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政府范围的民政署法令也涉及政府科学家的薪水。总的来说，法令允许政府科学家的工资比大学高但比工业低。年轻人的薪水与在工业企业中一样高，但民政署支付的最高水平的薪水大约一万美元（一年），比工业中的最高水平的薪水低得多。由于这种薪水极限，使得政府研究很难留住那些已经工作多年并达到薪水极限的研究人员，当然留住他们也并不是不可能，有些人被特别优越的研究条件吸引而不愿离开。但总体上，政府研究的人才外流，因而政府也就成了工业科学家的一种培训学校。这对于整个国家共同体当然间接获益，但这种利益必须按对政府科学的直接损失来衡量。曾经建议把政府工作中的各种专家（不仅是科学专家）的最高年薪提高一点，比如一万五千美元，这可能有助于留住许多各种层次的迷恋工业研究的人。然而增薪不太可能，除非全国范围的政府工作薪水水平有一个总的变动。
在民政署的管制下，政府科学家还遭遇其它一些不利方面。因为他们是按行政目的而非科学目的加以训戒的，民政署的条令倾向于为那些年资深、有管理才能的人而不是专家技术人员创造更多的升职提薪机会，因而，政府科学家时常必须在工作擢升（Job
advancement）与科学机会（scientific opportunity）之间作出选择。由于民政署的一般政策是不把高层次工作职位授与没有管理责任的专家，这种二难境况可以通过为那些希望工作擢升又不愿担负管理责任的专职研究人员创造更多的高级别位置（high－ranking
positions）而得到缓和。当然管理者是必要的，有些科学家就是一个杰出的专职管理者或兼职管理者。相反，有些科学家急于在科学上领先，而不愿离开研究工作，政府需要这一类科学家。
科学家需要另外一些特殊待遇，这在民政署管辖下的行政雇员中通常不会得到满足，而对于进行良好的科学工作却是必需的。比如，政府研究组织应当有权为工作人员设计服务性的培训计划；应当有权允许他们参加学术会议而不扣薪水，如果愿意的话还可给予一定的津贴；应当有权批准一些想去大学深造或参加其它的科学训练的研究人员的请假。工业科学研究组织（尤其大组织）为他们的雇员提供所有这些机会，因为所有这些对于科学研究是重要的，而对于事业摆升是必不可少的，缺乏这些特权使政府科学更缺乏吸引力。同样幸运的是，近来这方面也有所改善，事实上，这些正在做出的改变都有些先例，即使在二次大战前，农业部就支持了一项庞大的服务性培训计划，由优秀的教师给三千名学生讲授约四十门课程。大战开始以来，这种计划扩展到所有的政府科学部门。通过对华盛顿特区一万名政府科学家的研究培训要求进行调查后，民政署的科学人事顾问委员会（the
Civil Service mission’s Advisory mi－ttee on Scientific
Personnel）安排了特优的地方性培训机会，应委员会的要求，“为了华盛顿地区政府科学家的方便，当地教育机构开设了完全合格的、校外的研究院科学课程。七百多名物理学家、工程师、化学家和数学家参加了总共二十六门课中的一门或多门课程，通常在下班后离他们的工作地点很近的地方授课”。
在其它地区，尤其科学实验室里，也提供给政府科学家以类似的条件。例如，南加利福尼亚的海军电子学实验室甚至有一个比华盛顿地区更复杂的教育培训计划，除了与加利福尼亚大学洛杉矶分校合作开设的本科与研究生正式课程外，还有为全实验室设置的非正式讨论小组，横跨几个专业研究小组，除此之外，还有关于科学专题的精深的研讨课。但是，“这个计划最令人感兴趣和特别的地方是，有很多访问专家。邀请与本人实验室研究有关或直接一致的具有杰出能力的著名科学家作短期访问，充当顾问和导师”。这些顾问虽然已经离开，但他们可能组织进行某项研究计划，对进行中的工作提出建议，或者偶而直接参与这类研究，他也可能偶而来讲学或授课。此外，他对实验室科学家的观念和面貌的影响对于这些科学家增加潜在能力和完成直接的工作有多大益处，是难以度量的。报告的作者说，这个计划表明在政府科学中什么是可能的。这位作者已经认识到，“那种认为实验室不可能达到与学术机构同等程度的学术激励气氛和自由讨论空气的观点，最终是没有根据的”。
