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实际上，这并不是杨秀玉人生的第一个决定。对于杨秀玉来说，她最早的理想与一首曾经广泛流传的歌曲有关——《地质队员之歌》：是那山谷的风吹动了我们的帐篷……
高中时期的杨秀玉，和那个时代所有的年轻人一样，既单纯又充满热情，他们可以因为一首歌，而做出影响自己一生的选择。在杨秀玉印象中，她所就读的福建第一女子中学。考大学那年，一个班的同学竟然有十个报考了地质大学，其中有一位同学后来牺牲于为祖国找矿。 那是一个激情燃烧的年代，人们渴望把自己的一生投入到艰辛而伟大的事业中去，就此度过坎坷曲折但却骄傲而光荣的一生。那个时候，无数年轻人把奥斯特洛夫斯基的名言抄写在自己的日记本上：“人的一生应该是这样度过的，当他回首往事的时候，他既不因虚度年华而悔恨，也不因碌碌无为而羞愧，这样当他生命结束的时候，他就可以自豪地说，我把一生都献给了人类最壮丽的事业。”
而就在那个如火如荼的年代，杨秀玉却因为肺结核，体检不合格，连续两年不得报考大学，那是她最难过最失意的时期，既自卑又伤感，每天做一份简单的工作，她那时想也许一辈子就这么平凡地过去了，那些壮丽而艰苦卓绝的事业再也跟她没有关系了。那个时候，她经团委介绍到福建省政府的支前委员会上班，做统计员。与她后来所从事的职业相比，这是一份安逸的工作。但她却不开心，觉得自己一辈子只能做一个统计员，没有什么大出息，而这显然不是她想要的人生。
1956年，杨秀玉19岁，那一年，国家号召有志青年报考大学，为祖国努力成才。当时杨秀玉所供职的省政府的年轻人都去报名，她的单位有8个人要去考大学，全都脱产学习。
杨秀玉也动了心思，这个时候她的肺结核已经康复，但她连想都不敢想考大学这件事情。因为当年她来省政府工作的时候，组织科长曾找她谈过话，谈话内容很简单，即使统计员是一份简单的工作，但国家为了培养一个合格的统计员，也需要短期训练3个月。组织科长希望杨秀玉能够保证在这个岗位上安心地做下去，不要辜负这3个月的短期培训。杨秀玉当即做了保证。
有一种人对自己的承诺看得非常重，不管当时是在什么情况下做的承诺，也不管后来形势发生什么变化，承诺就是承诺，杨秀玉就是这样的人，她照样每天去上班，绝口不向组织提任何要求。那个时代优秀的青年都是这样，他们完全不懂得如何开口去要自己想要的东西。 直到有一天，大家在一起过组织生活、谈心。杨秀玉说了真心话，在她看来既然组织生活要每个人说真心话，她说说也无妨。她说她羡慕那些能够考大学的同志们，但她只能把羡慕压在心底，因为她跟李科长（组织科长）保证过，她要守住自己的工作岗位。
那个时候离高考只有一个月时间，已经五月底了。组织上一考虑，觉得应该响应国家号召，鼓励有为青年成为祖国的栋梁之才。于是团委书记来找杨秀玉谈话，核心思想是你想考大学，我们支持，我们给你报名，但是全脱产可能有困难，因为你的工作没有人接，所以我们只能给你半脱产，就是每天你要有半天时间上班工作。杨秀玉立刻答应——只要能报名，只要能有机会参加高考，杨秀玉已经很兴奋了。她一路飞奔回家，把这个特大喜讯告诉了家人，谁知道她妈妈听了，第一个反对，母亲想事毕竟周到，她对杨秀玉说：“你怎么不想想，万一考不上，工作又丢了，你可怎么办？省政府的统计员，这样稳定踏实的工作上哪儿找？”
杨秀玉兜头被浇一盆冷水，整个人清醒过来，又飞奔回单位，见了领导，气都没喘匀张嘴就问：“我要是考不上大学，你们还要不要我？”
领导哈哈大笑，给杨秀玉吃了定心丸：“你要是考上，我们送你上大学，考不上，你就安心在我们这里做统计员。我们还要你。”
杨秀玉有的时候回忆过去，想到这一段，会哈哈大笑。那个时候，她只有19岁，那样年轻，那样单纯，甚至有一点点天真。有人说，其实这也是那个年代所成长的知识分子的特有品质，这是一种充满理想主义色彩的人文品质，因为这种品质，他们可能在现实生活中也遭遇到种种我们常人所谓的麻烦和不如意，但他们却始终相信人应该有一颗单纯无私的心，始终认为应该把他人的利益放在私人的利益之上。他们看不起世故，看不起为了一点蝇头小利而蝇营狗苟，他们愿意襟怀坦荡，愿意把自己的个人命运和一项宏大的事业联系到一起，投身其中，义无反顾一他们认为唯有如此，才不辜负自己的青春和生命。
