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地方政府机构基本上沿袭明制，分省、道、府（州）、县四级。全国有十八个省和五个特别行政区。十八个省是：直隶、河南、山东、山西、陕西、甘肃、四川、贵州、云南、广西、广东、福建、江西、浙江、江苏、安徽、湖南、湖北。五个特别行政区是：内蒙古、青海蒙古、喀尔喀蒙古、西藏、新疆。省的最高军政长官是总督或巡抚，总督与巡抚在明朝是中央派往地方的差遣官，清朝成为常驻各省的最高军政长官。总督一般统辖两个省的军政与民政，也有单辖一省的（如四川、直隶）。巡抚只管辖一个省，他们与总督并没有上下级关系，直接向皇帝负责，互相制衡。
道的长官是道员（别称道台），府的长官是知府，县的长官是知县。道下设直隶州、厅，与府平级；府下设州、厅，与县平级。京师所在地顺天府，盛京所在地奉天府，与省平级。盛京是清朝的发祥之地，定都北京后，盛京成为留都，设立内大臣一员、副都统二员，统辖东北地区。以后又把盛京总管改称盛京昂邦章京、镇守辽东等处将军，此外增设宁古塔昂邦章京（后改为宁古塔将军），统辖吉林、黑龙江地区。
但是，它毕竟是满族建立起来的政权，不可避免地带有强烈的满族色彩，八旗制度与议政王大臣会议便是最突出的表现。
八旗制度。满族在关外的军队称为八旗兵，它源于八旗制度。八旗是满洲早期的兵民合一的社会组织，建立于努尔哈赤时期，它的编制大体如此：
每三百人编为一个牛录（牛录即满语“大箭”，汉语译为佐领）；
五个牛录编为一个甲喇（甲喇即满语“队”，汉语译为参领）；
五个甲喇编为一个固山，每个固山各有黄、白、红、蓝旗帜为标志，因此汉语把固山译为旗。正黄旗、正白旗、正红旗、正蓝旗、镶黄旗、镶白旗、镶红旗、镶蓝旗，合起来就是八旗。
也就是说，在每一个旗下面，有五个队；每一个队下面，有五个大箭。在这种严密的编制下的满人，既是民，也是兵，所谓“出则为兵，入则为民”，“无事耕猎，有事征调”，全民皆兵。每一个旗由一个满洲贵族统领，称为固山额真，译成汉语就是旗主。以后在满洲八旗之外，又有蒙古八旗、汉军八旗，事实上已有二十四旗，仍然称为八旗。编入八旗的人，称为旗人或旗下人。
顺治以后，满洲八旗中的镶黄旗、正黄旗、正白旗称为“上三旗”，因为皇帝曾经是这三旗的旗主，所以号称“天子自将”，皇帝的警卫部队都由这三旗的子弟担任。其他五旗则称为“下五旗”。
八旗有京营与驻防之分。所谓京营，又称禁旅（中央禁军），约有十二万人。所谓驻防，即地方警卫部队，负责地方镇抚，由将军、都统负责。将军位高权重，可以监督地方上的总督、巡抚，分别驻扎在江宁（南京）、杭州、广州、荆州、成都、西安、宁夏、绥远，部队约有十万人。
天下太平以后，享乐腐化之风在八旗中盛行，八旗子弟游手好闲，不习武艺，战斗力急剧下降。顺治皇帝在位的后期，就发现这种苗头，他说，今日八旗人民懈怠于军事，终于导致军旅败坏，没有了先前的盛况。到了康熙时期“三藩之乱”爆发时，八旗兵已经毫无战斗力，只得依靠绿营兵。
绿营兵是入关以后改编或新招的汉军，因为军旗为绿色，故称绿营兵。在北京的巡捕营，隶属于步军统领，约有一万人。在各省共有六十余万人，由各省的总督、巡抚、提督、总兵统辖。平定“三藩之乱”时，朝廷调动了四十万绿营兵，每次战役都是绿营兵冲锋在前，八旗兵在后跟进。
议政王大臣会议。清朝虽然沿用明朝的内阁制度，表面上是最高行政机构，却并无多大实权。有关军国大事的决策权，由凌驾于内阁之上的议政王大臣会议操纵。
议政王大臣会议，也称国议，全由统率八旗的满洲王公贵族组成。由于他们掌握兵权，由他们作出的决定，称为议政王大臣决议，对皇帝也有约束力，内阁不过是执行议政王大臣决议的办事机构而已。这种体制固然可以限制皇帝的独裁，却极容易滋生一些议政王大臣专权跋扈的倾向，事实上顺治、康熙时代已经屡屡出现这种状况。
顺治时代，由郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮辅佐年幼的小皇帝福临。多尔衮运筹帷幄，位高权重，被尊称为“皇父摄政王”，议政王大臣会议听任他摆布。所谓“皇父”云云，据郑天挺的考证，并非皇帝父亲的意思，而是满洲旧俗的“亲贵爵禄”。至于和“皇父”相关联的“太后下嫁多尔衮”的传说，被渲染为清初三大疑案之一，是毫无根据的穿凿附会之词。对此，孟森已有精辟的考证。
