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4。2。2 重组频率及其测定
4。2。2。1 重组频率与交换值
由于减数分裂时同源染色体片段的交换，不完全连锁的基因总会发生重组形成一定比例的重组型配子。重组型配子数占总配子数的百分比称为重组值（rebination value），或重组率（percentage of rebination），或重组频率（rebination frequency），用R？表示。
R？=（重组型配子数/总配子数）×100％
重组值通常也称为交换值（cross…over value）。严格意义上说，交换值不能等同于重组值。因为非等位基因之间偶然会发生多重交换，但不一定形成重组型配子，用重组值代表交换值会造成偏低估计。对此后面还要深入讨论。双因子连锁基因间形成的任一种重组基因型配子的比率为。
4。2。2。2 重组频率的测定
1．测交法
用隐性亲本对F1杂合体测交是获得重组频率最简单、准确的方法。在测交法后代中重组表型的数目也就是F1重组型配子的数目。例如，在Morgan的果蝇眼色、翅长（见3。1）相引相试验中，重组型的个体数目为151（红色、退化翅）和154（紫色、正常翅），R？=（151＋154）/2839×100％=10。7％。在相斥相试验中， 重组型的个体数目为157（红色、正常翅）和146（紫色、退化翅），R？=（157＋146）/2335×100％=13％。两种实验得到的重组频率非常相近。
根据实验资料计算的重组频率是估计值，其标准误差（Se）可用公式
计算，其中R？即为上述估计值，n为总配子数。因此，相引相的重组频率R？的标准误差
相斥相的重组频率R？的标准误差
2。 自交法
利用F2资料估计重组频率较测交法复杂。对于完全显性基因，纯合体与杂合体在表型上没有区别。和独立分配一样，连锁双因子杂合体也形成4种配子，但在F2的表型上不符合9∶3∶3∶1，也不会出现以9∶3∶3∶1为基础改变的分离比例。一个明显的偏离现象就是与亲本表型相同的类型偏多，重组类型偏少。下面介绍3种根据F2资料计算重组频率的方法。
1）简易法：假定基因A/a与基因B/b连锁，雄配子与雌配子的重组频率相同。为了便于书定，这里用p代表重组率。相引相F2产生如基因型类型及比例：
AB/AB×ab/ab
AB/ab
雄配子
F2基因型及其比例
雌配子
其中，雌雄双隐性配子的频率都为。它们结合产生的双隐性个体（ab/ab）是唯一一种基因型与表型一致、又能通过表型与其他基因型区分开的类型，在F2中所占比例为。因此，理论上F2双隐性个体一观察值比例=双隐性个体数/F2个体总数=，
在相斥相中，ab为重组型配子，在F2中比例为，
以Bateson和Punnett的香豌豆实验为例，表型偏多的一类是双隐性个体（红花、圆粒），属于相引相，
。
2）最大可能性法：最大可能性法以及后面要介绍的乘积法都有较复杂的数学推导过程，本书予以省略。假定雌雄配子的交换频率相同，在相引相中，
表型为 A_B_的个体数为a，
A_bb的个体数为b，
a a B_的个体数为c，
aa bb的个体数为d。
式中n是F2的总个体数，k只取正值。所以，。
标准误差
其中q=1－p。
当雌雄个体的重组频率不同时，k=（1－p1）（1－p2）
以Bateson和Punnett的香豌豆实验为例，
在相斥相中，k的计算公式与相引相相同，但是，
3）乘积法：在相引相中，k的计算公式为：
。K只取小值。
以Bateson和Punnett的香豌豆实验为例，
结果和最大可能法相同。
在相斥相中，
乘积法和最大可能性法都是自交试验中非常精确的重组值估计方法。但在乘积法中，如果某一类型的个体没有出现，其中一项的乘积就等于0。在这种情况下，可假定所缺项为1，以便估计重组率。
上面介绍的3种用F2群体测定重组率的方法中，简易法获得的结果与后两者的差异较大。简易法只利用了双隐性个体一种类型所含的遗传信息，估计的重组率存在较大的误差。
在遗传试验中，具体采用哪种方法测定重组率，往往与实验条件，人力、物力等的投入，获得自交或测交种子的难易程度来决定。像小麦、水稻等自花授粉作物，很容易得到足够数量的F2种子。而像玉米等异花授粉作物，去雄容易，授粉方便，测交法是最常用的一种方法。对大多数真核生物来说，如果要对雌雄配子的重组率进行分别估计，测交是最好的选择。有时隐性个体的存活率低，甚至根本不能存活，难以作为杂交或测交亲本，这时就要采用自交F2代资料估计重组值。
