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中央中枢机构的权力高度集中，皇帝在任用官员方面也别具一格。一方面在中央机构中实行“满汉复职制度”，如在内阁，规定大学士、协办大学士满汉皆用；在六部，规定尚书满汉各一员，左右侍郎满汉各一员。另一方面，让满族官员处于掌实权的核心地位，虽然满汉官员同任一职，决定权却往往掌握在满洲贵族手中，军机处的领班军机大臣，一般大多是满洲贵族。至于议政王大臣会议，清一色的全部是满洲贵族所组成。再从中央中枢机构高级官员的人数上看，也是旗人占优势。据统计，从顺治三年到光绪二十年（1646——1894），内阁和六部的官员中，从大学士、尚书、侍郎、员外郎、主事，旗人任职的约占400 名，而汉人任职的只有160 余名。这些都表明，清朝统治者不仅高度集中权力，同时将核心权力交由满洲贵族执掌，并利用满洲贵族监视汉族官员，从而达到“乾纲独揽”。
常设督抚编制保甲清代地方机构设省、道、府（州、厅）、县（州、厅）四级。行省（简称省）是地方最高一级行政组织，每一省或二省、三省设总督一人，总督是地方最高长官，俗称制台。总督掌管所统辖地区的文武、军民，总理戎政，戍守疆土。道、府副将以下官员都由总督向朝廷奏请升迁和罢黜，并有对外交涉之权。每省另设巡抚一人，是一省地方政务的长官，主管考核地方官员、督理粮饷、关税、漕政、督察科举考试和兼理军事。总督和巡抚在明朝中后期初设时是属临时派遣性的，清朝固定为常设官员。督抚同属统辖一方的封疆大吏。总督例兼兵部尚书及都察院右都御史，为从一品官，巡抚亦例兼兵部侍郎和都察院右副都御史，衔为正二品官，均以军职而兼民政，监察地方。清代在鸦片战争前设总督8 个，即直隶总督（管辖今河北及内蒙一部分）、两江总督（江苏、安徽、江西）、闽浙总督（福建、浙江、台湾）、湖广（湖南湖北）总督、云贵总督、两广总督（广东、广西、海南岛）。分任各省的巡抚18 个，即江苏、江西、安徽、山东、山西、河南、福建、浙江、湖南、陕西、广东、广西、云南、贵州、湖北、四川、直隶、甘肃，其中直隶、甘肃、四川等省由总督兼巡抚。督抚是清朝在地方实行统治的支柱，所以清朝统治者历来选派亲信充任，以便加强对地方权力的控制，是皇权在地方上的代表。总督和巡抚一般多用满人和汉军旗人。康熙时，一般汉人任督抚的“十无二三”。乾隆时，巡抚满汉各半，而总督仍多用满人。后来，也有汉人充任总督，巡抚中汉人的比重也逐渐增加。为了对总督和巡抚的权力加以限制，并使其互相牵制，有时一省既设总督，又置巡抚，督抚同住一城，督抚事权交叉，而统一于中央。每省督抚之下设布政使和按察使，分别管理行政和司法。
此外，清代还有相当于省一级的特别行政区，一是新疆、西藏、青海、外蒙古、东北等地区，一是京畿地区和盛京地区。清代在新疆、西藏、青海、外蒙古、东北等地设有驻戍将军、办事大臣、参赞大臣、领队大臣、帮办大臣等官员，署理所辖地区军政事务。盛京地区是清皇朝祖宗发祥之地，京畿地环卫皇城，所以亦设置特殊地方政权。清入关以后，把盛京作为“留都”，并于盛京地方设辽阳府，顺治十四年（1657）改为奉天府，设府尹一人，掌管盛京地方政事。乾隆二十七年（1762）规定由盛京将军节制。乾隆三十年（1765）又实行军民分治，府尹亦由盛京六部特简大臣兼任。京畿地区设顺天府，管辖京师及附近州县，掌京畿地区政事。雍正元年（1723）以后，由六部尚书、侍郎内特简大臣一人兼管府尹事。奉天、顺天两府府尹可直接向皇帝奏事，其地位相当于各省的巡抚。
省之下设道、府（州、厅）、县（州、厅），由道员、知府、知县执掌政事。知府以下官员多用汉人。地方基层政权实行保甲制度，是清代巩固统治的又一重要措施。
清初即实行保甲制度，乾隆二十二年（1757）正式颁布的保甲法规定：每十户为一牌，设牌头。十牌为一甲，设甲长。十甲为一保，设保长。牌头和保甲长均由地主衿绅及望族的族长担当，以监视管辖区内的人民的活动和人口流动情况。每户的户主姓名、职业以及丁男口数都一律写在“纸牌”上，“出外注明所往，入则注明其来”①。其目的在于“弭盗”。保甲制不仅推行于内地农村，各城市镇草墟以及偏远山区、少数民族居住区都一律编制保甲。严密的保甲组织密布全国城乡，广泛地控制着社会生活的各个方面，起着巩固清王朝统治基础的作用。
广开科举屡兴文狱为了加强思想领域的控制，清朝统治者采取怀柔和镇压的两手政策。一方面采取笼络手段，用科举考试办法网罗地主阶级知识分子；另一方面大兴文字狱，残酷镇压具有反清思想的汉族地主阶级知识分子。
