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大学科学与实用相联系及其重要性，没有比在大学对于各种科学职业的重要性中更清楚地显示出来。事实上，我们可以把专门科学职业（a
Professional scientific occupation）定义为这样一个职业，它需要大学传授范围内的某一方面的系统化、普遍化的理论和知识，以便使职业生涯取得成功。这个定义使得我们可以在应用各种科学知识的不同种类的职业之间作出有用的区分。我们可以与一个医生相区分，医生拥有大量一般的生物学、物理学和医学技巧方面的知识，却只有有限的专门知识；与一个“工程师”相区分，他对包含在他的活动中的自然科学原理有广泛的理解，或另一类“工程师”，他只是受过经验培训，做一些特殊机器或物质结构的有关工作。上述区分表明，为什么科学职业必须与大学保持紧密的永久联系，事实上，某种程度上应是大学的一部分。科学职业成为大学共同体的一部分，表征着美国职业“学校”统一在科学价值之下，同时也表征着科学职业队伍与正在发展着的理论（科学职业最终将会用它）保持密切联系。例如，美国最好的医学学校，都是与大学联络在一起的；最好的工程学校，要么与大学紧密联合，要么自身“部分”大学化，进行大量基础科学研究。大学里那些科学职业学校的人员通常综合二种功能，一方面是纯科学的研究者，另一方面在相应的应用科学方面又是著名的实践者，因而他们既在自己的研究活动中，又在与纯科学系的合作研究中，对科学概念框架的发展作出了巨大贡献。大学的职业科学学校是美国纯科学与应用科学的关系网络中的重要一环。
现在我们再来详细审查一下这一网络中的其它网结。一方面是大学，另一方面是政府和工业，都是很重要的网结。就大学这一方而言，他们提出新理论、培养研究科学家和为其它科学组织做一些研究；另一方面，政府与工业为大学的研究提供工具甚至一些理论。最重要的是，他们以研究补助和培训奖学金的形式为大学提供大量财政津贴。美国科学不断变化的结构可从大学、政府、工业之间的财政关系的历史中部分获得诠释。
政府对大学科学研究的财政津贴，在战前时期数目较小，战时（1941－1946）激增，而且大部分战争研究项目都集中在许多大学进行。由于战时急需，把基础研究都放在既有人力又有物力的大的研究机构，很少考虑到这对较小的大学与学院会有什么不利影响。这种对大学科学的财政支持模式持续到战后一段时期，《纽约时报》的本杰明·法恩（Benjamin
Fine）的一份调查报告显示了这一事实。首先涉及政府津贴的数目。在1949－1950这一学年，联邦政府拨给大约二百个学术机构一亿美元作为研究经费。这意味着经费数量的增加与战前相比估计不下百分之五百。结果许多研究机构有大量由政府资助的科学研究项目，其中大部分来自国防部、原子能委员会和农业部，其它政府机构亦有少量捐赠。这些经费在大学之间的分布情况与战时一样，“大部分联邦资金集中在较大的大学和著名的理工学院”。我们将立即转入讨论这些情况的一些可能的有害后果。虽然有成百上千有津贴的研究项目，严格说分布于每一个科学领域，但是，1949－1950年期间联邦资金的三分之一多拨给了工程科学，剩下的一半又拨给了物理科学和医学科学。更为重要的是，几乎所有这些经费都用于应用性研究。只有海军研究部（theofficeof
Naval Research）努力为有价值的基础研究提供津贴。1949…1950年期间海军部为二百个研究机构的约一千二百个研究项目提供了二千万美元的资助，大约三千名科学家和二千五百名毕业大学生为这些项目工作。
政府资金对大学科学越来越大的支配作用，并没有为科学家和行政管理者满意地接受。法恩说，“许多教育家担心学院和大学把研究重心过分倾向于应用项目，将以削弱基础研究为代价。其他官方人员也担心，研究项目过分集中将会‘冻结’小学院，并使整个研究领域遭受其害”。这种科学天才的流入应用性研究领域（甚至在大学中也出现这种状况），可能是美国基础科学衰弱的一个原因。然而，科学组织的另一重要方面。是似乎不太害怕来自政府的资金。大学的科学家对法恩说，他们并不抱怨政府对大学内政的干预，他们说，“政府主要对结果感兴趣，而不干涉学院的管理”。有些人可能会问：自主性指什么？ 美国科学长期以来一直得到工业界的资助，这种资助有二种形式。