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政府机构之间的协调还有另一问题，这个问题超出了科学的范围，然而与科学关系甚切。这个问题就是政府科学家与军队高层计划者之间的关系，这一关系明显地仍然没有达到应该达到的满意程度。二次大战期间，科学家管理者（scientist－administrators）发现，有许多事件只有他们才能参与，科学可用于国防的目的。战时存在这种需要，现在同样存在着把科学家合并入研究最高级战略计划的军事小组的需要。当然，只有军事与外交政策小组对最终决定负责，在原子弹和氢弹事件中，由总统本人亲自负责。作出决策并不是科学家的事情，但是，科学家的知识和预言日益成为这些战略决策的必要部分。因而，任何使美国科学协调成一个整体的计划，必须为政府科学与更广泛范围的国家政治决定之间的有效整合作准备。
直到目前，在谈及政府科学时我们都略去了原子能委员会（the
Atomic Energy mision）所做的工作，或许该说说它了，尽管在很大程度上按国会章程这是保密的。虽然我们所知详情甚少，但我们确实知道这一点，即随着原子能委员会（几乎只面向纯科学研究）的建立，和平时期的政府科学在规模和重要性上都进入了一个新时期，战争期间，原子能科学发展成熟，其速度可能是人类历史上其它所有重大发现无与伦比的。虽然战时的大规模研究计划，现在有些已停止了，但作为科学与工程上的努力仍延续着。原子能委员会的目的由其成员史密斯教授表述于下：“首先，制造更多更好的武器；第二，发展原子能的和平利用；第三，增强国家的科学力量，这从长远来看可以支持前二个目的”。
这些目标显然既需要纯科学又需要应用科学，因而该委员会成立了若干国家实验室（National
Laboratories），以便最有效地进行各种必需的科学研究工作。这类实验室共五个，不太为人所知然而却容纳了大量科学家，它们是，伯克利（加利福尼亚）、洛斯·阿拉莫斯（西南）、橡树岭（东南）、阿贡（芝加哥）、布鲁克海文（东北）。这五个实验室中，只有伯克利国家实验室战前就已存在，那时它是全美大学最大的核物理研究中心，战时该实验室的目标没多大改变，只不过规模更大。战发以后，它就几乎全部由原子能委员会提供津贴，尽管如此，委员会对它的控制却较弱，主要仍由初时创始的大学科学家一手把持，结果，该实验室仍进行了许多基础研究。相反，洛斯·阿拉莫斯实验室战时创立，专门进行关于原子弹本身的应用性研究。阿贡实验室与芝加哥地区的大学（芝加哥大学、西北大学、伊利诺大学和印地安那大学）有密切联系，战时（及以后）是一个核反应堆实验室，主要进行纯研究。橡树岭实验室也是战时的产物，此实验室有多种功能，既是服务性的又是研究性的。最后一个是位于纽约附近的布鲁克海文实验室，它是战争刚结束时建立的，主要是为了安置东北地区部分大学的大量科学家，这些科学家在布鲁克海文进行主要是业余的几乎全部是基础的研究。没有哪一个大学能建设起像布鲁克海文实验室所具有的研究设备，然而如果大学想进行与原子能有关的物理学研究，这些设备又是必需的。布鲁克海文实验室研究人员的不断轮换，使大学与政府科学之间建立了紧密的不间断的联系。
管理像原子能委员会国家实验室那么大的科学研究组织，困难显然是很大的。幸运的是委员会的成员部分是经验丰富的科学家，对科学本身和大规模研究组织的问题都知道一些。该委员会的一位成员说，他们知道繁荣纯科学与应用科学的不同条件；他们知道“大”科学的危险性：规模太大、繁文缛节和没有输入新鲜血液。他们甚至意识到，如果成功，可能会从大学吸引更多的科学天才。现在美国科学的未来很大程度上依赖于原子能委员会国家实验室，这不仅因为他们所做出的科学发现，而且还因为他们在实现大学与政府科学家之间的整合时采用了有效的组织配置这一技巧。
原子能委员会并不是唯一使用外界研究设备的一个政府机构。美国工业界接受了来自大学和政府的协助研究，与此相同，许多政府研究机构也在利用大学和工业的研究条件。事实上，所有美国政府的科学机构以赠款、签订契约、捐奖学金等方式支持各类非联邦组织的研究。现在，外部科研组织为政府所搞的大部分研究也是军事方面的，如，提交给1948年美国物理学会春季会议的所有论文的近百分之八十来自海军研究办公室资助的项目。在比较早就有研究机构的各部，如农业部、内政部和商业部中，利用外部协助的程度远不如国防部频繁，事实上，战争期间，这些部实际参与帮助完成军事项目的研究。