清初在未统一全国以前，即已采取科举办法，考选秀才、举人。顺治年间科举制度基本定型。全国统一以后，于康熙初年在全国范围内推行。清代科举制度基本上沿袭明代。清代科举，大致为四级，即童试、乡试、会试、殿试。尚未取得生员资格者都叫童生，童生经过县试、府试、院试，统称为童试，童试考中的叫秀才。举人可参加每三年在京城由礼部主持的会试，会试考中的叫进士。然后皇帝在殿廷对会试考中的进士进行考试，叫做殿试。殿试中式者分为三甲：一甲取三人，状元、榜眼、探花，赐进士及第，状元授翰林院修撰，榜眼、探花授翰林院编修；二甲取若干人，赐进士出身；三甲亦取若干人，赐同进士出身。殿试中试者，除一甲三人外，还须进行一次朝考，试毕分别授职。考中者授翰林院庶吉士，再入院读书，然后取得高官厚禄。未中者分别用为主事、中书、知县等。清代科举八股文仍占重要地位，八股格式更加机械化，形式死板，内容空泛。四六骈体的殿试策，颂联套语，千篇一律，竟成了登上仕途的主要手段，实际上是束缚知识分子思想的桎梏。清初，对于满洲、蒙古八旗子弟采取另外一种类似科举的特殊考试，即在试题内容上只有汉文译成满文和蒙古文，称为“翻译科”，录取分满、汉两榜。雍正开始，满汉一体考试，录取时同榜张贴。除正常进行的四级考试外，有时奉“特旨”，举行特殊考试，称为“特科”，如“博学鸿儒科”、“经济特科”、“孝廉方正科”、“恩科”等。康熙十七年（1678），曾开“博学鸿儒科”，由在京三品以上大臣，在外各地督抚，保荐有一定才学和声望的知识分子，直接进行殿试，只考诗赋，不考八股，一经录取，即授翰林院官职。这一次“特科”，罗致了汉族知识分子中的“名儒”如朱彝尊、汤斌、毛奇龄等143 人。其中50 人分别授侍读、侍讲、编修、检讨等职。有清一代统治者对科举考试极为重视，曾经颁布严格的《科场条例》，但考场作弊、士子贿赂、主考舞弊的案件仍接连不断。清代的科学制度一直延续到光绪三十一年（1905），才由清廷下令废止。至此，自隋唐以来一直作为① 《清朝文献通考》卷22《职役》二。
封建统治选拔人才的主要办法的科举制度才结束其历史使命。
除了通过科举考试这一“正途”入仕而外，康熙十二年（1673）还诏举“山林隐遗”，实际上就是要罗致那些明亡之后、暂时不肯仕清的汉族衿绅，以扩大满汉地主阶级联合统治的基础。翌年，又颁行捐纳制度，即向朝廷捐款纳资，以购买官位和职衔。这样，一方面可以使封建国家得到一笔可观的财政收入，同时，又为有钱的地主、商人及其子弟谋取官职开辟了新的门径。但捐纳制度弊端丛生，不仅使清皇朝的封建官僚机构恶性膨胀，同时也导致吏治的日益败坏。
在怀柔、笼络的同时，清朝统治者对于不利于他们统治的思想言行，采取严厉的镇压措施，一方面收缴、销毁和篡改不利于清王朝统治的书籍，另一方面大兴文字狱。
文字狱，即“因文字贾祸之谓”。中国封建社会历史上，历代封建皇朝屡兴文字之狱，而清代文字狱次数之多，处罚之严，实为历代所罕见。清初统治者忙于军事征服，没有余力来解决思想领域问题。在全国统一战争基本结束以后，而国内的民族矛盾和阶级矛盾仍然十分尖锐的情况下，清朝统治者为了强化其在思想领域的统治，企图通过暴力手段，来扑灭汉族人民的反抗意识，钳制言论，禁锢思想，于是迭兴文字之狱。凡是不利于清皇朝统治的文字、著述和言行，一概被斥为“悖逆”和“狂吠”，罗织罪名，然后置之重典。从康熙到乾隆，前后大约120 年，据不完全统计，大小案件有90多起。大部分集中在雍正、乾隆年间，其中乾隆四十三年至四十七年（1778—1782）五年之间，就有将近40 起，文字狱的规模是空前的。康熙朝较大的文字狱有两起，即庄廷■的明史案和戴名世的《南山集》案。
明史案发生于康熙二年（1663），当时玄烨尚未亲政。浙江湖州富商庄廷■从明末大学士朱国祯的子孙处购到朱国祯撰写的明朝历史的稿本。庄廷■本是个双目失明的瞎子，但为了沽名钓誉，于是请人续补朱国祯书中所缺的崇祯朝及南明历史。书成后改名《明书》，并署上了他自己的大名。但庄廷■未及刊刻这部书就死了。书中如实地叙述了满洲族先祖与明王朝的隶属关系，清入关前用明朝年号，不是用清朝年号，指责孔有德、耿仲明等叛明降清等。庄氏触犯了禁例，于是参与编纂或在卷首列名者，以及为庄氏书作序、刻字、校对、印刷、售卖者，甚至买书者及庄氏全族，遭株连达200 多人，其中70 多人被杀。庄廷■早死