4。2。2。3 影响重组率的因素
从果蝇实验到豌豆实验中可以看出不同基因间的重组率不同。当重组率很低时，在一定数量的群体中，可能不会出现重组型个体。为了更准确地估计基因间的重组率，足够数量的群体是必需的。
基因在染色体上所处的位置不同，重组频率有差异。一般来说，越靠近染色体末端重组频率越高。重组型配子在传递率、生活力上的差异影响重组率的估计。有些配子雌雄传递率不同，因此遗传设计不同、重组率估计各异。如果染色体间或部分染色体片段间不能很好配对，就很难发生重组。染色体结构变异，例如染色体的部分缺失，也会干扰正常配对部分的交换。
激素影响重组频率，反映在雌雄个体重组频率的差异。Morgan的学生Alfred Sturtevant发现雄果蝇的染色体不发生交换，不形成重组型配子。在果蝇的连锁遗传试验中，杂合体亲本总是用雌果蝇。雌蚕和雄果蝇一样在减数分裂时也不发生交换。大家可以想一想果蝇或蚕的双因子杂合体互交的遗传结果。然而，大多数生物的两性都能发生交换。
极端高温和低温有提高交换频率的趋势。辐射对交换影响很大，如在果蝇中辐射可刺激交换。温度和辐射能诱发正常条件下不发生交换区域发生交换。二价离子，如Ca2＋、Mg2＋等，能够改变交换的数量。过量的Ca2＋降低交换频率；在低于正常水平时，交换频率显著增加。另外，年龄等其他外部条件也可能影响某些基因间的重组。实验中要注意选择正常条件下生长的材料进行遗传研究。
正常条件下在一个物种中基因的重组频率是恒定的，所以可以用重组频率估计基因间的遗传距离。
4。3 染色体作图
确定相互连锁的基因的染色体上的位置及它们之间的遗传距离的过程就是染色体作图。下面介绍的两点测验和三点测验都可以用于染色体作图。在常规遗传作图中，三点测验是最常用的方法。通过染色作图分析已绘制出很多生物包括果蝇、红色面包霉，玉米、大麦的标记基因染色体图。
4。3。1 两点测验
重组频率在不同连锁基因对间的变化很大。交换频率的变化是基因间相距远近的一种反映。同源染色体间发生交换的位置是随机的。在一些减数分裂细胞中特定的连锁基因间可能发生交换形成重组型配子，而在另一些减数分裂细胞中它们之间可能不发生交换，没有重组型配子形成。基因间的距离越大，其间发生的交换的减数分裂细胞越多，重组频率越高；基因间距离越小，发生交换的可能性越小，重组率越低。一系列相互连锁的基因之间的重组频率可以累加。据此，A。Sturtevant提出了利用重组率确定连锁基因间相对位置和距离的基因定位方法。
两点测验（two…point test crosses）是一种最基本的基因定位方法。它将双因子杂合体用双隐性纯合体测交，测交后代中的重组基因型频率的大小直接反映基因间的连锁关系和连锁程度。例如，在番茄中果色受一对等位基因P/p控制，茎秆有毛无毛受另一对等位基因H/h控制。紫色对红色色呈显性，有毛茎秆对无毛茎秆为显性。将紫色、有毛番茄（PPHH）和红色、无毛番茄（pphh）杂交，F1杂种（PpHh）用pphh测交得到下面的结果：
紫色、有毛（PpHh） 350
红色、无毛（pphh） 335
紫色、无毛（Pphh） 55
红色、有毛（ppHh） 60
总数 800
4种测交后代的比例不符合孟德尔两对基因的1：1：1：1分离，说明P与H连锁。在800个后代中，只有115个重组型，其重组频率
在基因定位中，将1％的重组频率定义为一个遗传图距单位（genetic map unit，mu）。为了纪念Morgan对连锁遗传的发现，一个图距单位也称为一个厘摩（centimorgan；cM）。因此，P与H相距14。4cM。
在一个两点测验中，只能确定两个基因之间的遗传距离。要确定它们在染色体上的相对位置，至少还需要另外一个基因。假设A、B、C为3对相互连锁的基因，首先要做3个两点测验，确定每对非等位基因间的距离，然后推断它们在染色体上的顺序。它们在染色体的位置有3种可能：A…B…C，A…C…B，B…A…C。两边基因的位置可以互换，对它们间的关系没有影响。如果通过两点测验知道A与B相距10cM，B…C相距6cM，A与C相距16cM。那么A、B、C3个基因在染色体的位置应该是：A…B…C。只有这种排列才与它们相互间的遗传距离相符。缺乏任何一个图距数据都不能明确这3个基因间的相对位置。
两点测验方法简单，不过两点测验的缺点也不容忽视。用两点测验确定基因的位置须做3个不同的杂交、测交。另外由于杂交亲体的遗传背景、后代群体的大小、生长条件等的变异，测