顺治十八年（1661年），二十四岁的顺治皇帝去世，临死前留下遗诏，由四名元老重臣辅佐他的儿子玄烨（即康熙皇帝），朝廷大权操纵在索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜等议政王大臣手中。索尼病死后，鳌拜诬告苏克萨哈二十四条大罪，迫使皇帝下令处死苏克萨哈。鳌拜终于大权独揽，根本不把皇帝放在眼里。
康熙八年（1669年），十六岁的康熙皇帝初露雄才大略，机智果断地逮捕鳌拜，以三十条罪状判处他死刑，鉴于他的战功，减刑为禁锢终身。由于议政王大臣势力强大，在剪除鳌拜及其党羽以后，先后出现了索额图、明珠专权的局面。这使得康熙皇帝深深感到，必须削弱议政王大臣的权力，加强皇权。于是，他在康熙十六年设立南书房，选择人品与才学兼优的汉人官僚作为秘书班子，替皇帝批答奏折，起草谕旨。
雍正皇帝即位以后，继续削弱议政王大臣的权力，在宫内建立军机房，选择亲信满汉大臣参与机务，处理军机大事。以后又把军机房扩大为军机处，直接听从皇帝指挥，总揽全国军政大权，成为最高决策机构。到了乾隆时代，彻底消除了八旗旗主干政的权力，下令取消了议政王大臣会议。
康熙的文治
康熙皇帝是清朝最堪赞誉的贤明君主，武功与文治都无与伦比。平定三藩之乱（吴三桂、耿精忠、尚可喜的叛乱）；遏制沙皇俄国的扩张，签订《中俄尼布楚条约》，划定中俄东段边界；平定割据台湾的郑氏集团，使台湾回归祖国；率领军队征讨厄鲁特蒙古的准噶尔部，击败它的首领葛尔丹。康熙皇帝武功中最为引人注目的几件大事，彪炳于史册而毫无愧色。
更值得关注的是他的文治，令人刮目相看。在他的倡导下，编成了收字四万九千多的《康熙字典》，一百八十卷的《大清会典》，一百零六卷（拾遗一百零六卷）的《佩文韵府》，九百卷的《全唐诗》等鸿篇巨制，并且企划了一万卷的《古今图书集成》。他还豁达大度地派遣耶稣会士到全国各地测量，制作了中国第一部实测地图《皇舆全览图》。
《红楼梦》作者曹雪芹的祖父曹寅，深受康熙皇帝的器重，在他第五次南巡时，交待曹寅编辑、出版《全唐诗》的任务，这是他十分看重的大型文化工程项目，力图在显赫的武功之外，突显自己的文治。曹寅正好是一个恰当的人选，他既是满洲亲信，又是一个在汉人文学圈内崭露头角的诗人，而且他先后担任的江宁织造和两淮巡盐御史，都是肥缺，有足够的财力资助这一文化工程。曹寅团结了一大批江南文人，在不到两年时间里，完成了收罗二千二百多诗人、四万八千九百多诗作、篇幅达九百卷的《全唐诗》，为康熙的文治增添了浓墨重彩的一笔。
文治的另一方面是对宋学的提倡。
清朝文化中最鼎盛的部分，首先是以经学为中心的学术。这一时期经学发展到了一个新阶段，超过了两汉以来的经学，经学研究扩展到一般学者中，使之成为一门学问，具有学术性，是两汉经学所无法比拟的。以程朱理学为主的宋学成为主流，是一大特点，这与康熙皇帝的提倡有很大的关系。
在康熙以前，还没有形成真正意义上的宋学，学者们一边讲学一边钻研宋学，继承儒家正统学脉，阅读经典原著，进行踏实的研究。到了康熙时代，学者们停止了浮而不实的讲学（讲会）活动，专心对儒学原典进行深度探究。孟森《明清史讲义》中说，“圣祖尊宋学”，“欲集宋学之大成”，是切中肯綮的。江南名士徐乾学收集宋朝经学家著作，编成《通志堂经解》，就是集宋学之大成的尝试。李光地、熊赐履都是以宋学名臣而得到康熙皇帝的宠信。他们著书立说，以尊程朱、崇正学、辨道统为己任。因为这个背景，康熙一朝，宋学名臣辈出，诸如陆陇其、汤斌、张伯行、于成龙、陈鹏年、赵申乔等人，不仅对于宋学的发扬光大有所贡献，而且自身的道德、操守也成为一时的楷模。
在清朝诸帝中，康熙最值得表彰的是他以一种海纳百川的胸怀，充满自信的心态，接纳耶稣会士以及他们所带来的西学。内藤湖南在《清朝史通论》中说：“康熙帝是个对西洋学术非常感兴趣的人，又有统一各民族的雄心，因此，绝对不是只尊重中国学术的人，在尊重中国学术的同时，对西洋的学术也很尊重，大量地使用西洋人。”事实确实如此。
耶稣会士南怀仁受到康熙皇帝的重用，是由于他在南怀仁身上看到了西洋人比中国人具有更精密的、实用的知识，因此要他制造新的天文观测仪器；并且规定，以后的天文历法工作，一定要由西洋人主要负责。在南怀仁的影响下，中国学者梅文鼎写了《历算全书》，成为中国人研究西洋数学的奠基之作。康熙本人在这方面不仅大力提倡，而且身体力行。在新旧历法的争论中，他为了判明其中的是非，破天荒地努力学习西洋数学。在第一历史档案