政府与大学组织和工业组织之间在研究上的关系，带来了一些特殊问题，其中之一是制定关于赠款和签订契约的标准化程序，以便双方利益能保持一致。一般来说，在研究结果难以确定的情况下，如大学的基础科学研究，政府就赐与基金，有具体条款的契约对应用研究较易实现。即使有上述灵活性，政府预算程序中有时仍给外部研究机构施加一些计划上的困难，像他们对待政府内的科研组织一样。许多研究项目不可能在三、五年内加以计划并执行，而联邦赠款，像联邦拨款一样，只限于一年。同对政府内的组织一样，希望在这方面能有一些政策上的变化。
在赠款与签订契约的过程中，管理问题特别重要。现在政府对外界研究机构的赠款数目甚大，这就需要聘请最好的管理者兼科学家来统一监督管理。私人慈善基金会为科学研究提供了大量津贴，他们早就认识到聪明地花钱是很难的，因而选择最能干的人作为基金会的管理者，并支付给高薪。政府机构也必须选择最优秀的人才来管理资助计划。
我们曾提到过政府与大学和工业组织的研究关系中出现的另一个问题，即由于与日俱增地使用外界研究设备，政府主持的研究中出现了大量可申请专利的发明，这就提出了如何制定恰当的专利政策的问题，如在大学中一样。专利问题对政府来说并不比大学是一个更新的问题，但是却是一个更紧迫的事情。一个讨论指出，“怎样处理联邦研究的专利权，使之更好地为公众利益服务，这是一个过去四十年间政府各部门一直沉思和争论的问题”。在此期间，政府对专利政策作了大量研究，最近一份研究由司法部在战争刚结束时完成，“根据研究结果，安托尼将军（Attorney
General）于1947年5月份向总统提交了一份综合性报告，建议把政府应占有并控制所有由联邦基金资助的技术作为基本政策”。但是，来自为政府做研究工作的工业企业对这个政策的反对呼声很强烈，因而此建议没有被政府采纳。工业研究的董事们认为，如此之政策只能使工业为政府做研究和发展工作成为不可能。结果，政府同意工业和大学在处理专利权时有可变性和特殊性。除非政府与工业之间的关系特点有重大变化，否则安托尼将军建议的政策就不可能经国会通过成为法律。
最后，我们考虑政府科学中的最后一个问题。即使还在战争结束以前，两个事实对美国政府中那些对科学的使用负责任的人产生深刻印象，第一个事实是科学对于和平时期及战时美国社会的福利具有极端重要性；第二个事实是只有政府才能为维持美国科学的高水平（质量与生产率）提供足够的基金。大学研究资金的减少尤其可能抑制科学的一般进程。私人的礼物和资本家投资的回报已不再是大学科学研究的足够资金来源，尤其在面临通货膨胀时更是如此。虽然这类资助的钱数目仍较大，而且对大学具有重要意义，然而如果没有政府的资助，大学就不可能进行政府要求他们做的一些研究。
承认这二个事实，使日益增多的政府科学家和处于领导岗位的科学家感觉到，政府应该呈现新的功能，即对美国科学的整体方向及彼此协调负起责任。在我们多次提及的总统科学研究理事会的报告和瓦涅瓦·布什的报告《科学，无穷的止境的前沿》中，都明确地表达了这些建议。新的科学的社会组织的图景是存在的，至少某些美国人已预见到这种可能性。总统科学研究理事会所提出的建议有：美国必须扩大科学经费，增加受训科学家；今后，必须着重致力于纯研究而非应用研究，前者相对较薄弱；为了实现这一目标，政府必须逐渐增加对大学纯研究的津贴；政府也应该为学科学的大学生和研究生设立大量的奖学金，奖学金获得者选择自己的专业领域；政府应该任命一个委员会，以协调各政府机构之间的研究；委员会成员应包括平民科学家和政府科学家；最后，政府应成立一个叫国家科学基金会（the
National Science Foundation）的组织，以统一管理各种科学活动。
这些总规划的不同部分分别在不同时间被认识到，因为这一规划是二次大战后才首次提出的。例如，增加政府对大学的拨款一直进行着，但是作为整个国家的科学规划的协调机构的国家科学基金会，直到1950年才法定成立。这里边原因很多，一个重要原因，是起自于政府对科学扩大控制所产生的摩擦。在此延迟期间，科学家似乎一直非常赞成该基金会的成立，如在回答福琼·波尔（Fortune
Poll）“你赞成其宗旨是用联邦基金刺激基础与应用研究的国家科学基金会的创立吗？”这一问题时，百分之九十的学院科学家、百分之九十的政府科学家和百分之八十一的工业科学家的答案是肯定的。然而，一些