声才知竺可桢每次营救之后都把经过情形扼要地写信告诉他父亲，前后有十来封之多。信虽简短，但其中营救之艰难、曲折尽见。
1947年10月26日，竺可桢得知浙大学生于子三等四人被捕的消息，到处给有关当局及个人打电话：既有民政厅，又有警察局；既有省党部、保安司令家，又有省政府秘书长。他要求保安司令转告警察局：“四人如有重大嫌疑，应送法院，如无，则由余保释云云。”当天竺可桢赶到保安司令部、警察局各处交涉，要求保释未果。27日，他要求见被捕学生，当局以“恐泄漏秘密故不允”，他又郑重“要求早日引渡至法院，可用司法手续办理”。28日晚上十点半，竺可桢还打电话要求保安司令部将学生移交法院。29日上午，他打电话给保安司令部责怪他们“爽约”，尔后主持召开行政会议讨论营救方案，并劝说学生不要罢课。然而就在这天下午，于子三在狱中被害。竺可桢与医生李天助、学生代表二人立即赶到现场，拒绝在所谓于以玻璃自杀的验尸报告上签字证明，只在另一纸上写下“浙江大学学生于子三委实已死，到场看过。竺可桢卅六年十月廿九日夜十二时”几个字。由于连日奔波，日夜操劳，还要处理日常校务，吃睡都不正常，体力不支，加上心情难受，他竟当场昏晕了过去。11月5日，竺可桢在南京接受《申报》记者采访时说于子三“作为一个学生是一个好学生，此事将成千古奇冤”。“总之，学校的立场认为这是一法律事件，其最后结局，将判明政府法治精神的充分与否及保障人权意愿的有无。”他的仗义执言震惊全国。教育部长朱家骅要他在报纸上“