杨秀玉17岁高中毕业，因为肺结核耽误了两年，现在终于可以填写报考志愿了，她立刻兴奋地给那些已经上了大学的同学写信，询问他们的意见。杨秀玉内心的想法是学医，她希望为更多的像她那样因为身体原因而不能考大学或不能实现自己人生理想的人服务，但很快她的理想被另一理想替代——她的同学们纷纷告诉她，她应该去学生物遗传。
杨秀玉的同学们之所以建议她去学生物遗传，是因为当时的一部非常著名且轰动一时的苏联电影，讲述的是生物学家米丘林的故事。在那部电影中，美丽的果园，每天在果园里工作的科学家，科学原来可以如此诗意！在当时的大学生中，“米丘林”和“改良品种”这两个关键词，即代表了最浪漫和最有意义的人生选择。
杨秀玉立刻做出决定——去做一个米丘林那样的生物学家，将一生奉献给品种改良。实际上，她在做出这个决定以后，选择就很少了，准确地说，只有三个选择，因为当年的生物系只有三所大学招生：北京大学、复旦大学、厦门大学。杨秀玉首先pass掉了厦门大学，她生在福建，从来没有离开过福建，倘若念一个大学还在福建，她觉得不够“壮丽”，不符合她对自己人生的要求。所以她其实只有两个选择，一个是北京大学，一个是复旦大学。
家里人对她说，还是复旦吧，北京太远，而且她是南方人，身体又不好，如果去北京读书，生活上气候上都不见得适应。她自己想了想，折中一下，挑选了上海。而人生恰恰是充满了未知和偶然，复旦大学生物系一共要读五年，她读到三年级的时候，赶上协和医科大学复校，国家决定从北京大学和复旦大学生物系分别挑选一批学生，一共30人。杨秀玉就这么阴错阳差地到了北京，仿佛冥冥之中命运替她安排好了一样——如果她不是肺结核，她就不会耽误两年考大学；如果不是耽误两年，她就不会去学米丘林的生物而是唱着“是那山谷的风吹动了我的帐篷”为祖国找矿，如果是那样，她就不会恰巧赶上协和医科大学复校，而如果没有上协和，她的一生会怎样度过呢？
激情燃烧的岁月
杨秀玉从来不吃任何动物肝脏。她这个毛病是当年参加江西血防医疗队落下的。当时他们在江西整整待了一年，她什么都做，跟外科一起切脾，那些脾脏一切开，全是血吸虫，从此杨秀玉就再也不沾猪肝、鹅肝、鸭肝，不管是什么肝，不管是多么高级的酒店，只要那个菜沾“肝”，她连碰都不碰。
那个时候，医生经常要出去巡回医疗，参加医疗队到贫苦山区送医送药，有的时候还要帮助当地老百姓盖房子。杨秀玉参加江西血防医疗队那年，她的儿子才三岁多，她是真的舍不得。但还是服从组织决定，去了一年。
许多过来人回忆当年的医疗队生活，都会不同程度地谈到“艰苦”，而江西血防队是公认的艰苦中的艰苦。
杨秀玉他们去的地方叫永红公社，是一个非常偏僻的地方，没有交通，报纸一个星期才能看到一次，因为血吸虫病流行，当地水被污染，老百姓说的方言他们根本听不懂，也没有什么食物，大家在那里只能吃到酱油米饭南瓜。有一天早上，一位同事激动地宣布“好消息好消息”，所有人都竖起耳朵听，那位同事说：“我们一屋子的南瓜终于吃完了！”
所有的人都欢呼雀跃面露喜色，以为这下总算熬出头，可以吃点别的了。但不到中午，又来了满满一卡车的南瓜。
在血防队的一年之中，发生了很多事情，其中有两件事和杨秀玉有关。第一件事是“吃猪蹄”。当年医疗队下去之前，是有规定的，不但要治病救人，还要和农民同吃同住，不能搞特殊化。有一次，一个濒于死亡边缘的病人，经医疗队全力救治——全体医护人员守了三天三夜，最后病人苏醒了，脱离生命危险。整个医疗队高兴啊，大家都是年轻人，激动、兴奋、欢呼，感觉应该庆贺一下，于是就买了猪蹄，二毛四分钱一斤的猪蹄。这事儿放到今天就不算是个事，但是在当年，却遭到了队领导批评，理由是没有和农民同甘共苦。“猪蹄事件”让杨秀玉气得要命，在她看来，吃个猪蹄有什么要紧？何况还是自己花的钱呢。再说，如果不吃猪蹄，医疗队工作又那么辛苦，身体是革命工作的本钱，身体坏了怎么办？
另一件与杨秀玉有关的事情，是她的肺结核。由于条件太艰苦，她的肺结核复发，队领导这次倒没有要求杨秀玉“轻伤不下火线”，而是很体谅地允许她回北京休养，但被杨秀玉拒绝了。她说什么都一定要留下，怎么都不肯回来。现在问杨秀玉这件事，她说：“那时候特革命，说好是去一年，怎么能提前回来？再说我们去之前，是总理接见过的。”
杨秀玉到底还是留在了血防医疗队，但作为一个特例，她的生活被允许和农民稍微不一样：她可以买鸡蛋。因为她有了这个特权，所以她可以拿饭盒煎鸡蛋，和队友一起吃，而这不算搞特殊化，也不算不和贫下中农