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＝柚肿颖昙羌际酰嗣强梢越桓龈丛拥亩嗷蛳低撤纸獬梢桓龈雒系露蜃樱⒛芄幌穸源柿啃宰矗ɑ颍┠茄允啃宰矗ɑ颍┙醒芯俊Ｗ罱餍TL如水稻抽穗期基因、番茄果实基因的成功克隆表明，数量性状基因（QTL）的研究已从统计意义上的染色体可能位置进入到实际可操作的功能基因的层面。
10。5。3 作图过程
QTL作图一般要经过分离世代（作图群体）建立、标记检测、数量性状值测定和统计分析等几个环节。其中分析标记基因型和数量性状植之间是否存在关联，发现QTL并准确估计QTL的遗传效应，是数量遗传研究的重要内容。目前，根据所用标记及其多少的不同，发展出许多统计方法或作图方法。大多作图方法均涉及到大量数据与连锁标记的统计分析，需要相应的统计分析软件。
1。 分离群体的构建
分离群体通常是指性状及标记位点处于分离状态的群体。一般通过亲缘关系较远的亲本间杂交，再自交或回交等形成。目前常用的分离群体包括两类：一类为暂时性分离群体，一类为永久性分离群体。暂时性分离群体包括回交（BC）群体、F2群体以及其衍生群体F2：3。F2群体是由所选择的亲本杂交获得F1，再自交得到的分离群体。由F2单株自交可衍生出分离家系F2：3。由于这些群体中单株基因型在不同世代会发生分离，因此不能多代重复使用，故称为暂时性群体。永久性分离包括重组自交系群体（rebinant inbred lines，RIL），加倍单倍体群体（doubled haploid；DH）等，RIL群体是由F2经多代自交使后代基因组相对纯合称定的群体。DH群体是通过F1进行花药离体培养或通过特殊技术而得到单倍体植株，再经染色体加倍而获得加倍单倍体群体。与暂时性群体相比，永久性群体至少有两方面特点：一是群体中各品系的遗传组成相对固定，每个品系就是一个纯亲，可以通过种子繁殖代代相传；二是可以对性状的鉴定进行重复试验，便于得到更为可信的结果。除此之外，由于群体的稳定性，不同实验室或研究者可以对同一试验群体作多次、多点分析，从而不断增加新的遗传标记或其他性状的观察数据等信息。
2。 遗传标记的筛选
遗传标记（genetic markers）是指可以稳定遗传的、易于识别的特殊的遗传多态性形式。遗传多态性是指基因组中任何位点上的相对差异或者是DNA序列的差异。虽然遗传标记包括形态学标记、细胞学标记、生化标记以及分子标记等多种类型，但由于DNA分子标记能直接反映核苷酸序列差异，且具有数量丰富、多态型程度高、一般为共显性等优点，括它已成为目前遗传作图与基因组分析的主要标记，因此这里讲的遗传标记主要是指DNA标记。
依据检测手段的不同，DNA标记大致可以分为三类：第一类是以电泳和分子杂交技术为核心的分子标记，如限制性片段长度多态性标记（RFLP）。第二类是以DNA聚合酶链式反应（PCR）为基础的分子标记，如随机扩增多态性（RAPD）、扩增片段长度多太性（AFLP）以及简单重复序列（SSR）等。第三类是以DNA测序为核心的分子标记，如单苷酸多态性（SNP），表达序列标签（EST）等分子标记。
一般来讲，要想在分离群体中尽可能地检测到所有性状基因的遗传分离与重组，必须首先对亲本作多态型标记筛选，找到能覆盖全基因组的分子标记，以求构建饱和的遗传连锁图谱。从另一个角度而言，应该选择那些目标性状差异明显，遗传多态性较高的亲本构建分离群体，这样比较有利于检测到更多的多态型标记在群体中的分离情况。
3。 基因型检测与表现型测量
假设一个标记就代表一个位点（或标记位点），针对任何一个共显性标记位点，在F2群体中，若用电泳技术分辨不同基因型差异时，会检测到3种带型，如两个双亲各显示一条带谱，杂合体同时显示双亲的两条带，即3种基因型（两个新型，一个杂合型）。将含有亲本带型的个体分别赋值为1（A）和3（B），杂合体赋值为2（H），就可得到数据化的分子标记基因型。有了标记基因型，构建标记位点间的连锁图谱工作就可以进行。与此同时，可以展开群体中各个个体的数量性状表型的观察与测量。然后按个体为基础（编号）将数量性状表型值与其标记基因型赋值一一对应，这样获得的完整数据可作QTL作图分析。
表10…8是从一个水稻F2：3作图群体中节选的10个F2单株的分子标记基因型数据及其对应的F3家系的性状平均表现。需要指出的是，该表中RM1和RM5为SSR标记，其余为RFLP标记；绝大部分标记是共显性标记，而C161为显性标记，在该标位点上，杂合体与亲本之一的基因型无法区分，故只有两种基因型赋值。
表10…8 水稻F2：3作图群体部分数量性状平均值与分子标记基因型值
株号 分 子 标 记 性 状
C161 R753 RM1 G359 RG532 RM5 RG101 有效穗 千粒重
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
… B
D
D
D
D
D
D
D
D
B
H
H
B
H
H
H
B
A
A
H
B
H
H
H
H
H
B
A
A
H
H
H
H
H
H
H
B
A
A
H
H
B
H
H
H
H
B
A
A
H
… H
H
B
H
H
H
A
H
H
B
A
H
B
B
H
B
A
H
A
H
10。6
11。3
8。5
10。0
11。5
11。8
11。1
9。6
12。2
10。0
27。1
26。5
26。3
24。8
23。8
27。5
24。4
27。3
23。5
30。0
4。 作图统计分析
用统计方法分析数量性状值与基因型值间的关联程度，判断并确定数量性状位点在遗传图上的位置、数目以及效应大小是作图分析的主要内容。
在确定数量性状位点在遗传图上的位置、数目以及效应大小之前，需要利用分离群体的标记基因型构建分子标记连锁图。正如前面所提到的，每一标记位点上的基因型可通过分子了标记带型来确定。根据两位点上不同基因型在群体中出现的频率，可以估算标记间的重组交换值或相对图距。可采用适当的统计方法对两个基因位点是否呈连锁遗传分析。通常采用似然比检验判断位点间的连锁程度：存在连锁（重组交换值r