这些情况要求有一套适合于政府科学家的特殊规则，或者要求在执行现行通用规则时要小心谨慎。这方面已做了许多工作，然而仍可作更大努力，即使对于政府系统的法令，也一定要按照限制政治干扰和消灭各种歧视的原则加以制定，以便为政府科学创造合适的组织条件。这些法令上的转变，将有助于使政府成为对科学家更具吸引力的职业，并进而有助于提高政府科学研究的一般水平。
但是，还存在着阻碍政府科学发展的第二种组织困难，这种困难也存在于工业和大学的科层制结构的研究组织之中，这种困难指的是科学自主性所需条件与正式社会组织的管理需求之间的冲突。关于这类问题，政府研究组织也做了许多改善工作，以便使这类组织成为提高国家福利的更有效的工具。
首先考虑政府科学研究的财政与计划问题，与其它研究组织一样，政府科学的管理者必须提前对研究预算作出计划，并对各项开支作出说明，他们发现在完成这二项工作时，应用研究部分总比比较基础的研究部分容易一些。现在，所有的政府预算拨款（包括对科学拨款在内）以年度为基础，并加以很专门的描述和证明，但是大量的科学研究，甚至应用科学研究，在进行研究之前很难作出详细描述，而按年度为基础作出计划则更难。当然作为政府科学家也要理解管理者在制定研究预算方案时的困难，因为这些预算方案要经组织总裁和国会的批准。但是，为了给研究尤其是基础研究以必要的连续性，希望至少使部分政府研究以三年或五年为基础作预算方案。如果不能承诺比较长期的财政支持，通常难以雇佣科学家，并肯定会造成配置设备的浪费。同时还希望使一些政府研究的拨款以大项目大笔款项进行，而不要分散成许多小项目，小笔款项。按照总统理事会的说法，就科学而论，目前的政府预算和核计“按钱和管理者、科学家的时间与能量来说是奢侈的”。总的来说，国会只愿意拨款给相当专门的研究，很少对政府科学组织认为必要的一些研究作出官方允诺。然而，最近给了海军研究办公室这种允诺，这一实践可能适当地推广到其它行政执行机构。国会在此问题上面临二难境地，一方面日益意识到长期的基础研究的重要性，另一方面又不愿放弃通过拨款而对其它行政机构实施的控制权。如果政府对科学的预算拨款仍继续以年度会计计划进 行，则政府研究组织的管理者将只能按与国会的法律一致的方式行事，而不是与科学研究本身相协调。
目前，政府科学中管理需求与科学自主性之间的最大冲突或许就在于政府日益要求对研究实施保密这一问题上。就是由于这一要求，许多科学家不愿替政府工作，因为这一要求与科学价值相抵触，然而另一方面，现在的大量政府研究，尤其是国防方面的项目，保密又是必需的，至少国会是这么想的。关键的困难之处是确定哪些工作必须保密，哪些工作不必保密。一方面，管理条令强调使保密限制更严厉和广泛；另一方面，科学价值倾向于一律拒斥所有保密条令，似乎应该在这二种体制规范之间划出一条保密的界线，而划这条线又是艰难的，因为总是很难精确权衡科学的相对利益和国防保密的相对要求。这些困难的消除只能通过行政管理者与由于他们的价值和作用而身负各种压力的科学家之间达成互相谅解，如果管理者学会为科学家的反保密价值提供尽可能广阔的天地，那么反过来，科学家也必定学会承认管理者身负的保密责任。
管理需求与科学利益之间的另一问题是，对在政府科学组织中所做的工作的评价存在差异。显然，科学工作必须经受所有政府工作都要经历的一些行政上和法令上的审查，通常这种审查是粗略的，并且不问具体的科学研究就通过了。但有时使用的不是科学的评价标准，而是比方说对国会的可接受性标准，有时干脆全部采用模糊的行政评价标准，这样就使正在工作的政府科学家碰到麻烦事。关于“如何评价研究工作？”这一问题，总统理事会对几个政府科学机构的一次演讲，试图对此问题作出令人满意的答复，但是该演讲却认为，“这个陈述特别模糊且无助于增长知识”。有些研究机构由顾问委员会评价工作，顾问委员会能够既考虑科学能力的标准，又兼顾较易应用的有关直接效用的行政标准。把效用作为评价标准必然对政府科学有压力，没有理由把对基础科学的促进这一标准排斥在评价标准之外，我们已经发现，无论是工业科学还是政府科学，过分强调直接实用性从长远来看得不偿失。看来在使国会确信基础研究的价值问题上，政府科学的管理者仍有许多工作可做。海军研究办公室（简写为O。N。R．）在管理科学组织时也碰到这些困难，他们尝试提出各种解决方案，它的经验对于其它政府科学机构是有益的。比如，海军研究办公室请著名的非政府科学家当那些实施研究计划的人的专家顾问，该顾问只关心科学问题，而不涉及行政，只在需要的时候和地方发挥作用，这一方法有效地利用了业余平民科学家。通过把全时研究人员的非科学职责降到最低