第一种是不受限制的礼物、赠品、研究生奖学金，施主公司或企业不指望这些东西的资助能从大学获得直接回报，因此这一类资助被认为是对科学的一般发展或科学的一些专门领域的发展尽一份力量。第二种，资助给非常专门的研究项目，资助人直接从此获益。第一类资助可能比第二类少得多，然而对于大学来说并不一定具有少得多的重要性，在纯科学中，一点钱也许能办好多事。这二种来自企业的资助形式都非新鲜事，但最近几年来在数量上均大量增加。例如，在1946年的国家研究会议上，有三百零二家公司报告他们正通过大约一千八百项研究生奖学金、奖学基金、研究赠款的方式，支持学院和大学的研究活动，相比之下，1929年只有五十六个公司提供了九十五项类似的奖金。另一项指标亦显示了大学科学在财政上对企业的依赖；在1946年版的国家研究委员会关于工业研究实验室的指南中，列举了大约三百个为企业搞一些研究项目的教育机构，其中绝大部分是州立大学、地方资助学院和理工学院。私立大学不象上述这些机构那样直接依赖于企业津贴，这些机构部分是政治上以及部分是财政上的原因才被迫依赖于企业。
企业对大学研究的津贴化，使科学家有时候受到像在接受政府津贴时那样的干扰。至少有一位著名的工业科学家加入了他的大学同行，并表达了他对来自企业的日益扩大的津贴所可能产生的不良后果的关切。C·E·K·米斯，伊士曼·柯达研究实验室主任，他说，“目前的大学越来越倾向从事与企业合作的工业研究，大部分这类所谓的研究，实际上是一种开发工作，它需要精力与发明能力，而并非科学想象力。这可能远比接受自然科学研究基金会之类的组织的支持，对大学中的自由探究精神更具灾难性”。关于这一基金会的情况将在下面叙述。
因此，在两种情形中——政府支持和企业支持——都存在某些担心，担心大学科学对外部组织的日益增长的财政上的依赖，可能对科学自主性和纯科学的生产力产生不利后果。如果认为这些后果是不可避免的，如果科学家广泛对此不够重视，将会更可能产生这些后果，那么这是大惊小怪者的论调。政府、企业和大学应该携起手来，共同阻止科学资源过分用于应用研究，以致于最终对应用研究本身也没有好处。
在美国大学科学家依赖于日益增加的外部资金的过程中，最近产生了一个必须加以注意的问题，那就是科学发明的专利权问题。在第四章已经讲到，“纯”研究的科学家的一个理想是，他们的发现不应该成为私有财产，而是科学共同体的共有财产。这是科学的功能上的需要，否则，部分科学理论将会从公共领域中消失，因而阻碍科学的进展。考虑到这些理由，因此科学家反对为他们的发现申请专利。一份由美国科学促进会专利、版权和商标委员会于 1934年出版的关于《科学发现专利保护》的报告，总结了下列反对为研究申请专利的主要观点和理由：
1．科学家或教授为他们的研究成果申请专利是不道德的；
2．专利会使科学家卷入商业性竞争，所剩研究时间太少；
3．出版或奉献给公众足以使科学家的工作成果公之于世；
4．专利导致保密；
5．专利政策会导致研究的贬值；
6．专利会对在同一领域做重要基础性工作的后继人产生不幸的约束甚至非难；
7．如果某人获得了最终结果，然而在他之前别人已进行了一系列研究，那么这个人是否应获此殊荣就大可争论一番了；
8。
专利政策将导致研究者之间的恶意中伤或相互妒忌。
这份早期美国科学促进会（A。A。A。S）报告的诞生，说明专利问题对大学来说已不是一个全新问题。即使在大学科学较热衷于纯研究之时，可申请专利的发现时常以此类研究之意料不到的结果的面貌出现。大学里的某些科学创新总是有直接的商业性应用或者受到了公众的控制，在这种情况下，几乎总是把 专利权让渡给那些专门管理专利并按商业性论价的非赢利组织，而使问题得到解决。最近几年，大学为政府或企业进行的研究剧增，因而频繁地产生专利纠纷。结果，每一个地方的大学和学院不得不重新审察他们以前的旧的专利政策，许多大学和学院还草拟了最近五年的新的正式政策条文。这些普遍性问题逐渐引起了国家研究理事会的注意，战争一结束，它就主持了一项研究，研究表明，大学至今还未解决这个问题，“正在进行广泛的实践……甚至在同一个机构里。关于政策条文、管理程序、发明者的承认、公平的裁决、让渡条件、专利管理计划、所得款的分配或公众利益的保护都没有统一的模式。”然而，与科学价值相一致，“大部分机构都不希望那种强迫性的专利权让渡，除非与此相关的合作研究或资助研究（sponsored
research）